+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w71 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a prion peptide | ||||||
要素 | PrP peptide | ||||||
キーワード | de novo protein / membrane protein / prion peptide | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, L. / Lee, S.-J. / Yee, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Crystal Structures of Polymorphic Prion Protein beta 1 Peptides Reveal Variable Steric Zipper Conformations. 著者: Yu, L. / Lee, S.J. / Yee, V.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w71.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4w71.ent.gz | 8.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4w71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4w71_validation.pdf.gz | 374.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4w71_full_validation.pdf.gz | 374.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4w71_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4w71_validation.cif.gz | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w71 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | BIOLOGICAL UNIT DISPLAYS ONLY A PORTION OF THE CRYSTAL LATTICE TO DEMONSTRATE THE CRYSTAL PACKING CONTENT. THE CRYSTAL PACKING IS FORMED BY A REPETITION IN BOTH DIRECTIONS OF THE PORTION INDICATED |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 679.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.54 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris and 10-14 % ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 3028 / % possible obs: 72.1 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 2.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.055 / Net I/av σ(I): 12.316 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 7387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→10.997 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.25 / 位相誤差: 14.17 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 28.33 Å2 / Biso mean: 5.7137 Å2 / Biso min: 1.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1→10.997 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 0.9996→10.9972 Å / Total num. of bins used: 1
|