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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wby | ||||||
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タイトル | tRNA-processing enzyme (apo form I) | ||||||
要素 | Poly A polymerase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme. 著者: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wby.cif.gz | 184.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wby.ent.gz | 142.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wby | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wbzC 4wc0C 4wc1C 4wc2C 4wc3C 4wc4C 4wc5C 4wc6C 4wc7C 4x0aC 4x0bC 1vfgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48229.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 428-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: pcnB1, aq_411 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66728 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, potassium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 75966 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 18.66 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 30.42 / Num. measured all: 719782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VFG 解像度: 1.5→19.94 Å / FOM work R set: 0.9156 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.54 Å2 / Biso mean: 28.97 Å2 / Biso min: 10.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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