PDB-4wby: tRNA-processing enzyme (apo form I)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wby

タイトル

tRNA-processing enzyme (apo form I)

要素

Poly A polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme.
著者: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K.

履歴

登録	2014年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wby.cif.gz	184.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wby.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wby_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wby_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	4wby_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4wby_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbzC 4wc0C 4wc1C 4wc2C 4wc3C 4wc4C 4wc5C 4wc6C 4wc7C 4x0aC 4x0bC 1vfgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wc0-2 4wc1-2 5vfa-d 2dwl-d 3fpj-d 4wbz-2 2d7g-d 6q9f-d 3fpg-d 4uca-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Poly A polymerase

ヘテロ分子

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.510, 67.740, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Poly A polymerase / A-adding enzyme 分子量: 48229.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 428-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: pcnB1, aq_411 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66728
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, potassium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 75966 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.66 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 30.42 / Num. measured all: 719782

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54		0.953	0.382	6.13	51795	5560	5526	0.404	99.4
1.54-1.58		0.972	0.307	7.76	52829	5419	5416	0.324	99.9
1.58-1.63		0.979	0.249	9.47	51563	5275	5275	0.262	100
1.63-1.68		0.987	0.199	11.7	50444	5157	5156	0.21	100
1.68-1.73		0.992	0.159	14.26	48989	4995	4995	0.167	100
1.73-1.79		0.995	0.125	17.74	47272	4819	4819	0.131	100
1.79-1.86		0.997	0.101	21.34	45802	4672	4672	0.107	100
1.86-1.94		0.998	0.08	26.09	44128	4510	4510	0.085	100
1.94-2.02		0.998	0.064	31.74	41965	4324	4324	0.067	100
2.02-2.12		0.999	0.051	38.16	39906	4126	4126	0.053	100
2.12-2.24		0.999	0.044	42.92	37751	3944	3944	0.046	100
2.24-2.37		0.999	0.039	47.66	35386	3735	3735	0.041	100
2.37-2.54		0.999	0.036	50.69	33078	3508	3507	0.038	100
2.54-2.74		0.999	0.033	54.04	30507	3291	3291	0.035	100
2.74-3		0.999	0.032	56.36	27899	3047	3047	0.034	100
3-3.35		0.999	0.03	59.68	24969	2760	2760	0.032	100
3.35-3.87		0.999	0.029	62.01	21114	2449	2439	0.03	99.6
3.87-4.74		0.999	0.028	60.9	16304	2098	2035	0.03	97
4.74-6.71		0.999	0.03	61.13	13155	1667	1637	0.032	98.2
	6.71	0.998	0.031	54.59	4926	969	752	0.034	77.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VFG

1vfg

解像度: 1.5→19.94 Å / FOM work R set: 0.9156 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1761	3797	5 %
R_work	0.1558	72144	-
obs	0.1568	75941	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.54 Å² / B_iso mean: 28.97 Å² / B_iso min: 10.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3085	0	31	488	3604
B_iso mean	-	-	35.75	39.2	-
残基数	-	-	-	-	372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.958	4267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.981	1242

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.519	0.2209	135	0.1505	2564	2699	99
1.519-1.539	0.1735	141	0.1388	2680	2821	100
1.539-1.5601	0.1704	140	0.1254	2655	2795	100
1.5601-1.5823	0.1746	138	0.1238	2617	2755	100
1.5823-1.6059	0.1596	141	0.1239	2683	2824	100
1.6059-1.631	0.1887	138	0.1201	2621	2759	100
1.631-1.6578	0.1596	141	0.1168	2683	2824	100
1.6578-1.6863	0.1553	138	0.1191	2620	2758	100
1.6863-1.717	0.1996	140	0.1262	2665	2805	100
1.717-1.75	0.1668	141	0.1247	2665	2806	100
1.75-1.7857	0.1674	139	0.1285	2657	2796	100
1.7857-1.8245	0.184	143	0.1326	2702	2845	100
1.8245-1.8669	0.1561	138	0.1304	2629	2767	100
1.8669-1.9135	0.1914	139	0.1357	2648	2787	100
1.9135-1.9652	0.1837	142	0.1354	2693	2835	100
1.9652-2.023	0.1662	141	0.1388	2682	2823	100
2.023-2.0882	0.1518	141	0.1374	2666	2807	100
2.0882-2.1628	0.1789	140	0.1362	2675	2815	100
2.1628-2.2493	0.1597	142	0.1384	2693	2835	100
2.2493-2.3515	0.1618	142	0.1362	2695	2837	100
2.3515-2.4753	0.1726	142	0.1471	2697	2839	100
2.4753-2.63	0.1679	142	0.1571	2698	2840	100
2.63-2.8326	0.1776	142	0.1676	2707	2849	100
2.8326-3.1166	0.1632	144	0.173	2718	2862	100
3.1166-3.5654	0.2159	144	0.1648	2747	2891	100
3.5654-4.4836	0.16	143	0.1618	2707	2850	98
4.4836-19.9421	0.1966	140	0.2136	2677	2817	92

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