PDB-3uwl: Crystal structure of Enteroccocus faecalis thymidylate synthase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uwl

タイトル

Crystal structure of Enteroccocus faecalis thymidylate synthase (EfTS) in complex with 5-formyl tetrahydrofolate

要素

(Thymidylate synthase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Catalano, A. / Cortesi, D. / Luciani, R. / Ferrari, S. / Fritz, T. / Costi, M.P. / Mangani, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of Enterococcus faecalis thymidylate synthase provides clues about folate bacterial metabolism.
著者: Pozzi, C. / Ferrari, S. / Cortesi, D. / Luciani, R. / Stroud, R.M. / Catalano, A. / Costi, M.P. / Mangani, S.

履歴

登録	2011年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 2.0	2019年11月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uwl.cif.gz	517.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uwl.ent.gz	427.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3uwl_validation.pdf.gz	1023.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uwl_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3uwl_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	3uwl_validation.cif.gz	76.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/3uwl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2tdmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qxs-2 1thy-1 1vzd-1 5j7w-1 1tvu-1 1nje-1 1tda-1 3c06-1 6qxs-1 1lcb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.940, 94.250, 96.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 36385.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_1576, thyA / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q834R3, thymidylate synthase
#2: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 36462.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_1576, thyA / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q834R3, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 4種, 815分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID 分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月8日 / 詳細: KB mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→33.6 Å / Num. all: 75045 / Num. obs: 75045 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PXSOFT		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TDM

