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- PDB-4v7j: Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7j
タイトルStructure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage state)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • (RNA (77-MER)) x 2
  • RNA (119-MER)
  • RNA (1504-MER)
  • RNA (2848-MER)
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*A*AP*AP*AP*AP*UP*GP*(OMU)P*(A2M)P*(OMG)P*AP*AP*AP*A)-3')
  • Toxin relE
キーワードRIBOSOME / RelE / NUCLEASE / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Metal-binding / Zinc-finger / tRNA-binding / Antibiotic resistance / Repressor / Stress response / Toxin / translation / translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / large ribosomal subunit ...toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / protein-DNA complex / large ribosomal subunit / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / mRNA interferase toxin RelE / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / mRNA interferase toxin RelE / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Neubauer, C. / Gao, Y.-G. / Andersen, K.R. / Dunham, C.M. / Kelley, A.C. / Hentschel, J. / Gerdes, K. / Ramakrishnan, V. / Brodersen, D.E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The structural basis for mRNA recognition and cleavage by the ribosome-dependent endonuclease RelE.
著者: Neubauer, C. / Gao, Y.G. / Andersen, K.R. / Dunham, C.M. / Kelley, A.C. / Hentschel, J. / Gerdes, K. / Ramakrishnan, V. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3KIQ, 3KIR, 3KIS, 3KIT
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Ab: 30S ribosomal protein S2
Ac: 30S ribosomal protein S3
Ad: 30S ribosomal protein S4
Ae: 30S ribosomal protein S5
Af: 30S ribosomal protein S6
Ag: 30S ribosomal protein S7
Ah: 30S ribosomal protein S8
Ai: 30S ribosomal protein S9
Aj: 30S ribosomal protein S10
Ak: 30S ribosomal protein S11
Al: 30S ribosomal protein S12
Am: 30S ribosomal protein S13
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Av: RNA (77-MER)
Aw: RNA (77-MER)
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AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AI: 50S ribosomal protein L9
AJ: 50S ribosomal protein L10
AN: 50S ribosomal protein L13
AO: 50S ribosomal protein L14
AP: 50S ribosomal protein L15
AQ: 50S ribosomal protein L16
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AU: 50S ribosomal protein L20
AV: 50S ribosomal protein L21
AW: 50S ribosomal protein L22
AX: 50S ribosomal protein L23
AY: 50S ribosomal protein L24
AZ: 50S ribosomal protein L25
A0: 50S ribosomal protein L27
A1: 50S ribosomal protein L28
A2: 50S ribosomal protein L29
A3: 50S ribosomal protein L30
A4: 50S ribosomal protein L31
A5: 50S ribosomal protein L32
A6: 50S ribosomal protein L33
A7: 50S ribosomal protein L34
A8: 50S ribosomal protein L35
A9: 50S ribosomal protein L36
AA: RNA (2848-MER)
AB: RNA (119-MER)
Bb: 30S ribosomal protein S2
Bc: 30S ribosomal protein S3
Bd: 30S ribosomal protein S4
Be: 30S ribosomal protein S5
Bf: 30S ribosomal protein S6
Bg: 30S ribosomal protein S7
Bh: 30S ribosomal protein S8
Bi: 30S ribosomal protein S9
Bj: 30S ribosomal protein S10
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Bl: 30S ribosomal protein S12
Bm: 30S ribosomal protein S13
Bn: 30S ribosomal protein S14 type Z
Bo: 30S ribosomal protein S15
Bp: 30S ribosomal protein S16
Bq: 30S ribosomal protein S17
Br: 30S ribosomal protein S18
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By: Toxin relE
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Bv: RNA (77-MER)
Bw: RNA (77-MER)
BC: 50S ribosomal protein L1
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BI: 50S ribosomal protein L9
BJ: 50S ribosomal protein L10
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
BA: RNA (2848-MER)
BB: RNA (119-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,532,5531188
ポリマ－4,506,170116
非ポリマー26,3841072
水00
1
Ab: 30S ribosomal protein S2
Ac: 30S ribosomal protein S3
Ad: 30S ribosomal protein S4
Ae: 30S ribosomal protein S5
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Ag: 30S ribosomal protein S7
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A2: 50S ribosomal protein L29
A3: 50S ribosomal protein L30
A4: 50S ribosomal protein L31
A5: 50S ribosomal protein L32
A6: 50S ribosomal protein L33
A7: 50S ribosomal protein L34
A8: 50S ribosomal protein L35
A9: 50S ribosomal protein L36
AA: RNA (2848-MER)
AB: RNA (119-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,266,277594
ポリマ－2,253,08558
非ポリマー13,192536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Bb: 30S ribosomal protein S2
Bc: 30S ribosomal protein S3
Bd: 30S ribosomal protein S4
Be: 30S ribosomal protein S5
Bf: 30S ribosomal protein S6
Bg: 30S ribosomal protein S7
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Bu: 30S ribosomal protein Thx
By: Toxin relE
Ba: RNA (1504-MER)
Bx: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*A*AP*AP*AP*AP*UP*GP*(OMU)P*(A2M)P*(OMG)P*AP*AP*AP*A)-3')
Bv: RNA (77-MER)
Bw: RNA (77-MER)
BC: 50S ribosomal protein L1
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BJ: 50S ribosomal protein L10
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
BA: RNA (2848-MER)
BB: RNA (119-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,266,277594
ポリマ－2,253,08558
非ポリマー13,192536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.571, 451.963, 622.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 AbBbAcBcAdBdAeBeAfBfAgBgAhBhAiBiAjBjAkBkAlBlAmBmAnBnAoBoApBp...

