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- PDB-4v4b: Structure of the ribosomal 80S-eEF2-sordarin complex from yeast o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4b
タイトルStructure of the ribosomal 80S-eEF2-sordarin complex from yeast obtained by docking atomic models for RNA and protein components into a 11.7 A cryo-EM map.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (60S ribosomal protein ...) x 28
  • 18S ribosomal RNA
  • 5.8S/25S ribosomal RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • Elongation factor 2
キーワードRIBOSOME / 80S ribosome / 40S ribosomal subunit / eEF2 / tRNA translocation / sordarin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Protein hydroxylation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation ...: / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Protein hydroxylation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Neutrophil degranulation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / large ribosomal subunit / protein-folding chaperone binding / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : ...Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S19A/S15e / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / 60S ribosomal protein L42-A / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / 60S ribosomal protein L42-A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L23-B / Large ribosomal subunit protein uL23 / 40S ribosomal protein S22-A / 60S ribosomal protein L31-B / 60S ribosomal protein L19-A / 60S ribosomal protein L2-A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / 60S ribosomal protein L11-B / 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL31B / Large ribosomal subunit protein eL43B / Large ribosomal subunit protein eL42B / Small ribosomal subunit protein uS12B / Large ribosomal subunit protein uL14B / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Small ribosomal subunit protein uS17B / Large ribosomal subunit protein eL18B / Small ribosomal subunit protein uS9B / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13B / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L12-A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / 40S ribosomal protein S11-B / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Elongation factor 2 / 40S ribosomal protein S23-A / Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S18-A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 60S ribosomal protein L35-A / 40S ribosomal protein S16-B / Small ribosomal subunit protein uS14B / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein uL4B / 60S ribosomal protein L43-A / 60S ribosomal protein L1-B / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein uS8B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.7 Å
データ登録者Spahn, C.M. / Gomez-Lorenzo, M.G. / Grassucci, R.A. / Jorgensen, R. / Andersen, G.R. / Beckmann, R. / Penczek, P.A. / Ballesta, J.P.G. / Frank, J.
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2004
タイトル: Domain movements of elongation factor eEF2 and the eukaryotic 80S ribosome facilitate tRNA translocation.
著者: Christian M T Spahn / Maria G Gomez-Lorenzo / Robert A Grassucci / Rene Jørgensen / Gregers R Andersen / Roland Beckmann / Pawel A Penczek / Juan P G Ballesta / Joachim Frank /
要旨: An 11.7-A-resolution cryo-EM map of the yeast 80S.eEF2 complex in the presence of the antibiotic sordarin was interpreted in molecular terms, revealing large conformational changes within eEF2 and ...An 11.7-A-resolution cryo-EM map of the yeast 80S.eEF2 complex in the presence of the antibiotic sordarin was interpreted in molecular terms, revealing large conformational changes within eEF2 and the 80S ribosome, including a rearrangement of the functionally important ribosomal intersubunit bridges. Sordarin positions domain III of eEF2 so that it can interact with the sarcin-ricin loop of 25S rRNA and protein rpS23 (S12p). This particular conformation explains the inhibitory action of sordarin and suggests that eEF2 is stalled on the 80S ribosome in a conformation that has similarities with the GTPase activation state. A ratchet-like subunit rearrangement (RSR) occurs in the 80S.eEF2.sordarin complex that, in contrast to Escherichia coli 70S ribosomes, is also present in vacant 80S ribosomes. A model is suggested, according to which the RSR is part of a mechanism for moving the tRNAs during the translocation reaction.
