PDB-4w4m: Crystal structure of PrgK 19-92

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w4m

タイトル

Crystal structure of PrgK 19-92

要素

Lipoprotein PrgK

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T3SS / Salmonella

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Bergeron, J.R.C. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The modular structure of the inner-membrane ring component PrgK facilitates assembly of the type III secretion system basal body.
著者: Julien R C Bergeron / Liam J Worrall / Soumya De / Nikolaos G Sgourakis / Adrienne H Cheung / Emilie Lameignere / Mark Okon / Gregory A Wasney / David Baker / Lawrence P McIntosh / Natalie C J Strynadka /

要旨: The type III secretion system (T3SS) is a large macromolecular assembly found at the surface of many pathogenic Gram-negative bacteria. Its role is to inject toxic "effector" proteins into the cells ...

履歴

登録	2014年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w4m.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w4m.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w4m_validation.pdf.gz	520.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w4m_full_validation.pdf.gz	534.5 KB	表示
XML形式データ	4w4m_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	4w4m_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4m	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1ceb-1 4bv5-2 2x48-1 4kju-2 1krn-d 1ceb-2 1fgp-d 1gnf-d 4hhf-d 4j48-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#262 - 2021年10月
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DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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光化学系I (Photosystem I)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein PrgK

B: Lipoprotein PrgK

C: Lipoprotein PrgK

D: Lipoprotein PrgK

E: Lipoprotein PrgK

F: Lipoprotein PrgK

G: Lipoprotein PrgK

H: Lipoprotein PrgK

I: Lipoprotein PrgK

J: Lipoprotein PrgK

K: Lipoprotein PrgK

L: Lipoprotein PrgK

M: Lipoprotein PrgK

N: Lipoprotein PrgK

123 kDa, 14 ポリマー
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1

A: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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13

M: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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14

