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- PDB-4v1f: Crystal structure of a mycobacterial ATP synthase rotor ring in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1f
タイトルCrystal structure of a mycobacterial ATP synthase rotor ring in complex with Bedaquiline
要素F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
キーワードHYDROLASE / F1FO-ATP SYNTHASE ROTOR MEMBRANE PROTEIN STRUCTURE / DRUG BINDING AND INHIBITION
機能・相同性F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Bedaquiline / :
機能・相同性情報
生物種MYCOBACTERIUM PHLEI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Preiss, L. / Yildiz, O. / Meier, T.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: Structure of the mycobacterial ATP synthase Fo rotor ring in complex with the anti-TB drug bedaquiline.
著者: Preiss, L. / Langer, J.D. / Yildiz, O. / Eckhardt-Strelau, L. / Guillemont, J.E. / Koul, A. / Meier, T.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,96411
ポリマ－25,8363
非ポリマー3,1288
水1,76598
1
A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子

A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子

A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,89333
ポリマ－77,5089
非ポリマー9,38524
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_145-x+y-4,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_485-y-1,x-y+3,z1
Buried area37040 Å2
ΔGint-314.4 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.048, 75.048, 166.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C / ATP SYNTHASE C-RING


分子量: 8612.009 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MYCOBACTERIUM PHLEI (バクテリア) / 参照: UniProt: I0RTF3, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物 ChemComp-BQ1 / Bedaquiline / ベダキリン


分子量: 555.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31BrN2O2 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.91747
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91747 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37 Å / Num. obs: 38645 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 4.9 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 16.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: POLYALANINE MODEL OF 3U2Y

3u2y


解像度: 1.697→37.524 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1619 1983 5.2 %
Rwork0.1563 --
obs0.1566 38445 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.697→37.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 163 98 2071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0922754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.28724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6972-1.73970.18821400.17982559X-RAY DIFFRACTION99
1.7397-1.78670.16951410.14192647X-RAY DIFFRACTION100
1.7867-1.83930.17291430.13462618X-RAY DIFFRACTION100
1.8393-1.89860.14551400.14052617X-RAY DIFFRACTION100
1.8986-1.96650.27341350.23122496X-RAY DIFFRACTION95
1.9665-2.04520.151450.13832604X-RAY DIFFRACTION100
2.0452-2.13830.16061420.13872647X-RAY DIFFRACTION100
2.1383-2.2510.15511430.16192575X-RAY DIFFRACTION99
2.251-2.3920.18061410.14232596X-RAY DIFFRACTION99
2.392-2.57670.14091480.13332625X-RAY DIFFRACTION100
2.5767-2.83590.13651430.13082608X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-3.24610.14581400.14272630X-RAY DIFFRACTION100
3.2461-4.08890.16891380.16262619X-RAY DIFFRACTION100
4.0889-37.53320.15931440.1832621X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -161.9256 Å / Origin y: 50.9006 Å / Origin z: 32.0639 Å
111213212223313233
T0.0773 Å20.0222 Å2-0.0185 Å2-0.09 Å20.0067 Å2--0.1123 Å2
L0.6025 °20.0899 °2-0.1311 °2-0.6701 °20.0483 °2--0.8621 °2
S-0.0278 Å °0.0618 Å °0.0756 Å °-0.0774 Å °0.0177 Å °0.0987 Å °-0.1149 Å °-0.1937 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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