PDB-4v5t: X-ray structure of the Grapevine Fanleaf virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v5t

タイトル

X-ray structure of the Grapevine Fanleaf virus

要素

COAT PROTEIN

キーワード

VIRUS / FANLEAF DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / viral capsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

GRAPEVINE FANLEAF VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Schellenberger, P. / Sauter, C. / Lorber, B. / Bron, P. / Trapani, S. / Bergdoll, M. / Marmonier, A. / Schmitt-Keichinger, C. / Lemaire, O. / Demangeat, G. / Ritzenthaler, C.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into Viral Determinants of Nematode Mediated Grapevine Fanleaf Virus Transmission.
著者: Schellenberger, P. / Sauter, C. / Lorber, B. / Bron, P. / Trapani, S. / Bergdoll, M. / Marmonier, A. / Schmitt-Keichinger, C. / Lemaire, O. / Demangeat, G. / Ritzenthaler, C.

履歴

登録	2011年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 2Y7T, 2Y7U, 2Y7V
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.date_author_approval / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v5t.cif.gz	5.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v5t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v5t_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v5t_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4v5t_validation.xml.gz	960.7 KB	表示
CIF形式データ	4v5t_validation.cif.gz	1.3 MB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y26SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y26-1 5fmo-1 6qcc-1 4v5w-d 6jjc-1 1pgw-1 1ny7-1 2bfu-1 1bmv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AA: COAT PROTEIN

AB: COAT PROTEIN

AC: COAT PROTEIN

AD: COAT PROTEIN

AE: COAT PROTEIN

AF: COAT PROTEIN

AG: COAT PROTEIN

AH: COAT PROTEIN

AI: COAT PROTEIN

AJ: COAT PROTEIN

AK: COAT PROTEIN

AL: COAT PROTEIN

AM: COAT PROTEIN

AN: COAT PROTEIN

AO: COAT PROTEIN

AP: COAT PROTEIN

AQ: COAT PROTEIN

AR: COAT PROTEIN

AS: COAT PROTEIN

AT: COAT PROTEIN

BA: COAT PROTEIN

BB: COAT PROTEIN

BC: COAT PROTEIN

BD: COAT PROTEIN

BE: COAT PROTEIN

BF: COAT PROTEIN

BG: COAT PROTEIN

BH: COAT PROTEIN

BI: COAT PROTEIN

BJ: COAT PROTEIN

BK: COAT PROTEIN

BL: COAT PROTEIN

BM: COAT PROTEIN

BN: COAT PROTEIN

BO: COAT PROTEIN

BP: COAT PROTEIN

BQ: COAT PROTEIN

BR: COAT PROTEIN

BS: COAT PROTEIN

BT: COAT PROTEIN

CA: COAT PROTEIN

CB: COAT PROTEIN

CC: COAT PROTEIN

CD: COAT PROTEIN

CE: COAT PROTEIN

CF: COAT PROTEIN

CG: COAT PROTEIN

CH: COAT PROTEIN

CI: COAT PROTEIN

CJ: COAT PROTEIN

CK: COAT PROTEIN

CL: COAT PROTEIN

CM: COAT PROTEIN

CN: COAT PROTEIN

CO: COAT PROTEIN

CP: COAT PROTEIN

CQ: COAT PROTEIN

CR: COAT PROTEIN

CS: COAT PROTEIN

CT: COAT PROTEIN

3.36 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	279.400, 279.600, 293.300
Angle α, β, γ (deg.)	102.40, 116.40, 108.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	... COAT PROTEIN / 2C-CP 分子量: 56073.141 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GRAPEVINE FANLEAF VIRUS (ウイルス) / 株: GFLV-F13 / 参照: UniProt: P18474

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.66 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS OF GFLV-F13 WERE GROWN AT 293K BY VAPOR DIFFUSION (1 MICROLITER SITTING DROPS) WITH A VIRUS SOLUTION AT 2.2 MG/ML AND A RESERVOIR CONTAINING 4% (M/V) PEG 3350, 0.1 M HEPES NA PH 7.5 ...詳細: CRYSTALS OF GFLV-F13 WERE GROWN AT 293K BY VAPOR DIFFUSION (1 MICROLITER SITTING DROPS) WITH A VIRUS SOLUTION AT 2.2 MG/ML AND A RESERVOIR CONTAINING 4% (M/V) PEG 3350, 0.1 M HEPES NA PH 7.5 AND 0.2% (M/V) AGAROSE.