N: Lipoprotein PrgK

登録者が定義した集合体
8.77 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.120, 112.100, 112.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	19 - 79	5 - 65
2	1	PRO	PRO	B	B	19 - 79	5 - 65
1	2	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	2	PRO	PRO	C	C	19 - 78	5 - 64
1	3	PRO	PRO	A	A	19 - 79	5 - 65
2	3	PRO	PRO	D	D	19 - 79	5 - 65
1	4	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	4	PRO	PRO	E	E	19 - 78	5 - 64
1	5	PRO	PRO	A	A	19 - 79	5 - 65
2	5	PRO	PRO	F	F	19 - 79	5 - 65
1	6	PRO	PRO	A	A	19 - 79	5 - 65
2	6	PRO	PRO	G	G	19 - 79	5 - 65
1	7	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	7	PRO	PRO	H	H	19 - 78	5 - 64
1	8	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	8	PRO	PRO	I	I	19 - 78	5 - 64
1	9	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	9	PRO	PRO	J	J	19 - 78	5 - 64
1	10	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	10	PRO	PRO	K	K	19 - 78	5 - 64
1	11	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	11	PRO	PRO	L	L	19 - 78	5 - 64
1	12	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	12	PRO	PRO	M	M	19 - 78	5 - 64
1	13	PRO	PRO	A	A	19 - 78	5 - 64
2	13	PRO	PRO	N	N	19 - 78	5 - 64
1	14	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	14	PRO	PRO	C	C	19 - 78	5 - 64
1	15	PRO	PRO	B	B	19 - 79	5 - 65
2	15	PRO	PRO	D	D	19 - 79	5 - 65
1	16	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	16	PRO	PRO	E	E	19 - 78	5 - 64
1	17	PRO	PRO	B	B	19 - 79	5 - 65
2	17	PRO	PRO	F	F	19 - 79	5 - 65
1	18	PRO	PRO	B	B	19 - 79	5 - 65
2	18	PRO	PRO	G	G	19 - 79	5 - 65
1	19	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	19	PRO	PRO	H	H	19 - 78	5 - 64
1	20	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	20	PRO	PRO	I	I	19 - 78	5 - 64
1	21	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	21	PRO	PRO	J	J	19 - 78	5 - 64
1	22	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	22	PRO	PRO	K	K	19 - 78	5 - 64
1	23	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	23	PRO	PRO	L	L	19 - 78	5 - 64
1	24	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	24	PRO	PRO	M	M	19 - 78	5 - 64
1	25	PRO	PRO	B	B	19 - 78	5 - 64
2	25	PRO	PRO	N	N	19 - 78	5 - 64
1	26	PRO	PRO	C	C	19 - 78	5 - 64
2	26	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
1	27	ARG	ARG	C	C	19 - 80	5 - 66
2	27	ARG	ARG	E	E	19 - 80	5 - 66
1	28	PRO	PRO	C	C	19 - 78	5 - 64
2	28	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
1	29	PRO	PRO	C	C	19 - 78	5 - 64
2	29	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
1	30	PRO	PRO	C	C	19 - 79	5 - 65
2	30	PRO	PRO	H	H	19 - 79	5 - 65
1	31	ARG	ARG	C	C	19 - 80	5 - 66
2	31	ARG	ARG	I	I	19 - 80	5 - 66
1	32	PRO	PRO	C	C	19 - 79	5 - 65
2	32	PRO	PRO	J	J	19 - 79	5 - 65
1	33	PRO	PRO	C	C	19 - 79	5 - 65
2	33	PRO	PRO	K	K	19 - 79	5 - 65
1	34	PRO	PRO	C	C	19 - 79	5 - 65
2	34	PRO	PRO	L	L	19 - 79	5 - 65
1	35	ARG	ARG	C	C	19 - 80	5 - 66
2	35	ARG	ARG	M	M	19 - 80	5 - 66
1	36	PRO	PRO	C	C	19 - 79	5 - 65
2	36	PRO	PRO	N	N	19 - 79	5 - 65
1	37	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	37	PRO	PRO	E	E	19 - 78	5 - 64
1	38	PRO	PRO	D	D	19 - 79	5 - 65
2	38	PRO	PRO	F	F	19 - 79	5 - 65
1	39	PRO	PRO	D	D	19 - 79	5 - 65
2	39	PRO	PRO	G	G	19 - 79	5 - 65
1	40	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	40	PRO	PRO	H	H	19 - 78	5 - 64
1	41	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	41	PRO	PRO	I	I	19 - 78	5 - 64
1	42	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	42	PRO	PRO	J	J	19 - 78	5 - 64
1	43	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	43	PRO	PRO	K	K	19 - 78	5 - 64
