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- PDB-4v5i: Structure of the Phage P2 Baseplate in its Activated Conformation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5i
タイトルStructure of the Phage P2 Baseplate in its Activated Conformation with Ca
要素
  • ORF15
  • ORF16
  • PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / SIPHOVIRIDAE / LACTOCOCCUS LACTIS
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
: / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor binding protein / Receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.464 Å
データ登録者Sciara, G. / Bebeacua, C. / Bron, P. / Tremblay, D. / Ortiz-Lombardia, M. / Lichiere, J. / van Heel, M. / Campanacci, V. / Moineau, S. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Structure of lactococcal phage p2 baseplate and its mechanism of activation.
著者: Giuliano Sciara / Cecilia Bebeacua / Patrick Bron / Denise Tremblay / Miguel Ortiz-Lombardia / Julie Lichière / Marin van Heel / Valérie Campanacci / Sylvain Moineau / Christian Cambillau /
要旨: Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their ...Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their tail involved in host recognition and attachment. Here, we report analysis of the p2 phage baseplate structure by X-ray crystallography and electron microscopy and propose a mechanism for the baseplate activation during attachment to the host cell. This approximately 1 MDa, Escherichia coli-expressed baseplate is composed of three protein species, including six trimers of the receptor-binding protein (RBP). RBPs host-recognition domains point upwards, towards the capsid, in agreement with the electron-microscopy map of the free virion. In the presence of Ca(2+), a cation mandatory for infection, the RBPs rotated 200 degrees downwards, presenting their binding sites to the host, and a channel opens at the bottom of the baseplate for DNA passage. These conformational changes reveal a novel siphophage activation and host-recognition mechanism leading ultimately to DNA ejection.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2X54, 2X5A
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / struct
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: ORF16
AA: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AB: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AC: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AD: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AE: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AF: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AG: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AH: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AI: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AJ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AK: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AL: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AM: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AN: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AO: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AP: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AQ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AR: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AS: ORF15
AT: ORF15
AU: ORF15
AV: ORF15
AW: ORF15
AX: ORF15
AY: ORF16
AZ: ORF16
B0: ORF16
BA: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BB: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BC: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BD: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BE: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BF: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BG: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BH: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BI: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BJ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BK: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
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BM: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BN: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BO: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BP: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BQ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BR: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BS: ORF15
BT: ORF15
BU: ORF15
BV: ORF15
BW: ORF15
BX: ORF15
BY: ORF16
BZ: ORF16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,697,20966
ポリマ－1,696,72854
非ポリマー48112
水00
1
A0: ORF16
AA: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AB: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AC: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AD: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AE: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AF: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AG: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AH: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AI: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AJ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AK: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AL: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AM: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AN: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AO: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AP: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AQ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AR: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
AS: ORF15
AT: ORF15
AU: ORF15
AV: ORF15
AW: ORF15
AX: ORF15
AY: ORF16
AZ: ORF16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)848,60433
ポリマ－848,36427
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B0: ORF16
BA: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BB: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BC: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BD: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BE: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BF: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BG: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BH: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BI: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BJ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BK: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BL: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BM: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BN: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BO: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BP: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BQ: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BR: PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
BS: ORF15
BT: ORF15
BU: ORF15
BV: ORF15
BW: ORF15
BX: ORF15
BY: ORF16
BZ: ORF16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)848,60433
ポリマ－848,36427
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)219.521, 219.337, 392.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ORF16


分子量: 42542.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: タンパク質 ...
PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN / ORF18


分子量: 28536.861 Da / 分子数: 36 / Fragment: RESIDUES 2-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1RNF7, UniProt: Q71AW2*PLUS
#3: タンパク質
ORF15


分子量: 34511.992 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
非ポリマーの詳細CALCIUM (CA): DIVALENT CATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 20C, PROTEIN 4 MG/ML. 3.3% PEG 8000 IN 33 MM TRIS PH 8.5, 130 MM CA ACETATE, 66 MM LI SULFATE, AND 66 MM IMIDAZOLE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.464→44.6 Å / Num. obs: 112351 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 200 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 5.464→5.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X53

