PDB-4w8v: Crystal structure of Cmr6 from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w8v

タイトル

Crystal structure of Cmr6 from Pyrococcus furiosus

要素

CRISPR system Cmr subunit Cmr6

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / CMR complex

機能・相同性

CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / cytoplasm / CRISPR system Cmr subunit Cmr6

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Benda, C. / Ebert, J. / Baumgaertner, M. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Model of a CRISPR RNA-Silencing Complex Reveals the RNA-Target Cleavage Activity in Cmr4.
著者: Benda, C. / Ebert, J. / Scheltema, R.A. / Schiller, H.B. / Baumgartner, M. / Bonneau, F. / Mann, M. / Conti, E.

履歴

登録	2014年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w8v.cif.gz	205 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w8v.ent.gz	164.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w8v_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w8v_full_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示
XML形式データ	4w8v_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4w8v_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w8wC 4w8xC 4w8yC 4w8zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x7l-d 2r6h-2 7age-3 1td6-d 1pbq-1 7age-1 3wce-5 2peg-d 6yxo-1 5m6c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR system Cmr subunit Cmr6

B: CRISPR system Cmr subunit Cmr6

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR system Cmr subunit Cmr6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CRISPR system Cmr subunit Cmr6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.396, 127.731, 133.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-445- HOH

#1: タンパク質	CRISPR system Cmr subunit Cmr6 / CRISPR type III-B/RAMP module RAMP protein Cmr6 分子量: 27915.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 101-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr6, PF1124 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8U1T1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CRISPR system Cmr subunit Cmr6 / CRISPR type III-B/RAMP module RAMP protein Cmr6

分子量: 27915.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 101-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr6, PF1124
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U1T1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99994 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→66.65 Å / Num. obs: 64400 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 26.47
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 95.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→66.651 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2299	3239	5.03 %	random selection
R_work	0.1756	-	-	-
obs	0.1784	64400	99.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→66.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3693	0	0	194	3887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3795
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	5136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.929	1422
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1504-2.1825	0.4242	115	0.3944	2254	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1825-2.2166	0.4168	141	0.364	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2166-2.253	0.3885	147	0.36	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.253-2.2918	0.3788	141	0.3377	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2918-2.3335	0.3305	141	0.322	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3335-2.3784	0.3666	140	0.3048	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3784-2.4269	0.3377	145	0.2974	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4269-2.4797	0.3157	145	0.2946	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4797-2.5374	0.3003	139	0.2685	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5374-2.6008	0.2611	143	0.2446	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6008-2.6711	0.3044	140	0.2456	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6711-2.7498	0.3251	142	0.2547	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7498-2.8385	0.2985	143	0.2377	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8385-2.94	0.3668	138	0.2106	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.0577	0.2353	138	0.2064	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0577-3.1968	0.2707	143	0.1875	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1968-3.3654	0.2546	138	0.1872	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3654-3.5762	0.2592	146	0.1713	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5762-3.8523	0.2192	139	0.1492	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8523-4.2399	0.1925	146	0.1294	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2399-4.8533	0.158	139	0.1182	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8533-6.114	0.1924	142	0.1482	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
6.114-66.6835	0.1898	148	0.1523	2688	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.9593 Å / Origin y: 10.7156 Å / Origin z: -20.5601 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4678 Å²	-0.0139 Å²	0.0322 Å²	-	0.4477 Å²	-0.0215 Å²	-	-	0.4554 Å²
L	0.9694 °²	-0.2471 °²	0.4277 °²	-	0.7768 °²	-0.0886 °²	-	-	0.8871 °²
S	0.0985 Å °	-0.0852 Å °	0.0615 Å °	-0.0646 Å °	-0.0576 Å °	0.1296 Å °	0.0467 Å °	0.0759 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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