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Yorodumi- PDB-3fpj: Crystal Structure of E81Q mutant of MtNAS in complex with S-ADENO... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fpj | ||||||
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Title | Crystal Structure of E81Q mutant of MtNAS in complex with S-ADENOSYLMETHIONINE | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / thermonicotianamine / nicotianamine | ||||||
Function / homology | Function and homology information nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Dreyfus, C. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: Crystallographic snapshots of iterative substrate translocations during nicotianamine synthesis in Archaea Authors: Dreyfus, C. / Lemaire, D. / Mari, S. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fpj.cif.gz | 136.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fpj.ent.gz | 103.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fpj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3fpj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3fpj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 3fpj_validation.xml.gz | 30.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3fpj_validation.cif.gz | 44.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3fpeSC 3fpfC 3fpgC 3fphC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33849.734 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E81Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanothermobacter thermautotrophicus (archaea) Gene: MTH675 / Plasmid: pET101 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O26771 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-B3P / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 22% PEG 3350, 400mM NaBr, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→29.801 Å / Num. all: 61834 / Num. obs: 61711 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 5.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3FPE Resolution: 1.8→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.807 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.149 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.23 Å2 / Biso mean: 14.14 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→29.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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