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万見
- PDB-4v1v: Heterocyclase in complex with substrate and Cofactor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1v
タイトルHeterocyclase in complex with substrate and Cofactor
要素(LYND) x 2
キーワードHYDROLASE / HETEROCYCLASE / CYANOBACTINS
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Microcyclamide/patellamide bacteriocin family, leader peptide / Protein of unknown function (DUF5837) / Family of unknown function (DUF5837) / Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / : / Winged Helix-turn-helix domain / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Patellamide protein / YcaO domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種LYNGBYA AESTUARII (バクテリア)
UNCULTURED PROCHLORON SP. (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Koehnke, J. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Leader Peptide Binding Enables Leader-Free Cyanobactin Processing.
著者: Koehnke, J. / Mann, G. / Bent, A.F. / Ludewig, H. / Shirran, S. / Botting, C. / Lebl, T. / Houssen, W.E. / Jaspars, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32015年8月5日Group: Database references
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYND
B: LYND
C: LYND
D: LYND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,46712
ポリマ－186,2264
非ポリマー1,2408
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12390 Å2
ΔGint-99.8 kcal/mol
Surface area60400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.920, 152.870, 182.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LYND


分子量: 86145.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LYNGBYA AESTUARII (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0YXD2
#2: タンパク質 LYND


分子量: 6967.765 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) UNCULTURED PROCHLORON SP. (環境試料)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0MHA3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器日付: 2014年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→76.43 Å / Num. obs: 37339 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→76.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 60.005 / SU ML: 0.453 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26614 1869 5 %RANDOM
Rwork0.21107 ---
obs0.21379 35469 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.86 Å20 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3----3.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→76.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11940 0 68 0 12008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01912287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9711.97216771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.802326905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.20551510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65424.42552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.162152004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9611574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.21904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3257.4946073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3247.4946072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.80411.2287572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.80511.2297573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.047.6076214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0417.6076215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.03411.339200
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.20859.07713874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.20959.0813875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.127323972
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.84651
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded29.771523692
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.088 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 134 -
Rwork0.336 2594 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78880.31080.68380.13540.17081.565-0.0898-0.01160.014-0.049-0.03690.00650.0508-0.00520.12670.32830.0493-0.00810.0672-0.03970.21983.8708-24.55288.6498
20.0063-0.0032-0.01450.00690.00260.0568-0.0230.004-0.01420.02220.03670.02030.0798-0.019-0.01360.3584-0.0074-0.00370.14130.0240.2385-2.6384-13.82150.5021
30.0263-0.039-0.03760.06310.05460.0611-0.0079-0.0123-0.0020.0148-0.01560.0032-0.03650.01990.02350.3642-0.01380.00310.16750.00790.23997.898115.848831.7721
40.28480.0288-0.00290.7026-1.50263.2463-0.1414-0.0090.0211-0.1326-0.0597-0.09670.32430.11680.20110.3263-0.00920.02870.12030.0140.189113.1357-28.253623.331
50.1501-0.05040.13490.04130.05310.57630.00020.05930.0732-0.0104-0.0372-0.02980.0506-0.08010.03710.3421-0.0066-0.00970.09650.00610.259222.8839-28.73661.5477
60.27460.08560.20550.0581-0.01430.3762-0.01640.030.04190.0054-0.0137-0.0065-0.05580.00610.03020.36450.00180.02920.10760.03140.186632.87588.518177.9666
712.594912.0865-22.56336.6838-27.163741.63460.57890.30970.1541-0.3193-0.5974-0.6887-0.713-0.32290.01850.2383-0.0184-0.08440.2497-0.03480.16256.7226-13.8033103.6204
81.4362-0.0779-7.51240.01580.282640.6548-0.1582-0.244700.0210.0438-0.00970.50460.68160.11440.28650.08740.01190.31-0.03590.26599.5667-12.331989.843
96.94972.503820.09244.17369.496759.6489-0.06641.08090.0373-0.1659-0.75590.8588-0.66412.24130.82240.34860.00020.06410.6696-0.32650.242116.5958-19.36469.5743
1013.35344.832811.96495.2547-0.372217.0344-0.33860.4233-1.08120.87990.8009-0.7367-1.7817-0.3988-0.46230.44720.1750.08270.23160.01470.34815.2326-15.688123.4125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2A112 - 377
3X-RAY DIFFRACTION3A378 - 775
4X-RAY DIFFRACTION4B6 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5B96 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6B307 - 775
7X-RAY DIFFRACTION7C23 - 28
8X-RAY DIFFRACTION8C29 - 34
9X-RAY DIFFRACTION9D23 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10D29 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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