#1: ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 1999
タイトル: EF-G-dependent GTP hydrolysis induces translocation accompanied by large conformational changes in the 70S ribosome.
著者: R K Agrawal / A B Heagle / P Penczek / R A Grassucci / J Frank /
要旨: Cryo-electron microscopy has been used to visualize elongation factor G (EF-G) on the 70S ribosome in GDP and GTP states. GTP hydrolysis is required for binding of all the domains of EF-G to the ...Cryo-electron microscopy has been used to visualize elongation factor G (EF-G) on the 70S ribosome in GDP and GTP states. GTP hydrolysis is required for binding of all the domains of EF-G to the pretranslocational complex and for the completion of translocation. In addition, large conformational changes have been identified in the ribosome. The head of the 30S subunit shifts toward the L1 protein side, and the L7/L12 stalk becomes bifurcated upon EF-G binding. Upon GTP hydrolysis, the bifurcation is reversed and an arc-like connection is formed between the base of the stalk and EF-G.
#2: ジャーナル: PROG.NUCLEIC ACID RES.MOL.BIOL. / 年: 1996
タイトル: The large ribosomal subunit stalk as a regulatory element of the eukaryotic translational machinery.
著者: Ballesta, J.P. / Remacha, M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2004年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1S1I, 1S1H
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月18日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_sites / em_image_scans / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 400COMPOUND PDB ENTRIES 1S1H AND 1S1I REPRESENT ONE CRYO-EM STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE ...COMPOUND PDB ENTRIES 1S1H AND 1S1I REPRESENT ONE CRYO-EM STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE 80S RIBOSOME. THIS FILE, 1S1H, CONTAINS THE 40S SUBUNIT. THE 60S RIBOSOMAL SUBUNIT IS IN FILE 1S1I.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 18S ribosomal RNA
AT: Elongation factor 2
AB: 40S ribosomal protein S0-A
AC: 40S ribosomal protein S3
AD: 40S ribosomal protein S9-A
AE: 40S ribosomal protein S2
AG: 40S ribosomal protein S5
AH: 40S ribosomal protein S22
AI: 40S ribosomal protein S16
AJ: 40S ribosomal protein S20
AK: 40S ribosomal protein S14-A
AL: 40S ribosomal protein S23
AM: 40S ribosomal protein S18
AN: 40S ribosomal protein S29-B
AO: 40S ribosomal protein S13
AQ: 40S ribosomal protein S11
AS: 40S ribosomal protein S15
B3: 5.8S/25S ribosomal RNA
B4: 5S RIBOSOMAL RNA
BA: 60S ribosomal protein L1
BB: 60S ribosomal protein L2
BC: 60S ribosomal protein L3
BD: 60S ribosomal protein L4-B
BE: 60S ribosomal protein L5
BF: 60S ribosomal protein L7-A
BG: 60S ribosomal protein L8-A
BH: 60S ribosomal protein L9-A
BI: 60S ribosomal protein L10
BJ: 60S ribosomal protein L11
BK: 60S ribosomal protein L12
BL: 60S ribosomal protein L15-A
BM: 60S ribosomal protein L16-A
BN: 60S ribosomal protein L17-A
BO: 60S ribosomal protein L18
BP: 60S ribosomal protein L19
BQ: 60S ribosomal protein L21-A
BR: 60S ribosomal protein L23
BS: 60S ribosomal protein L24-A
BT: 60S ribosomal protein L25
BU: 60S ribosomal protein L26-A
BV: 60S ribosomal protein L28
B0: 60S ribosomal protein L32
BW: 60S ribosomal protein L31
BX: 60S ribosomal protein L35
BY: 60S ribosomal protein L37-A
BZ: 60S ribosomal protein L42
B9: 60S ribosomal protein L43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,305,21547
ポリマ－2,305,21547
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAB3B4