2x53


解像度: 5.464→44.563 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 5615 5 %
Rwork0.2908 --
obs0.2912 112191 91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-35.9922 Å20 Å20.2241 Å2
2--27.8547 Å20 Å2
3----63.8469 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.464→44.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59736 0 6 0 59742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01100000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.672100000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0343284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1318912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.4641-5.6590.33255120.34149789X-RAY DIFFRACTION84
5.659-5.88510.32415630.325810824X-RAY DIFFRACTION93
5.8851-6.15230.35085620.331810799X-RAY DIFFRACTION93
6.1523-6.47580.33685730.330510913X-RAY DIFFRACTION93
6.4758-6.88010.31855620.320510741X-RAY DIFFRACTION93
6.8801-7.40910.32265760.313410769X-RAY DIFFRACTION92
7.4091-8.15060.3016190.296610783X-RAY DIFFRACTION92
8.1506-9.32060.29785590.275910680X-RAY DIFFRACTION92
9.3206-11.70770.2495710.256210692X-RAY DIFFRACTION91
11.7077-44.56440.28955180.27610586X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73070.01550.21310.1920.02542.6132-0.17280.8125-0.2911-0.45050.0249-0.73540.23580.5667-03.1340.28810.83414.1052-0.03643.4094115.7349-53.445125.6852
20.8251-0.0666-0.0932-0.6743-0.19763.61850.0116-0.1520.25490.1066-0.5583-0.74930.47920.029402.5067-0.57340.71622.71210.882.5431130.732923.789926.2859
31.2987-0.55220.97530.4160.51150.86350.09511.34511.02820.2257-0.5616-0.6745-0.46280.668-0.16842.9869-0.2928-0.57673.73211.6073.658468.582777.941727.3112
41.3648-0.2778-1.91351.44430.5892.4061-0.20760.51090.4891-0.4703-0.14860.6183-0.6566-0.6836-0.00032.84260.2654-0.94654.08830.10393.2612-5.874848.968525.7516
51.1923-0.52180.9221-0.38330.02441.2026-0.03420.27250.1392-0.5507-0.48660.4-0.488-0.054103.1608-0.73-0.59423.5997-0.71313.3238-21.0229-28.349626.2628
61.248-0.38090.72871.2877-2.02883.2402-0.06381.4146-1.15650.1651-0.80890.76580.7522-0.2702-0.10643.1149-0.03160.52163.9663-1.70033.873141.1129-82.385327.0911
70.5353-0.08010.73082.26481.78531.010.23180.53280.1591-0.3401-0.0306-0.55280.21480.028702.6831-0.23310.44233.0360.5152.825296.4589-16.725868.6152
80.1649-0.1542-0.13270.402-0.12050.5608-0.5240.51790.3786-0.18930.24130.31090.09280.1545-02.7122-0.5284-0.13833.36040.61972.966188.402726.565668.6398
9-0.154-0.60880.57721.78080.1173-0.6880.47760.4804-0.1026-0.3306-0.49780.403-0.04420.681-02.8561-0.3294-0.69292.99340.15042.943246.633341.033168.9224
10-0.28740.1615-0.4125-0.1677-1.40591.4566-0.06510.29240.0089-0.1697-0.05560.1203-0.0129-0.1031-02.8921-0.2709-0.41022.9335-0.52093.029813.060912.309668.7122
110.9254-0.8411-0.21060.19930.4926-0.4243-0.11310.4933-0.3664-0.48310.1405-0.2930.0246-0.1995-02.4626-0.45010.11443.2666-0.28442.6421.3217-31.147968.5446
12-0.26650.32520.51440.05640.68881.019-0.31390.4681-0.5856-0.16710.2838-0.6508-0.32680.076702.3837-0.42320.50052.8908-0.38153.129962.9954-45.636968.7574
132.5658-0.59880.23221.5016-1.15671.0098-1.4678-0.4402-0.0012-1.96340.2409-1.14980.00460.0312-0.0374.9717-0.54390.51615.1897-0.49164.347371.9421-22.054430.4438
14-0.0531-1.10950.19033.3563-2.46580.289-0.22851.17870.16220.2646-0.4643-0.2425-0.9951-0.0122-0.00014.9564-0.2333-0.22835.25650.22444.216363.307123.481130.6885
154.8672.80741.0653.2571.5815-0.1468-0.21-0.9247-0.2962-1.3508-0.79410.40830.3311-0.7911-0.0054.5086-0.1092-0.2645.1155-0.17284.066928.1335-6.546530.6083
161.3992-0.3596-0.54311.128-1.92712.4808-0.1204-0.62360.71440.6224-0.24550.3259-0.5691-0.209-0.00184.09470.4511-0.16932.7512-0.96463.31033.545258.4986170.534
17-1.1352-0.1232-0.07450.6430.60452.8241-0.47240.13740.6274-0.06250.0169-0.34850.217-0.2842-02.6897-0.5207-0.9482.3221-0.55132.554681.036673.3729170.0559
180.5901-0.19030.50442.552-1.72060.9652-0.66520.29680.67151.5605-0.0936-1.521-1.1860.3107-0.32763.5874-0.1598-1.5823.03380.57883.697135.079111.2505168.8804