1	44	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	44	PRO	PRO	L	L	19 - 78	5 - 64
1	45	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	45	PRO	PRO	M	M	19 - 78	5 - 64
1	46	PRO	PRO	D	D	19 - 78	5 - 64
2	46	PRO	PRO	N	N	19 - 78	5 - 64
1	47	PRO	PRO	E	E	19 - 78	5 - 64
2	47	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
1	48	PRO	PRO	E	E	19 - 78	5 - 64
2	48	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
1	49	PRO	PRO	E	E	19 - 79	5 - 65
2	49	PRO	PRO	H	H	19 - 79	5 - 65
1	50	ARG	ARG	E	E	19 - 80	5 - 66
2	50	ARG	ARG	I	I	19 - 80	5 - 66
1	51	PRO	PRO	E	E	19 - 79	5 - 65
2	51	PRO	PRO	J	J	19 - 79	5 - 65
1	52	PRO	PRO	E	E	19 - 79	5 - 65
2	52	PRO	PRO	K	K	19 - 79	5 - 65
1	53	PRO	PRO	E	E	19 - 79	5 - 65
2	53	PRO	PRO	L	L	19 - 79	5 - 65
1	54	ARG	ARG	E	E	19 - 80	5 - 66
2	54	ARG	ARG	M	M	19 - 80	5 - 66
1	55	PRO	PRO	E	E	19 - 79	5 - 65
2	55	PRO	PRO	N	N	19 - 79	5 - 65
1	56	PRO	PRO	F	F	19 - 79	5 - 65
2	56	PRO	PRO	G	G	19 - 79	5 - 65
1	57	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	57	PRO	PRO	H	H	19 - 78	5 - 64
1	58	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	58	PRO	PRO	I	I	19 - 78	5 - 64
1	59	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	59	PRO	PRO	J	J	19 - 78	5 - 64
1	60	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	60	PRO	PRO	K	K	19 - 78	5 - 64
1	61	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	61	PRO	PRO	L	L	19 - 78	5 - 64
1	62	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	62	PRO	PRO	M	M	19 - 78	5 - 64
1	63	PRO	PRO	F	F	19 - 78	5 - 64
2	63	PRO	PRO	N	N	19 - 78	5 - 64
1	64	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	64	PRO	PRO	H	H	19 - 78	5 - 64
1	65	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	65	PRO	PRO	I	I	19 - 78	5 - 64
1	66	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	66	PRO	PRO	J	J	19 - 78	5 - 64
1	67	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	67	PRO	PRO	K	K	19 - 78	5 - 64
1	68	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	68	PRO	PRO	L	L	19 - 78	5 - 64
1	69	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	69	PRO	PRO	M	M	19 - 78	5 - 64
1	70	PRO	PRO	G	G	19 - 78	5 - 64
2	70	PRO	PRO	N	N	19 - 78	5 - 64
1	71	PRO	PRO	H	H	19 - 79	5 - 65
2	71	PRO	PRO	I	I	19 - 79	5 - 65
1	72	ARG	ARG	H	H	19 - 82	5 - 68
2	72	ARG	ARG	J	J	19 - 82	5 - 68
1	73	ARG	ARG	H	H	19 - 82	5 - 68
2	73	ARG	ARG	K	K	19 - 82	5 - 68
1	74	ARG	ARG	H	H	19 - 82	5 - 68
2	74	ARG	ARG	L	L	19 - 82	5 - 68
1	75	PRO	PRO	H	H	19 - 79	5 - 65
2	75	PRO	PRO	M	M	19 - 79	5 - 65
1	76	ARG	ARG	H	H	19 - 80	5 - 66
2	76	ARG	ARG	N	N	19 - 80	5 - 66
1	77	PRO	PRO	I	I	19 - 79	5 - 65
2	77	PRO	PRO	J	J	19 - 79	5 - 65
1	78	PRO	PRO	I	I	19 - 79	5 - 65
2	78	PRO	PRO	K	K	19 - 79	5 - 65
1	79	PRO	PRO	I	I	19 - 79	5 - 65
2	79	PRO	PRO	L	L	19 - 79	5 - 65
1	80	ARG	ARG	I	I	19 - 80	5 - 66
2	80	ARG	ARG	M	M	19 - 80	5 - 66
1	81	PRO	PRO	I	I	19 - 79	5 - 65
2	81	PRO	PRO	N	N	19 - 79	5 - 65
1	82	ARG	ARG	J	J	19 - 82	5 - 68
2	82	ARG	ARG	K	K	19 - 82	5 - 68
1	83	ARG	ARG	J	J	19 - 82	5 - 68
2	83	ARG	ARG	L	L	19 - 82	5 - 68
1	84	PRO	PRO	J	J	19 - 79	5 - 65
2	84	PRO	PRO	M	M	19 - 79	5 - 65
1	85	ARG	ARG	J	J	19 - 80	5 - 66
2	85	ARG	ARG	N	N	19 - 80	5 - 66
1	86	ARG	ARG	K	K	19 - 82	5 - 68
2	86	ARG	ARG	L	L	19 - 82	5 - 68
1	87	PRO	PRO	K	K	19 - 79	5 - 65
2	87	PRO	PRO	M	M	19 - 79	5 - 65
1	88	ARG	ARG	K	K	19 - 80	5 - 66
2	88	ARG	ARG	N	N	19 - 80	5 - 66
1	89	PRO	PRO	L	L	19 - 79	5 - 65
2	89	PRO	PRO	M	M	19 - 79	5 - 65
1	90	ARG	ARG	L	L	19 - 80	5 - 66
2	90	ARG	ARG	N	N	19 - 80	5 - 66
1	91	PRO	PRO	M	M	19 - 79	5 - 65
2	91	PRO	PRO	N	N	19 - 79	5 - 65

