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- PDB-4wcx: Crystal structure of HydG: A maturase of the [FeFe]-hydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wcx
タイトルCrystal structure of HydG: A maturase of the [FeFe]-hydrogenase
要素Biotin and thiamin synthesis associated
キーワードLYASE / [FeFe]-hydrogenase / maturase
機能・相同性
機能・相同性情報


water-soluble vitamin biosynthetic process / sulfur compound biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
[FeFe]-hydrogenase maturation HydG, radical SAM / ThiH/NocL/HydG-like / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / : / HYDROSULFURIC ACID / METHIONINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Biotin and thiamin synthesis associated
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Dinis, P.C. / Harmer, J.E. / Driesener, R.C. / Roach, P.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: X-ray crystallographic and EPR spectroscopic analysis of HydG, a maturase in [FeFe]-hydrogenase H-cluster assembly.
著者: Dinis, P. / Suess, D.L. / Fox, S.J. / Harmer, J.E. / Driesener, R.C. / De La Paz, L. / Swartz, J.R. / Essex, J.W. / Britt, R.D. / Roach, P.L.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin and thiamin synthesis associated
C: Biotin and thiamin synthesis associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,68315
ポリマ－110,4462
非ポリマー2,23613
水14,664814
1
A: Biotin and thiamin synthesis associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2788
ポリマ－55,2231
非ポリマー1,0557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Biotin and thiamin synthesis associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4057
ポリマ－55,2231
非ポリマー1,1826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.130, 56.190, 84.920
Angle α, β, γ (deg.)89.59, 83.62, 66.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Biotin and thiamin synthesis associated


分子量: 55223.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)
株: DSM 9252 / Ab9 / 遺伝子: Thit_0582 / プラスミド: pRD003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3T7F1

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非ポリマー , 8種, 827分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / Density meas: 43.7 Mg/m3 / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-TRIS propane, 200 mM sodium fluoride, 20% polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763, 1.7389
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.73891
反射解像度: 1.59→84.33 Å / Num. obs: 118163 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.59→84.327 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 1995 1.69 %Random Selection
Rwork0.1799 ---
obs0.1805 118154 96.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→84.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7179 0 80 814 8073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.86610053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5482786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.62980.34641360.30118136X-RAY DIFFRACTION94
1.6298-1.67380.29261490.26738197X-RAY DIFFRACTION95
1.6738-1.72310.27341450.23828144X-RAY DIFFRACTION95
1.7231-1.77870.23921160.22568249X-RAY DIFFRACTION95
1.7787-1.84230.25951530.21278248X-RAY DIFFRACTION96
1.8423-1.91610.26281530.21388311X-RAY DIFFRACTION96
1.9161-2.00330.23621220.20278334X-RAY DIFFRACTION96
2.0033-2.10890.22311520.20148240X-RAY DIFFRACTION96
2.1089-2.2410.22971470.19648374X-RAY DIFFRACTION97
2.241-2.41410.21381430.18868333X-RAY DIFFRACTION97
2.4141-2.6570.23631480.18738395X-RAY DIFFRACTION97
2.657-3.04150.23641460.18468447X-RAY DIFFRACTION98
3.0415-3.8320.1821400.15898392X-RAY DIFFRACTION97
3.832-84.44530.16881450.14218359X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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