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- EMDB-1706: Cryo-EM map of Lactococcal phage p2 baseplate consisting of ORF 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1706
タイトルCryo-EM map of Lactococcal phage p2 baseplate consisting of ORF 15, 16 and 18.
マップデータCryo-EM map of p2 phage baseplate
試料
  • 試料: Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate
  • タンパク質・ペプチド: p2 Lactoccocal phage baseplate
キーワードBaseplate / phage / P2 / Siphoviridae / orf 15 / orf 16 / orf 18 / RBP / cryo-EM
生物種Lactococcus lactis phage p2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Sciara G / Bebeacua C / Bron P / Tremblay D / Ortiz-Lombardia M / Lichiere J / Van Heel M / Campanacci V / Moineau S / Cambillau C
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Structure of lactococcal phage p2 baseplate and its mechanism of activation.
著者: Giuliano Sciara / Cecilia Bebeacua / Patrick Bron / Denise Tremblay / Miguel Ortiz-Lombardia / Julie Lichière / Marin van Heel / Valérie Campanacci / Sylvain Moineau / Christian Cambillau /
要旨: Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their ...Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their tail involved in host recognition and attachment. Here, we report analysis of the p2 phage baseplate structure by X-ray crystallography and electron microscopy and propose a mechanism for the baseplate activation during attachment to the host cell. This approximately 1 MDa, Escherichia coli-expressed baseplate is composed of three protein species, including six trimers of the receptor-binding protein (RBP). RBPs host-recognition domains point upwards, towards the capsid, in agreement with the electron-microscopy map of the free virion. In the presence of Ca(2+), a cation mandatory for infection, the RBPs rotated 200 degrees downwards, presenting their binding sites to the host, and a channel opens at the bottom of the baseplate for DNA passage. These conformational changes reveal a novel siphophage activation and host-recognition mechanism leading ultimately to DNA ejection.
履歴
登録2010年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年9月3日-
マップ公開2010年9月3日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0308
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0308
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of p2 phage baseplate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.37 Å/pix.
x 130 pix.
= 568.1 Å		4.37 Å/pix.
x 130 pix.
= 568.1 Å		4.37 Å/pix.
x 130 pix.
= 568.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0308 / ムービー #1: 0.0308
最小 - 最大-0.124622 - 0.142966
平均 (標準偏差)0.000648796 (±0.00774832)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 568.1 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.374.374.37
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z568.100568.100568.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-0.1250.1430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate

全体名称: Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate
要素
  • 試料: Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate
  • タンパク質・ペプチド: p2 Lactoccocal phage baseplate

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超分子 #1000: Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate

超分子名称: Over-expressed Lactococcal phage p2 baseplate / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One homotrimer of ORF16 binds to two hexamers of ORF15 and binds to six homotrimers of ORF18
Number unique components: 1
分子量実験値: 1 MDa

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分子 #1: p2 Lactoccocal phage baseplate

分子名称: p2 Lactoccocal phage baseplate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: p2 baseplate / 詳細: Complexes was cross-linked by glutaraldehyde / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis phage p2 (ウイルス)
分子量実験値: 1 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: Gateway pDEST14

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM HEPES, 150mM NaCl, 0.02% Glutaraldehyde
グリッド詳細: R2.2 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 103.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification instrument: CP3 Gatan / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度平均: 98.15 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 46 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45710 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC V
最終 角度割当詳細: beta 0 degrees, gamma 90
最終 2次元分類クラス数: 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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