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万見
- PDB-4v3o: Designed armadillo repeat protein with 5 internal repeats, 2nd ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v3o
タイトルDesigned armadillo repeat protein with 5 internal repeats, 2nd generation C-cap and 3rd generation N-cap.
要素YIII_M5_AII
キーワードDE NOVO PROTEIN / ROTEIN ENGINEERING / REPEAT PROTEIN / ARMADILLO REPEAT
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Reichen, C. / Madhurantakam, C. / Pluckthun, A. / Mittl, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Structures of Designed Armadillo-Repeat Proteins Show Propagation of Inter-Repeat Interface Effects
著者: Reichen, C. / Madhurantakam, C. / Hansen, S. / Grutter, M.G. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YIII_M5_AII
B: YIII_M5_AII
C: YIII_M5_AII
D: YIII_M5_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,73217
ポリマ－122,1924
非ポリマー54013
水13,818767
1
A: YIII_M5_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7085
ポリマ－30,5481
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YIII_M5_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7486
ポリマ－30,5481
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: YIII_M5_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6283
ポリマ－30,5481
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: YIII_M5_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6473
ポリマ－30,5481
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.586, 102.586, 111.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 4 - 289 / Label seq-ID: 1 - 286

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-6.0E-5, -1, 0.000182), (-1, 6.0E-5, 0.000173), (-0.000173, -0.000182, -1)-51.30059, -51.29653, 45.45289

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要素

#1: タンパク質
YIII_M5_AII


分子量: 30548.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NON BIOLOGICAL SEQUENCE / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CALCIUM ION (CA): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER ACETATE ION (ACT): CRYOPROTECTANT
配列の詳細ARTIFICIAL CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15 % PEG 4000 0.2 M CA-ACETATE 0.1 M NA-ACETATE, PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55.55 Å / Num. obs: 76669 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DB6

4db6


解像度: 2→111.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.584 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22426 3859 5 %RANDOM
Rwork0.16786 ---
obs0.17065 72765 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.208 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→111.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8573 0 16 767 9356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0198740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.96311915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.982319585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38951162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.19928.631409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.146151493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.042154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4662.8864637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4642.8854635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4994.3095799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.893.54103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2515loose positional0.065
12B2515loose positional0.065
21C2547loose positional0.045
22D2547loose positional0.045
11A1647tight thermal0.740.5
12B1647tight thermal0.740.5
21C1673tight thermal0.910.5
22D1673tight thermal0.910.5
11A2515loose thermal0.9710
12B2515loose thermal0.9710
21C2547loose thermal1.3110
22D2547loose thermal1.3110
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 257 -
Rwork0.268 5106 -
obs--92.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14320.18820.00580.26850.03470.2187-0.0044-0.01640.00340.0014-0.0115-0.00780.05750.01540.01590.01850.00870.0070.016-0.0010.0155-23.5238-40.863937.1021
20.28830.21270.03170.1724-0.00390.2215-0.0075-0.0037-0.0125-0.0149-0.0117-0.00070.00940.05350.01920.01760.0091-0.00020.01650.00620.0163-10.4315-27.7698.3585
30.32720.4290.13150.6620.04510.2496-0.06290.06810.0299-0.02220.10220.0654-0.0830.0083-0.03930.0463-0.00220.00410.01840.00940.0158-32.4436-6.779636.8619
40.66570.4120.06420.3090.13220.21610.11-0.0220.07130.0695-0.06640.02830.0099-0.074-0.04370.0209-0.00290.01210.0490.00710.0201-44.2573-18.73668.583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B4 - 292
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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