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- PDB-4w7g: Crystal Structure of the Dynein Light Intermediate Chain's Conser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w7g
タイトルCrystal Structure of the Dynein Light Intermediate Chain's Conserved Domain
要素Dynein Light Intermediate Chain
キーワードMOTOR PROTEIN / molecular motor / G protein / intracellular motility / dynein subunit
機能・相同性Dynein 1 light intermediate chain / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / cytoplasmic dynein complex / microtubule motor activity / microtubule-based movement / cytoplasm / Putative motor protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schroeder, C.M. / Ekiert, D.C. / Vale, R.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM038499 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097312 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A Ras-like domain in the light intermediate chain bridges the dynein motor to a cargo-binding region.
著者: Schroeder, C.M. / Ostrem, J.M. / Hertz, N.T. / Vale, R.D.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein Light Intermediate Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1301
ポリマ－61,1301
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.370, 138.670, 112.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Dynein Light Intermediate Chain


分子量: 61130.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0010980 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIPL / 参照: UniProt: G0S0R6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, and 20% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 27518 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 1.35 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.108 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 1736 6.31 %Random selection
Rwork0.1737 ---
obs0.1766 27513 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2385 0 0 122 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2323402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.774930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16180.31031410.25662109X-RAY DIFFRACTION100
2.1618-2.23160.2841430.2292104X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.31130.25951430.21162134X-RAY DIFFRACTION100
2.3113-2.40390.24351440.18722124X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.51330.23031430.1842131X-RAY DIFFRACTION100
2.5133-2.64580.24521420.18452115X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.81150.23761460.17562150X-RAY DIFFRACTION100
2.8115-3.02860.21781430.18282136X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.33330.26111450.18032150X-RAY DIFFRACTION100
3.3333-3.81550.23411450.16832164X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-4.80640.15781470.13252180X-RAY DIFFRACTION100
4.8064-49.12130.17821540.15842280X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.409 Å / Origin y: 50.526 Å / Origin z: 49.7621 Å
111213212223313233
T0.2149 Å2-0.0005 Å20.0086 Å2-0.1759 Å2-0.0085 Å2--0.1928 Å2
L1.7149 °20.0127 °2-0.0652 °2-1.3819 °2-0.2989 °2--1.1853 °2
S0.0111 Å °0.0279 Å °0.0326 Å °0.0527 Å °0.0075 Å °-0.0409 Å °-0.1228 Å °-0.0414 Å °-0.0301 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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