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- PDB-4w2p: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w2p
タイトルAnti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
要素Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Garza, J.A.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Unveiling a Drift Resistant Cryptotope withinMarburgvirusNucleoprotein Recognized by Llama Single-Domain Antibodies.
著者: Garza, J.A. / Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
B: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
C: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
D: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2357
ポリマ－56,0944
非ポリマー1413
水6,828379
1
A: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1063
ポリマ－14,0241
非ポリマー822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0241
ポリマ－14,0241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0832
ポリマ－14,0241
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0241
ポリマ－14,0241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.392, 49.506, 65.406
Angle α, β, γ (deg.)87.74, 84.77, 79.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody C


分子量: 14023.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
解説: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama
プラスミド: pecan73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% polyethylene glycol 550 monomethyl ether/polyethylene glycol 20000, 0.1M carboxylic acids mix (sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate) ...詳細: 30% polyethylene glycol 550 monomethyl ether/polyethylene glycol 20000, 0.1M carboxylic acids mix (sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate), 0.1M imidazole/MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→48.65 Å / Num. obs: 36665 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rpim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5165 / Rpim(I) all: 0.332 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6APO

6apo


解像度: 1.77→26.772 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 1829 4.99 %
Rwork0.165 --
obs0.167 36633 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→26.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 9 379 4089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0345195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9411385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7684-1.81620.30491330.262565X-RAY DIFFRACTION89
1.8162-1.86970.26811250.22812599X-RAY DIFFRACTION87
1.8697-1.930.21541360.18342637X-RAY DIFFRACTION92
1.93-1.99890.24831190.16882771X-RAY DIFFRACTION93
1.9989-2.0790.22371270.16752755X-RAY DIFFRACTION93
2.079-2.17350.1831350.1682715X-RAY DIFFRACTION93
2.1735-2.28810.23441490.16162643X-RAY DIFFRACTION91
2.2881-2.43130.23071640.16292525X-RAY DIFFRACTION87
2.4313-2.61890.1911320.17032822X-RAY DIFFRACTION95
2.6189-2.88220.22761720.16452706X-RAY DIFFRACTION94
2.8822-3.29860.20631380.15792688X-RAY DIFFRACTION91
3.2986-4.15340.1541380.14192687X-RAY DIFFRACTION92
4.1534-26.77540.17611610.15672691X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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