PDB-4w8w: Crystal structure of oligomeric Cmr4 from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w8w

タイトル

Crystal structure of oligomeric Cmr4 from Pyrococcus furiosus

要素

CRISPR system Cmr subunit Cmr4

キーワード

HYDROLASE / Cmr4 / CMR complex / oligomeric / CRIPSR

機能・相同性

CRISPR-associated RAMP Cmr4 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / cytoplasm / CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Benda, C. / Ebert, J. / Baumgaertner, M. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Model of a CRISPR RNA-Silencing Complex Reveals the RNA-Target Cleavage Activity in Cmr4.
著者: Benda, C. / Ebert, J. / Scheltema, R.A. / Schiller, H.B. / Baumgartner, M. / Bonneau, F. / Mann, M. / Conti, E.

履歴

登録	2014年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w8w.cif.gz	408.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w8w.ent.gz	336.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w8w_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w8w_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	4w8w_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	4w8w_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w8vC 4w8xC 4w8yC 4w8zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tke-d 5lxv-2 3un6-d 7chj-2 1y0x-d 3zk8-2 1nq2-d 2qt1-d 1tje-d 5k3n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

B: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

C: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

D: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

139 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

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34.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CRISPR system Cmr subunit Cmr4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.707, 129.509, 195.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR system Cmr subunit Cmr4 / CRISPR type III-B/RAMP module RAMP protein Cmr4 分子量: 34710.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr4, PF1126 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8U1S9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Jeffamine M-600 and 100 mM HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.38 Å / Num. obs: 76539 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 12.61
反射シェル	解像度: 2.803→2.903 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.803→49.375 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3808	4.98 %	random selection
R_work	0.1965	-	-	-
obs	0.1982	76539	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→49.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7942	0	0	82	8024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.625	10901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.03	3021
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8028-2.8383	0.3712	136	0.3554	2542	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8383-2.8756	0.3198	144	0.3389	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8756-2.915	0.3634	134	0.3268	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.915-2.9567	0.3799	138	0.3267	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9567-3.0008	0.3262	143	0.3312	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0008-3.0477	0.3832	135	0.3132	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0477-3.0976	0.368	139	0.2937	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0976-3.151	0.2926	149	0.28	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.151-3.2083	0.318	143	0.257	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2083-3.27	0.3171	135	0.2565	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.3367	0.2702	143	0.2489	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3367-3.4093	0.2597	142	0.235	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4093-3.4886	0.2809	144	0.224	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4886-3.5758	0.2688	150	0.2139	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5758-3.6724	0.2866	139	0.2138	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6724-3.7805	0.2498	138	0.2025	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7805-3.9024	0.2281	140	0.1856	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9024-4.0419	0.2223	147	0.1748	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0419-4.2036	0.2056	142	0.1549	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2036-4.3948	0.1618	137	0.1439	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3948-4.6264	0.1496	148	0.1283	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6264-4.916	0.173	140	0.1402	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.916-5.2951	0.1697	151	0.1522	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2951-5.8272	0.2107	139	0.1676	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8272-6.6687	0.2359	137	0.1873	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6687-8.3951	0.2125	136	0.1723	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
8.3951-49.3823	0.1702	139	0.1704	2684	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.0584 Å / Origin y: -11.0708 Å / Origin z: 7.8916 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1392 Å²	-0.0038 Å²	0.0203 Å²	-	0.1571 Å²	-0.0229 Å²	-	-	0.1849 Å²
L	-0.0596 °²	0.0118 °²	0.0193 °²	-	0.1312 °²	0.0593 °²	-	-	0.8496 °²
S	0.0709 Å °	-0.005 Å °	0.0221 Å °	-0.0001 Å °	0.0953 Å °	0.0124 Å °	0.0025 Å °	0.0223 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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