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- PDB-4v4h: Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4h
タイトルCrystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 29
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
キーワードRIBOSOME / KASUGAMYCIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosome binding / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. ...Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KSG / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...Chem-KSG / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Schuwirth, B.S. / Vila-Sanjurjo, A. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural analysis of kasugamycin inhibition of translation.
著者: Schuwirth, B.S. / Day, J.M. / Hau, C.W. / Janssen, G.R. / Dahlberg, A.E. / Cate, J.H.D. / Vila-Sanjurjo, A.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VS5, 1VS6, 1VS7, 1VS8
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE 2 BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT.
Remark 400COMPOUND THIS FILE, 1VS5, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL ...COMPOUND THIS FILE, 1VS5, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF ONE 70S RIBOSOME. THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS TWO 70S RIBOSOMES AND ARE DEPOSITED UNDER: 70S RIBOSOME ONE: 1VS5 (30S SUBUNIT), 1VS6 (50S SUBUNIT) 70S RIBOSOME TWO: 1VS7 (30S SUBUNIT), 1VS8 (50S SUBUNIT)
Remark 600HETEROGEN MO4 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+ MO4 10,16,30,31,34,40,43,44,51 HAVE 2 VICINAL ...HETEROGEN MO4 38 HAS SQUARE-PLANAR HYDRATION OF MG2+ MO4 10,16,30,31,34,40,43,44,51 HAVE 2 VICINAL WATERS MISSING FROM HYDRATION OF MG2+ MO3 11,48 HAVE ALL WATER BONDS MUTUALLY ORTHOGONAL TO OTHER MG2+-WATER BONDS MO3 4,9 HAVE ALL WATERS AND MG2+ IN-PLANE MO2 35 HAS ALL WATERS AND MG2+ ORTHOGONAL

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
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AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
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AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
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AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
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BA: 5S RIBOSOMAL RNA
BB: 23S RIBOSOMAL RNA
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BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
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BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
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B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
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CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
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DS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
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DZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
D0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
D1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
D2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
D3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
D4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
DI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,301,003449
ポリマ－4,291,907104
非ポリマー9,095345
水29,3101627
1
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
BA: 5S RIBOSOMAL RNA
BB: 23S RIBOSOMAL RNA
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
BJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
BZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,150,465223
ポリマ－2,145,95452
非ポリマー4,511171
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S RIBOSOMAL RNA
CC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
CD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
CE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
CF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
CH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
CI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
CJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
CK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
CL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
CM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
CN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
CO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
CP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
CQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
CR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
CS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
CT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
CB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
CU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
DA: 5S RIBOSOMAL RNA
DB: 23S RIBOSOMAL RNA
DV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
DC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
DD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
DE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
DF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
DG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
DH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
DJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
DK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
DL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
DM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
DN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
DO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
DP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
DQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
DR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
DS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
DT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
DU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
DW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
DX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
DY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
DZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
D0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
D1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
D2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
D3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
D4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
DI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,150,538226
ポリマ－2,145,95452
非ポリマー4,584174
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.848, 379.202, 739.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 6分子 AACABADABBDB

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357879
#22: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357928
#23: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357927

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQ...

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 29種, 58分子 BVDVBCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQ...

#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02390, UniProt: P0AG56*PLUS
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02410, UniProt: P0AA12*PLUS
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02411, UniProt: P0ADY3*PLUS
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#34: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02414, UniProt: P0ADY7*PLUS
#35: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02416, UniProt: P0AG44*PLUS
#36: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#37: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02422, UniProt: P0AG48*PLUS
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02424, UniProt: P0ADZ0*PLUS
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02430, UniProt: P0AG51*PLUS
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#48: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#49: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#50: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / RIBOSOMAL PROTEIN A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#51: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#52: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J7

-
非ポリマー , 3種, 1972分子

#53: 化合物 ChemComp-KSG / (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE / KASUGAMYCIN


分子量: 379.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O9
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2PEG 800011
3MgCl211
4NH4Cl11
5spermine11
6spermidine11
7TRIS-HCL11
8EDTA11
9H2O11
10MPD12
11PEG 800012
12MgCl212
13NH4Cl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.46→70 Å / Num. obs: 693093 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.46→3.55 Å / 冗長度: 0 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1PNS, 1PNU

1pns
PDB 未公開エントリ

1pnu
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.46→70 Å / Isotropic thermal model: GROUPED BY RESIDUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TORSIONAL DYNAMICS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 --RANDOM 5%
Rwork0.279 ---
obs0.279 692904 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.46→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18538 32831 386 0 51755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.46→3.48 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 359 -
Rwork0.342 --
obs--87.9 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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