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 489331.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: modelled as analogous molecule of T. thermophilus taken from PDB entry 1FJF
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 155076
#18: RNA鎖 5.8S/25S ribosomal RNA


分子量: 971012.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: REPRESENTED BY THE ANALOGOUS MOLECULE OF H. MARISMORTUI TAKEN FROM PDB ENTRY 1FFK AND SUPPLEMENTED WITH SEQUENCES FROM PDB ENTRIES 1MMS, 1MZP AND 1GIY
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 3377778
#19: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 40298.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: REPRESENTED BY THE ANALOGOUS MOLECULE OF H. MARISMORTUI TAKEN FROM PDB ENTRY 1FFK
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 3377779

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AT

#2: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 93407.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32324

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 ABACADAEAGAHAIAJAKALAMANAOAQAS

#3: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A


分子量: 20355.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / YS3 / RP13


分子量: 21321.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / S13 / YS11 / RP21 / YP28


分子量: 20363.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / S4 / YS5 / RP12 / Omnipotent suppressor protein SUP44


分子量: 15639.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / S2 / YS8 / RP14


分子量: 16577.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S22 / S24 / YS22 / RP50 / YP58


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04648, UniProt: Q3E7Y3*PLUS
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / RP61R


分子量: 15746.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40213, UniProt: P0CX52*PLUS
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 11352.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A


分子量: 14459.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / S28 / YS14 / RP37


分子量: 12879.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32827, UniProt: P0CX30*PLUS
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 15485.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35271, UniProt: P0CX56*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S29-B / S36 / YS29


分子量: 4328.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41058
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27A / YS15


分子量: 7841.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / S18 / YS12 / RP41


分子量: 8777.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26781, UniProt: P0CX48*PLUS
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / S21 / YS21 / RP52 / RIG protein


分子量: 8901.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855

+
60S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVB0BWBXBYBZB9

#20: タンパク質 60S ribosomal protein L1 / L10a


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53030, UniProt: P0CX43*PLUS
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L2 / YL6 / L5 / RP8


分子量: 27332.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05736, UniProt: P0CX46*PLUS
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / YL1 / RP1 / Trichodermin resistance protein


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B / L2B / RP2


分子量: 38997.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49626
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / L1 / YL3 / Ribosomal 5S RNA-binding protein


分子量: 25444.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6A / YL8A / RP11


分子量: 18452.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L7A-2 / L4-2 / YL5 / RP6


分子量: 12628.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / YL11 / RP25


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI requiring protein


分子量: 19249.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / L16 / YL16 / 39A / RP39


分子量: 19624.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06380, UniProt: Q3E757*PLUS
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / L15 / YL23


分子量: 13953.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17079, UniProt: P0CX53*PLUS
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / YL10 / L13 / RP15R / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13A / RP22


分子量: 16483.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / YL17-A


分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / RP28


分子量: 13129.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07279, UniProt: P0CX50*PLUS
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / L23 / YL14 / RP33 / RP15L


分子量: 16318.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05735, UniProt: P0CX83*PLUS
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 11609.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / L17


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04451, UniProt: P0CX42*PLUS
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30A / RP29 / YL21


分子量: 6550.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / YL25 / RP61L


分子量: 9480.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / YL33


分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27A / L29 / YL24 / RP62


分子量: 16631.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / L34 / YL28


分子量: 12848.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04649, UniProt: P0C2H9*PLUS
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39741, UniProt: P0CX84*PLUS
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L35 / YP55


分子量: 9746.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L42 / L44 / YL27 / YP44 / L41


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02405, UniProt: P0CX28*PLUS
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L43 / L37A / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49631, UniProt: P0CX26*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID詳細
1yeast 80S ribosomeRIBOSOME0
2elongation factor 21protein-synthesizing GTPase activity
340S ribosomal protein S0-A1structural constituent of ribosome
440S ribosomal protein S31structural constituent of ribosome
540S ribosomal protein S9-A1structural constituent of ribosome
640S ribosomal protein S21structural constituent of ribosome
740S ribosomal protein S51structural constituent of ribosome
840S ribosomal protein S221structural constituent of ribosome
940S ribosomal protein S161structural constituent of ribosome
1040S ribosomal protein S201structural constituent of ribosome
1140S ribosomal protein S14-A1structural constituent of ribosome
1240S ribosomal protein S231structural constituent of ribosome
1340S ribosomal protein S181structural constituent of ribosome
1440S ribosomal protein S29-B1structural constituent of ribosome
1540S ribosomal protein S131structural constituent of ribosome
1640S ribosomal protein S111structural constituent of ribosome
1740S ribosomal protein S151structural constituent of ribosome
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Rapid-freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2001年2月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 52000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4900 nm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

CTF補正詳細: CTF correction of 3D-maps by Wiener filtration
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: 3D projection matching; conjugate gradients with regularization
解像度: 11.7 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.93 Å / 倍率補正: TMV / 詳細: SPIDER package / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--manual fitting in O
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20788 31507 0 0 52295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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