190.4016-0.30720.03310.87070.76850.1666-0.0685-0.3609-0.42470.3496-0.1386-0.62920.41930.4528-04.23560.1692-0.27193.02770.74773.3717106.0504-63.0334170.5271
200.169-0.6405-0.18231.187-0.89943.9034-0.5652-0.5058-0.50160.3117-0.04110.025-0.25660.659303.4478-0.86420.73573.10060.44863.156228.7136-78.161169.8282
210.5027-1.38620.74583.55661.77871.05-0.96230.3502-1.01052.28260.02382.22960.914-0.393-0.64154.2922-0.22212.24823.0422-0.55654.2955-25.1429-16.1228169.351
222.97960.4769-0.510.196-1.1670.2428-0.11620.35090.35350.4775-0.005-0.0839-0.2901-0.5886-02.843-0.2198-0.33972.6689-0.41212.951540.313339.2873127.6167
23-0.4976-0.13790.7623-1.20990.57980.82010.3863-0.3963-0.02980.4044-0.2577-0.3359-0.0796-0.2425-03.0459-0.4352-0.32412.78720.052.995683.70431.1542127.6253
240.87270.00590.25810.3690.48460.8162-0.1661-0.1942-0.07490.19870.04050.0536-0.1991-0.124702.777-0.4576-0.10092.65750.743.078598.2002-10.5135127.3583
25-0.31920.17660.9476-0.7356-0.02911.0852-0.0271-0.252-0.180.36770.19590.07270.00190.066802.971-0.03640.31892.97070.30023.118269.3828-43.9969127.5118
260.3993-1.68250.30020.15911.08760.56330.1729-0.22520.35110.8212-0.37060.4630.4866-0.3609-03.1777-0.52080.56132.674-0.21832.672825.9485-35.7937127.6333
270.35580.0599-0.6941-1.4378-0.46170.7750.0016-0.05510.47960.2962-0.01330.44560.33460.0464-03.2713-0.48430.31852.7178-0.66913.110411.47085.8251127.438
282.58830.9686-0.73880.4207-1.286-0.71880.0867-0.63510.6417-0.1756-0.72360.52920.18370.030205.5177-0.45110.4084.0083-0.19883.706235.090714.7713165.7374
290.51110.54490.05680.95371.40470.3152-0.2452-0.23570.17730.1274-0.1529-0.6135-0.0518-0.013804.9484-0.2892-0.58424.63990.17353.790580.46766.0275165.5575
300.64561.60580.31753.1163-0.3391-0.5657-0.6403-0.5116-0.253-0.42930.20320.4660.148-0.6338-05.4042-0.55950.12324.84970.27723.588850.3037-28.9608165.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA OR CHAIN AB OR CHAIN AC
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN AD OR CHAIN AE OR CHAIN AF
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN AG OR CHAIN AH OR CHAIN AI
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN AJ OR CHAIN AK OR CHAIN AL
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN AM OR CHAIN AN OR CHAIN AO
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN AP OR CHAIN AQ OR CHAIN AR
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN AS
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN AT
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN AU
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN AV
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN AW
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN AX
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN AY
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN AZ
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN A0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN BA OR CHAIN BB OR CHAIN BC
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN BD OR CHAIN BE OR CHAIN BF
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN BG OR CHAIN BH OR CHAIN BI
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN BJ OR CHAIN BK OR CHAIN BL
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN BM OR CHAIN BN OR CHAIN BO
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN BP OR CHAIN BQ OR CHAIN BR
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN BS
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN BT
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN BU
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN BV
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN BW
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN BX
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN BY
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN BZ
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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