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
参照: UniProt: P24319, UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
参照: UniProt: P24320, UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#20: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P62612, UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AyBy

#21: タンパク質 Toxin relE


分子量: 11074.018 Da / 分子数: 2 / Mutation: R45A, R81A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1563, JW1555, relE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0C077

-
RNA鎖 , 6種, 12分子 AaBaAxBxAvBvAwBwAABAABBB

#22: RNA鎖 RNA (1504-MER)


分子量: 488391.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 70S ribosomes purified from T. thermophilus / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#23: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*A*AP*AP*AP*AP*UP*GP*(OMU)P*(A2M)P*(OMG)P*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 8262.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic mRNA with anti-shine dalgarno sequence, AAA codon in E-site, AUG codon in P-site and UAG codon in A-site. A-site nucleotides have a 2'O-methoxy modification
#24: RNA鎖 RNA (77-MER)


分子量: 24816.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#25: RNA鎖 RNA (77-MER)


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#57: RNA鎖 RNA (2848-MER)


分子量: 926365.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#58: RNA鎖 RNA (119-MER)


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 62分子 ACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJANBNAOBOAPBPAQBQARBRASBSATBT...

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24872.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 18586.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8VVE3
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#56: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2

-
非ポリマー , 2種, 1072分子

#59: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1064 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, 3-4.5% w/v PEG 20k, 3-4.5% PEG 550 monomethylether, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HAc11
2KSCN11
3PEG 20k11
4PEG 550 monomethylether11
5Tris-HAc12
6KSCN12
7PEG 20k12
8PEG 550 monomethylether12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 885437 / Num. obs: 883810 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.46 % / Biso Wilson estimate: 76.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0163 / Rsym value: 0.0163 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 7.43 % / Rmerge(I) obs: 0.0119 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 75083 / Rsym value: 0.0119 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
IDLデータ収集
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WH1

2wh1
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.3→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 40918 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.219 885437 --
obs0.219 883807 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 116.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.38 Å21.33 Å24.05 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19866 35872 237 0 55975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.004
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 138916 -
Rwork0.313 --
obs-146153 99.7 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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