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Lipoprotein PrgK 分子量: 8766.982 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: prgK, STM2871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41786

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 80 mM Phosphate buffer pH 4.0, 20 mM Tris pH 7.0, 25 % PEG 300, 20 mM MgCl2, 20 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 170 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9511 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9511 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→79.39 Å / Num. obs: 17949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 4.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→79.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.839 / SU B: 26.997 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.565 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27951	975	5.2 %	RANDOM
R_work	0.24612	-	-	-
obs	0.24783	17949	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→79.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6912	0	0	0	6912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	7043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	6882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.972	9552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.996	3	15910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	17.471	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.364	26.573	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.884	15	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.674	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3576	0.1
1	2	B	3576	0.1
2	1	A	3502	0.12
2	2	C	3502	0.12
3	1	A	3596	0.09
3	2	D	3596	0.09
4	1	A	3520	0.1
4	2	E	3520	0.1
5	1	A	3545	0.11
5	2	F	3545	0.11
6	1	A	3544	0.11
6	2	G	3544	0.11
7	1	A	3576	0.08
7	2	H	3576	0.08
8	1	A	3531	0.1
8	2	I	3531	0.1
9	1	A	3559	0.09
9	2	J	3559	0.09
10	1	A	3516	0.1
10	2	K	3516	0.1
11	1	A	3485	0.11
11	2	L	3485	0.11
12	1	A	3217	0.14
12	2	M	3217	0.14
13	1	A	3502	0.11
13	2	N	3502	0.11
14	1	B	3567	0.12
14	2	C	3567	0.12
15	1	B	3574	0.1
15	2	D	3574	0.1
16	1	B	3515	0.1
16	2	E	3515	0.1
17	1	B	3619	0.1
17	2	F	3619	0.1
18	1	B	3650	0.1
18	2	G	3650	0.1
19	1	B	3554	0.11
19	2	H	3554	0.11
20	1	B	3507	0.12
20	2	I	3507	0.12
21	1	B	3557	0.11
21	2	J	3557	0.11
22	1	B	3611	0.09
22	2	K	3611	0.09
23	1	B	3542	0.11
23	2	L	3542	0.11
24	1	B	3297	0.14
24	2	M	3297	0.14
25	1	B	3522	0.11
25	2	N	3522	0.11
26	1	C	3492	0.11
26	2	D	3492	0.11
27	1	C	3622	0.12
27	2	E	3622	0.12
28	1	C	3554	0.11
28	2	F	3554	0.11
29	1	C	3539	0.12
29	2	G	3539	0.12
30	1	C	3631	0.11
30	2	H	3631	0.11
31	1	C	3638	0.13
31	2	I	3638	0.13
32	1	C	3597	0.12
32	2	J	3597	0.12
33	1	C	3640	0.11
33	2	K	3640	0.11
34	1	C	3611	0.11
34	2	L	3611	0.11
35	1	C	3423	0.14
35	2	M	3423	0.14
36	1	C	3562	0.13
36	2	N	3562	0.13
37	1	D	3545	0.08
37	2	E	3545	0.08
38	1	D	3558	0.1
38	2	F	3558	0.1
39	1	D	3546	0.1
39	2	G	3546	0.1
40	1	D	3592	0.07
40	2	H	3592	0.07
41	1	D	3589	0.09
41	2	I	3589	0.09
42	1	D	3563	0.09
42	2	J	3563	0.09
43	1	D	3501	0.1
43	2	K	3501	0.1
44	1	D	3500	0.09
44	2	L	3500	0.09
45	1	D	3212	0.14
45	2	M	3212	0.14
46	1	D	3513	0.1
46	2	N	3513	0.1
47	1	E	3494	0.1
47	2	F	3494	0.1
48	1	E	3512	0.09
48	2	G	3512	0.09
49	1	E	3649	0.08
49	2	H	3649	0.08
50	1	E	3665	0.11
50	2	I	3665	0.11
51	1	E	3612	0.11
51	2	J	3612	0.11
52	1	E	3578	0.1
52	2	K	3578	0.1
53	1	E	3556	0.11
53	2	L	3556	0.11
54	1	E	3356	0.14
54	2	M	3356	0.14
55	1	E	3602	0.1
55	2	N	3602	0.1
56	1	F	3675	0.07
56	2	G	3675	0.07
57	1	F	3529	0.1
57	2	H	3529	0.1
58	1	F	3506	0.11
58	2	I	3506	0.11
59	1	F	3511	0.12
59	2	J	3511	0.12
60	1	F	3581	0.08
60	2	K	3581	0.08
61	1	F	3507	0.11
61	2	L	3507	0.11
62	1	F	3261	0.14
62	2	M	3261	0.14
63	1	F	3465	0.12
63	2	N	3465	0.12
64	1	G	3525	0.1
64	2	H	3525	0.1
65	1	G	3501	0.11
65	2	I	3501	0.11
66	1	G	3521	0.11
66	2	J	3521	0.11
67	1	G	3587	0.09
67	2	K	3587	0.09
68	1	G	3516	0.11
68	2	L	3516	0.11
69	1	G	3272	0.14
69	2	M	3272	0.14
70	1	G	3469	0.12
70	2	N	3469	0.12
71	1	H	3662	0.08
71	2	I	3662	0.08
72	1	H	3832	0.1
72	2	J	3832	0.1
73	1	H	3772	0.1
73	2	K	3772	0.1
74	1	H	3737	0.11
74	2	L	3737	0.11
75	1	H	3351	0.13
75	2	M	3351	0.13
76	1	H	3710	0.1
76	2	N	3710	0.1
77	1	I	3662	0.09
77	2	J	3662	0.09
78	1	I	3588	0.11
78	2	K	3588	0.11
79	1	I	3605	0.09
79	2	L	3605	0.09
80	1	I	3355	0.14
80	2	M	3355	0.14
81	1	I	3616	0.1
81	2	N	3616	0.1
82	1	J	3808	0.11
82	2	K	3808	0.11
83	1	J	3748	0.11
83	2	L	3748	0.11
84	1	J	3369	0.13
84	2	M	3369	0.13
85	1	J	3706	0.1
85	2	N	3706	0.1
86	1	K	3774	0.11
86	2	L	3774	0.11
87	1	K	3406	0.12
87	2	M	3406	0.12
88	1	K	3636	0.11
88	2	N	3636	0.11
89	1	L	3374	0.13
89	2	M	3374	0.13
90	1	L	3601	0.12
90	2	N	3601	0.12
91	1	M	3303	0.14
91	2	N	3303	0.14

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	80	-
R_work	0.318	1285	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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