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- PDB-4v7p: Recognition of the amber stop codon by release factor RF1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7p
タイトルRecognition of the amber stop codon by release factor RF1.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • (messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)- ...) x 2
  • 16S rRNA (1504-MER)
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • P-site tRNA-fMet
  • Peptide chain release factor 1
キーワードRIBOSOME / 70S / termination / release factor / RF1 / amber / stop codon / UAG
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx ...Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Peptide chain release factor 1 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Korostelev, A. / Zhu, J. / Asahara, H. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Recognition of the amber UAG stop codon by release factor RF1.
著者: Korostelev, A. / Zhu, J. / Asahara, H. / Noller, H.F.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3MR8, 3MRZ, 3MS0, 3MS1
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA (1504-MER)
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein Thx
AV: Peptide chain release factor 1
AW: P-site tRNA-fMet
AX: messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L10
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B1: 50S ribosomal protein L31
B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
CA: 23S ribosomal RNA
CB: 5S ribosomal RNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L10
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C1: 50S ribosomal protein L31
C2: 50S ribosomal protein L32
C3: 50S ribosomal protein L33
C4: 50S ribosomal protein L34
C5: 50S ribosomal protein L35
DA: 16S rRNA (1504-MER)
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein Thx
DV: Peptide chain release factor 1
DW: P-site tRNA-fMet
DX: messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,434,764524
ポリマ－4,424,537110
非ポリマー10,227414
水00
1
AA: 16S rRNA (1504-MER)
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein Thx
AV: Peptide chain release factor 1
AW: P-site tRNA-fMet
AX: messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L10
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B1: 50S ribosomal protein L31
B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,218,147307
ポリマ－2,211,94055
非ポリマー6,207252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 23S ribosomal RNA
CB: 5S ribosomal RNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L10
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C1: 50S ribosomal protein L31
C2: 50S ribosomal protein L32
C3: 50S ribosomal protein L33
C4: 50S ribosomal protein L34
C5: 50S ribosomal protein L35
DA: 16S rRNA (1504-MER)
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein Thx
DV: Peptide chain release factor 1
DW: P-site tRNA-fMet
DX: messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,216,618217
ポリマ－2,212,59855
非ポリマー4,020162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.380, 452.700, 617.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain BA or chain BB or chain BD or chain...
211(chain DA or chain DB or chain DD or chain...
112chain AA or segid AS* or segid AT*
212chain CA or segid BS* or segid BT*
113chain AX
213chain DX
114chain AV and not resid 1:100
214chain DV and not resid 1:100
115chain AV and not resid 1:100
215chain DV and not resid 1:100
116chain BA and resid 2093:2196
216chain DA and resid 2093:2196
117chain BA and resid 1051:1108
217chain DA and resid 1051:1108

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 8分子 AADAAWDWBACABBCB

#1: RNA鎖 16S rRNA (1504-MER)


分子量: 488431.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1
#23: RNA鎖 P-site tRNA-fMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 参照: GenBank: CP001509.3
#25: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936302.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1
#26: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABDBACDCADDDAEDEAFDFAGDGAHDHAIDIAJDJAKDKALDLAMDMANDNAODOAPDP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62662
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62663
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62664
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16460.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62665
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62666
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62667
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62668
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62669
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62653
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62654
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P61941
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13308.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62655
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62656
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62657
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62238
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11721.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62658
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62659
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 8949.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62660
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10907.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62661
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62613

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AVDV

#22: タンパク質 Peptide chain release factor 1 / RF-1


分子量: 40153.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HB8

-
Messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)- ... , 2種, 2分子 AXDX

#24: RNA鎖 messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')


分子量: 2245.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#56: RNA鎖 messenger RNA (5'-R(*AP*AP*UP*GP*UP*AP*G)-3')


分子量: 2903.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BCCCBDCDBECEBFCFBGCGBHCHBICIBJCJBKCKBLCLBMCMBNCNBOCOBPCPBQCQ...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30401.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I07
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I04
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I05
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20944.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I16
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I19
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV5
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 18586.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GS1
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15796.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IN1
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I14
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I23
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I11
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I33
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12508.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I20
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JU9
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13500.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L76
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR2
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12678.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I09
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I06
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11954.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I15
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IA7
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9369.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR3
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72G84
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I12
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6670.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I22
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JR0
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6602.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62652
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GW3
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5975.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P80340
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7374.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L77

-
非ポリマー , 2種, 414分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.339 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method dispensed robotically using 1-2 uL ribosome complexes mixed with 1-2 uL reservoir solution (100 mM Tris-OAc, pH 7.0, 200 mM ...詳細: crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method dispensed robotically using 1-2 uL ribosome complexes mixed with 1-2 uL reservoir solution (100 mM Tris-OAc, pH 7.0, 200 mM KSCN, 3.4-4.8% PEG20,000, 2.5-11.5% PEG200) at 22.5 C, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.0332
シンクロトロンSSRL BL12-220.9795
検出器日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.97951
反射解像度: 3.514→89 Å / Num. all: 724157 / Num. obs: 723953 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3F1E and 3F1F

3f1e
PDB 未公開エントリ

3f1f
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.62→49.953 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 13271 2 %2% random
Rwork0.26 ---
obs0.26 663328 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.406 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 491.94 Å2 / Biso min: 75.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.62→49.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21924 34121 2 0 56047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002319010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.659476570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04160294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00226226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.407172552
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11BA87351X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
12DA87351X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21AA51443X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
22CA51443X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
31AX1789X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
32DX1789X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
41AV1984X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
42DV1984X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51AV829X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
52DV829X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
61BA2239X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
62DA2239X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
71BA1241X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
72DA1241X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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