PDB-4v5v: Structure of respiratory syncytial virus nucleocapsid protein, P1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v5v

タイトル

Structure of respiratory syncytial virus nucleocapsid protein, P1 crystal form

要素

RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN
RNAリボ核酸

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) /

VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX (ウイルス性)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway /

RNA binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (RSウイルス)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

El Omari, K. / Dhaliwal, B. / Ren, J. / Abrescia, N.G.A. / Lockyer, M. / Powell, K.L. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of Respiratory Syncytial Virus Nucleocapsid Protein from Two Crystal Forms: Details of Potential Packing Interactions in the Native Helical Form.
著者: El Omari, K. / Dhaliwal, B. / Ren, J. / Abrescia, N.G.A. / Lockyer, M. / Powell, K.L. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

履歴

登録	2011年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 2YHP, 2YHQ
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4v5v.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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登録構造単位

AA: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN

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BO: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN

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BW: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN

BX: RNA

BY: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN

BZ: RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN

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438 kDa, 11 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.347, 175.740, 241.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.09, 89.96, 89.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 375 / Label seq-ID: 1 - 375

#1: タンパク質	... RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN 分子量: 41659.820 Da / 分子数: 40 / 断片: RESIDUES 1-375 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (RSウイルス) 株: STRAIN A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KRW9
#2: RNA鎖	RNA / リボ核酸分子量: 21317.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: NON SPECIFIC RNA FROM CELLULAR ORIGIN BOUND TO THE NUCLEOPROTEIN 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 10% (V/V) MPD, 0.05 M AMMONIUM ACETATE, 0.05 M TRIS PH7.5, 0.01 M MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 330486 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		モデル構築
REFMAC	5.6.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ8

2wj8

解像度: 3.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 44.873 / SU ML: 0.589 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.647 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	15380	5 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.236	289510	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 146.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.77 Å²	0.51 Å²	-0.2 Å²
2-	-	-8.9 Å²	0.92 Å²
3-	-	-	-10.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	58400	2800	0	0	61200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	124876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.941	169424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.025	5	14960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.861	24.504	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.167	15	21880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.557	15	640
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	19160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	90360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2912 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	AA	tight positional	0.02	0.05
2	AB	tight positional	0.02	0.05
3	AC	tight positional	0.02	0.05
4	AD	tight positional	0.02	0.05
5	AE	tight positional	0.02	0.05
6	AF	tight positional	0.02	0.05
7	AG	tight positional	0.02	0.05
8	AH	tight positional	0.02	0.05
9	AI	tight positional	0.03	0.05
10	AJ	tight positional	0.02	0.05
11	AL	tight positional	0.02	0.05
12	AN	tight positional	0.02	0.05
13	AO	tight positional	0.02	0.05
14	AP	tight positional	0.02	0.05
15	AQ	tight positional	0.03	0.05
16	AR	tight positional	0.02	0.05
17	AS	tight positional	0.02	0.05
18	AT	tight positional	0.02	0.05
19	AU	tight positional	0.02	0.05
20	AV	tight positional	0.02	0.05
21	BW	tight positional	0.02	0.05
22	BY	tight positional	0.02	0.05
23	BZ	tight positional	0.02	0.05
24	BJ	tight positional	0.03	0.05
25	BK	tight positional	0.02	0.05
26	BL	tight positional	0.03	0.05
27	BM	tight positional	0.02	0.05
28	BN	tight positional	0.02	0.05
29	BO	tight positional	0.03	0.05
30	BP	tight positional	0.02	0.05
31	BQ	tight positional	0.03	0.05
32	BI	tight positional	0.02	0.05
33	BA	tight positional	0.02	0.05
34	BB	tight positional	0.02	0.05
35	BC	tight positional	0.02	0.05
36	BD	tight positional	0.02	0.05
37	BE	tight positional	0.02	0.05
38	BF	tight positional	0.02	0.05
39	BG	tight positional	0.02	0.05
40	BH	tight positional	0.02	0.05
1	AA	tight thermal	15.47	0.5
2	AB	tight thermal	16.48	0.5
3	AC	tight thermal	15.19	0.5
4	AD	tight thermal	17.26	0.5
5	AE	tight thermal	14.85	0.5
6	AF	tight thermal	15.73	0.5
7	AG	tight thermal	21.17	0.5
8	AH	tight thermal	15.54	0.5
9	AI	tight thermal	15.99	0.5
10	AJ	tight thermal	15.59	0.5
11	AL	tight thermal	14.94	0.5
12	AN	tight thermal	23.28	0.5
13	AO	tight thermal	16.46	0.5
14	AP	tight thermal	15.57	0.5
15	AQ	tight thermal	15.85	0.5
16	AR	tight thermal	16.47	0.5
17	AS	tight thermal	15.18	0.5
18	AT	tight thermal	14.97	0.5
19	AU	tight thermal	15.97	0.5
20	AV	tight thermal	16.07	0.5
21	BW	tight thermal	14.99	0.5
22	BY	tight thermal	17.54	0.5
23	BZ	tight thermal	14.29	0.5
24	BJ	tight thermal	16.42	0.5
25	BK	tight thermal	15.78	0.5
26	BL	tight thermal	14.81	0.5
27	BM	tight thermal	15.12	0.5
28	BN	tight thermal	14.63	0.5
29	BO	tight thermal	15.63	0.5
30	BP	tight thermal	15.88	0.5
31	BQ	tight thermal	15	0.5
32	BI	tight thermal	15.06	0.5
33	BA	tight thermal	14.91	0.5
34	BB	tight thermal	14.78	0.5
35	BC	tight thermal	15.08	0.5
36	BD	tight thermal	15.68	0.5
37	BE	tight thermal	15	0.5
38	BF	tight thermal	17.24	0.5
39	BG	tight thermal	14.32	0.5
40	BH	tight thermal	15.63	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.462	1167	-
R_work	0.456	21463	-
obs	-	-	97.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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