結晶

マシュー密度: 5.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.66 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS OF GFLV-F13 WERE GROWN AT 293K BY VAPOR DIFFUSION (1 MICROLITER SITTING DROPS) WITH A VIRUS SOLUTION AT 2.2 MG/ML AND A RESERVOIR CONTAINING 4% (M/V) PEG 3350, 0.1 M HEPES NA PH 7.5 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→135.426 Å / Num. obs: 1214112 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 36.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		モデル構築
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y26

2y26

解像度: 3→135.426 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	60925	5 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1911	1214112	88.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 5.791 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.628 Å²	-0.5939 Å²	2.5481 Å²
2-	-	-5.1409 Å²	5.1099 Å²
3-	-	-	5.5261 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→135.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	79020	0	0	0	79020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	243480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.195	331140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.539	86520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	36900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	42060

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	AA	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	AB	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.081
1	3	AC	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
1	4	AD	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	5	AE	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	6	AF	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	7	AG	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	8	AH	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
1	9	AI	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	10	AJ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.107
1	11	AK	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.108
1	12	AL	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.29
1	13	AM	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	14	AN	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
1	15	AO	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.122
1	16	AP	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.245
1	17	AQ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
1	18	AR	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.124
1	19	AS	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
1	20	AT	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
1	21	BA	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	22	BB	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
1	23	BC	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	24	BD	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
1	25	BE	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	26	BF	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.096
1	27	BG	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	28	BH	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	29	BI	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.108
1	30	BJ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	31	BK	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
1	32	BL	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.291
1	33	BM	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.107
1	34	BN	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.095
1	35	BO	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.095
1	36	BP	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.252
1	37	BQ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
1	38	BR	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.13
1	39	BS	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
1	40	BT	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	41	CA	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.097
1	42	CB	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
1	43	CC	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.081
1	44	CD	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	45	CE	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
1	46	CF	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
1	47	CG	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.107
1	48	CH	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	49	CI	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	50	CJ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.102
1	51	CK	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.106
1	52	CL	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.289
1	53	CM	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.105
1	54	CN	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
1	55	CO	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
1	56	CP	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.238
1	57	CQ	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
1	58	CR	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.172
1	59	CS	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	60	CT	3951	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0341	0.3525	1409	0.3214	27561	X-RAY DIFFRACTION	63
3.0341-3.0698	0.3314	1836	0.3038	34332	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0698-3.1072	0.3066	1817	0.2913	34828	X-RAY DIFFRACTION	80
3.1072-3.1466	0.3077	1835	0.2884	34935	X-RAY DIFFRACTION	80
3.1466-3.188	0.2925	1927	0.2716	35680	X-RAY DIFFRACTION	82
3.188-3.2316	0.2902	1905	0.2736	34942	X-RAY DIFFRACTION	81
3.2316-3.2778	0.2968	1752	0.2676	34579	X-RAY DIFFRACTION	79
3.2778-3.3268	0.278	1961	0.2496	36804	X-RAY DIFFRACTION	84
3.3268-3.3787	0.2566	2048	0.2388	37208	X-RAY DIFFRACTION	86
3.3787-3.4341	0.2543	1998	0.2292	37846	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4341-3.4934	0.2533	1980	0.2276	38341	X-RAY DIFFRACTION	88
3.4934-3.5569	0.2405	2092	0.2125	38352	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5569-3.6253	0.2337	2057	0.2133	38400	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6253-3.6993	0.2261	2119	0.2066	39055	X-RAY DIFFRACTION	90
3.6993-3.7798	0.2065	2013	0.1885	39189	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7798-3.8677	0.1978	2080	0.1818	39492	X-RAY DIFFRACTION	91
3.8677-3.9644	0.1954	2113	0.1737	39854	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9644-4.0716	0.183	2142	0.1632	39968	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0716-4.1914	0.1641	2057	0.1456	40378	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1914-4.3267	0.1604	2226	0.1422	40291	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3267-4.4814	0.1442	2140	0.1308	40614	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4814-4.6608	0.1465	2218	0.133	40788	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6608-4.8729	0.1496	2114	0.1342	41075	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8729-5.1299	0.15	2176	0.1392	41265	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1299-5.4513	0.1742	2116	0.1592	41026	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4513-5.8722	0.1865	2162	0.1697	40996	X-RAY DIFFRACTION	94
5.8722-6.4631	0.1794	2142	0.1663	40981	X-RAY DIFFRACTION	94
6.4631-7.3983	0.1643	2110	0.1563	41299	X-RAY DIFFRACTION	95
7.3983-9.3207	0.171	2216	0.1582	41574	X-RAY DIFFRACTION	95
9.3207-135.5646	0.2291	2164	0.2286	41534	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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