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- PDB-4v50: Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v50
タイトルCrystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • MRNA
  • PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)
キーワードRIBOSOME / 30S ribosomal subunit / protein-nucleic acid complexes
機能・相同性
機能・相同性情報


stringent response / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / four-way junction DNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / regulation of mRNA stability / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription antitermination / DNA endonuclease activity / regulation of cell growth / response to radiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / hydrolase activity / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Berk, V. / Zhang, W. / Pai, R.D. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for mRNA and tRNA positioning on the ribosome.
著者: Berk, V. / Zhang, W. / Pai, R.D. / Cate, J.H.D.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2I2P, 2I2T, 2I2U, 2I2V
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE 2 BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT.
Remark 400COMPOUND THIS FILE, 2I2P, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL ...COMPOUND THIS FILE, 2I2P, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS TWO 70S RIBOSOMES AND ARE DEPOSITED UNDER: 70S RIBOSOME ONE: 2I2P (30S SUBUNIT), 2I2T (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME TWO: 2I2U (30S SUBUNIT), 2I2V (50S SUBUNIT)
Remark 600HETEROGEN MO4 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+ MO4 10,16,30,31,34,40,43,44,51 HAVE 2 VICINAL ...HETEROGEN MO4 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+ MO4 10,16,30,31,34,40,43,44,51 HAVE 2 VICINAL WATERS MISSING FROM HYDRATION OF MG2+ MO3 11,48 HAVE ALL WATER BONDS MUTUALLY ORTHOGONAL TO OTHER MG2+-WATER BONDS MO3 4,9,53,61 HAVE ALL WATERS AND MG2+ IN-PLANE MO2 35 HAS ALL WATERS AND MG2+ ORTHOGONAL

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AW: PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)
AX: MRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
BA: 5S ribosomal RNA
BB: 23S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L11
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
CA: 16S ribosomal RNA
CW: PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)
CX: MRNA
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CU: 30S ribosomal protein S21
DA: 5S ribosomal RNA
DB: 23S ribosomal RNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L11
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D1: 50S ribosomal protein L33
D2: 50S ribosomal protein L34
D3: 50S ribosomal protein L35
D4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,309,661468
ポリマ－4,300,829108
非ポリマー8,832360
水30,7161705
1
AA: 16S ribosomal RNA
AW: PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)
AX: MRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
BA: 5S ribosomal RNA
BB: 23S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L11
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,154,879236
ポリマ－2,150,41554
非ポリマー4,465182
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S ribosomal RNA
CW: PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)
CX: MRNA
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CU: 30S ribosomal protein S21
DA: 5S ribosomal RNA
DB: 23S ribosomal RNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L11
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D1: 50S ribosomal protein L33
D2: 50S ribosomal protein L34
D3: 50S ribosomal protein L35
D4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,154,782232
ポリマ－2,150,41554
非ポリマー4,367178
水34219
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.783, 395.223, 744.383
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 10分子 AACAAWCWAXCXBADABBDB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 83754040
#2: RNA鎖 PHE TRNA (UNMODIFIED BASES)


分子量: 5402.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 MRNA


分子量: 1854.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#24: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357928
#25: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357927

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q8X9M2
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQ...

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J7
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
非ポリマー , 3種, 2065分子

#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2PEG 800011
3MgCl211
4NH4Cl11
5spermine11
6spermidine11
7TRIS11
8EDTA11
9H2O11
10MPD12
11PEG 800012
12MgCl212
13NH4Cl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→70 Å / Num. all: 997175 / Num. obs: 753057 / % possible obs: 75.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.22→3.26 Å / % possible all: 11.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2AVY, 2AW4, 2AW7, 2AWB

2avy
PDB 未公開エントリ

2aw4
PDB 未公開エントリ

2aw7
PDB 未公開エントリ

2awb
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.22→70 Å / FOM work R set: 0.65 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.32 37290 Random
Rwork0.287 --
all-997175 -
obs-753057 -
原子変位パラメータBiso mean: 105.753 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18538 33316 370 0 52224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002842
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.93743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.22-3.240.371720.39314251497
3.24-3.260.3971330.40119952128
3.26-3.290.432030.3734513654
3.29-3.310.382420.35342684510
3.31-3.340.3953230.34859286251
3.34-3.360.4084460.35278028248
3.36-3.390.3873900.33782848674
3.39-3.410.3664870.32889049391
3.41-3.440.3814910.32791539644
3.44-3.470.3584780.33193879865
3.47-3.50.335080.32293759883
3.5-3.530.3554650.319975010215
3.53-3.560.3474860.312982210308
3.56-3.590.3295400.3161060911149
3.59-3.630.3555980.3131163112229
3.63-3.660.3436600.3151281613476
3.66-3.70.3366910.3091320513896
3.7-3.740.3437230.311383614559
3.74-3.780.3347710.3091445615227
3.78-3.820.3197560.311449415250
3.82-3.860.3418390.3061532616165
3.86-3.910.3548030.3141590416707
3.91-3.950.3578630.3121597716840
3.95-40.3398170.3051615716974
4-4.060.3298170.3031615016967
4.06-4.110.3318360.2981632017156
4.11-4.170.3338730.2991648717360
4.17-4.230.3358950.2941670417599
4.23-4.30.3227630.2931706917832
4.3-4.370.3288290.2941717618005
4.37-4.450.3418710.2911725218123
4.45-4.530.3248720.2881742018292
4.53-4.610.3318950.2871749318388
4.61-4.710.3238990.2831781418713
4.71-4.810.3259150.2871799118906
4.81-4.920.3199630.2891826419227
4.92-5.040.3279270.2831864919576
5.04-5.180.3179710.2811869419665
5.18-5.330.3219950.2771881919814
5.33-5.510.3059770.2681884319820
5.51-5.70.3269830.2721891819901
5.7-5.930.31510350.2741888419919
5.93-6.20.31810140.2681892119935
6.2-6.530.32410470.2751880819855
6.53-6.940.3219990.2751895619955
6.94-7.470.39950.2671895419949
7.47-8.220.29710450.2661894919994
8.22-9.410.30810120.281912720139
9.41-11.840.28110040.2521932220326
11.84-700.30810730.3021982820901

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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