2tdm

解像度: 2.07→33.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 9.156 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	3757	5 %	RANDOM
R_work	0.16013	-	-	-
obs	0.16298	71263	96.21 %	-
all	-	71263	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→33.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9822	0	130	799	10751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.956	13830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.513	5	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.544	24.313	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.339	15	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.863	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.697	1.5	6007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.328	2	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	3	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.589	4.5	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	271	-
R_work	0.187	5234	-
obs	-	-	95.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4285	-0.4544	-0.0147	0.7973	0.8027	1.2661	0.0371	0.2449	-0.0649	-0.0392	-0.0468	0.0584	-0.0367	-0.1418	0.0097	0.043	0.0057	-0.0082	0.0959	0.0123	0.0448	15.1409	-22.3367	14.7
2	2.7338	-0.056	0.9688	2.0345	-0.2637	1.1455	0.0864	-0.1229	-0.1678	0.0176	-0.0921	0.0779	0.1095	-0.1308	0.0058	0.0369	-0.0276	0.0218	0.1088	-0.0008	0.0814	5.8799	-28.4598	37.1588
3	6.5234	2.3528	0.4657	8.7047	2.7008	2.6285	0.397	-0.0229	-1.5535	0.101	-0.5532	0.4843	-0.027	-0.224	0.1561	0.0023	0.0202	-0.0358	0.0778	-0.0249	0.467	1.1082	-44.1655	37.4082
4	0.8834	-0.1287	-0.192	0.906	-0.1076	0.7551	-0.0098	-0.1283	-0.0901	0.0361	0.0456	0.0695	0.0708	-0.0259	-0.0358	0.0442	0.0019	0.0039	0.0487	0.0096	0.0437	25.0766	-27.594	37.5704
5	1.1005	-0.0768	0.1222	0.1751	0.3178	1.5558	0.0315	0.0789	0.0157	-0.0245	-0.008	0.0565	-0.0678	-0.1494	-0.0235	0.0337	0.0159	0.0058	0.0524	0.0153	0.0502	15.2177	-19.9221	23.1541
6	1.686	-0.3035	0.2656	0.745	0.3053	3.2327	0.0202	-0.056	0.0983	0.0798	-0.0848	0.1222	-0.1231	-0.3486	0.0646	0.0242	0.0207	0.0101	0.096	-0.0002	0.0679	4.3171	-15.2868	30.8166
7	0.5921	-0.1411	0.0215	2.6812	1.3215	1.9739	0.0704	0.0479	0.0841	-0.0291	-0.0457	0.2087	-0.1449	-0.1854	-0.0247	0.0759	0.0025	0.0059	0.0323	0.0095	0.065	37.0781	-7.3369	20.6696
8	0.2967	-0.02	-0.2473	0.6892	0.1289	0.6949	0.027	0.0192	0.0478	-0.0734	0.0076	-0.0003	-0.0528	0.0057	-0.0346	0.0555	0.0013	0.0058	0.0314	0.0048	0.0355	40.7724	-16.0593	19.4911
9	0.7689	0.4652	0.3283	1.0864	0.4631	1.6295	0.0297	-0.0889	0.0275	0.0698	-0.0474	-0.1055	-0.0824	0.1589	0.0177	0.021	-0.0096	-0.0143	0.0855	0.0102	0.0518	54.4977	-22.3981	35.8198
10	2.0336	0.8858	0.529	0.8658	0.4086	0.8422	0.0738	-0.1493	-0.1119	0.0496	-0.0756	-0.1473	0.0246	0.1387	0.0018	0.0395	-0.009	-0.0112	0.0867	0.023	0.0558	53.1434	-29.922	37.9702
11	0.2408	-0.0925	0.158	0.803	0.0181	1.493	0.0182	-0.033	-0.0665	0.025	-0.0068	0.0609	0.0828	-0.0692	-0.0115	0.0312	-0.0102	0.0029	0.0305	0.0008	0.057	33.2408	-35.4524	27.57
12	0.3961	0.1495	-0.0094	0.9792	0.1135	0.6202	-0.0045	0.0336	-0.0046	-0.1117	0.0083	-0.0622	-0.0063	0.0494	-0.0038	0.0402	0.0074	0.0074	0.0374	0.0043	0.0251	44.3908	-22.9841	17.1081
13	1.1838	0.1923	-0.0182	0.2992	0.4511	1.2174	0.0342	-0.1547	0.0753	0.0059	0.0117	0.0554	0.018	-0.1606	-0.0459	0.039	0.0048	0.0066	0.089	0.0219	0.0731	13.3678	22.9546	28.6472
14	5.8549	-0.1516	0.3613	5.1369	0.414	0.2515	0.0726	0.5027	0.3692	-0.2095	0.1619	0.2943	-0.043	-0.0679	-0.2345	0.0472	0.0163	-0.0187	0.1631	0.0553	0.1085	9.1265	29.8682	4.7642
15	3.027	-1.2388	0.6262	7.7093	-1.2419	0.5619	-0.2278	0.2361	1.4345	-0.2203	-0.0088	0.445	0.1262	0.0605	0.2365	0.0804	-0.0578	-0.1521	0.0738	0.1576	0.6241	6.9372	42.1013	4.1152
16	0.9684	0.0579	0.2169	1.4286	-0.137	0.9329	-0.0275	0.1599	0.0919	-0.0574	0.0752	0.0798	-0.0679	0.0068	-0.0477	0.0477	-0.0055	-0.0118	0.0678	0.0123	0.0435	28.0885	27.8199	8.9836
17	1.2348	0.1153	-0.1603	0.2645	0.1293	1.3534	-0.0041	-0.0072	-0.0305	0.0091	0.036	0.0537	0.0982	-0.1715	-0.0319	0.0375	-0.014	-0.0158	0.0673	0.0216	0.0667	14.3094	19.3613	20.9516
18	2.1421	0.0494	-1.077	1.4379	-0.1333	2.48	-0.0221	0.2363	-0.0968	-0.1953	-0.0405	0.0594	0.0673	-0.2733	0.0626	0.0327	-0.0331	-0.0249	0.1546	0.0242	0.0656	5.8323	17.7621	10.9307
19	0.4506	-0.1589	-0.0314	3.0379	1.5591	2.3857	0.043	-0.0172	-0.0503	0.0198	-0.0305	0.1593	0.1755	-0.175	-0.0125	0.0599	-0.0079	-0.0127	0.0326	0.0149	0.0584	36.5731	8.0838	27.7467
20	0.489	0.1823	0.1316	0.3135	0.0455	0.8716	0.0276	-0.0247	-0.0358	0.0666	-0.0202	-0.0116	0.0465	-0.0342	-0.0073	0.063	0.011	-0.0086	0.0226	0.0106	0.0344	38.6611	16.5693	29.018
21	0.563	-0.2681	-0.2395	0.8152	0.1962	1.1491	0.0238	0.0473	-0.0122	-0.0655	-0.0287	-0.1366	0.0408	0.2055	0.0049	0.0227	0.0147	0.0081	0.095	0.0001	0.0743	56.8126	22.6502	16.5087
22	3.5827	-0.6157	-0.6968	0.7318	-0.1264	1.9149	0.0934	0.0519	0.1012	-0.1632	-0.0823	-0.2483	-0.1103	0.2564	-0.0111	0.0607	-0.0144	0.0283	0.0671	0.0083	0.1053	58.7874	30.6907	12.5297
23	0.3507	-0.0254	-0.3593	0.8097	0.1	1.329	0.0197	0.0272	0.0508	-0.0761	-0.0416	0.0346	-0.1007	-0.058	0.0219	0.0493	0.014	-0.0078	0.0309	-0.0031	0.0435	34.8736	36.5469	19.7082
24	0.3943	-0.1393	-0.0101	0.864	0.081	0.549	-0.0118	-0.0469	-0.0058	0.1283	0.0091	-0.0538	0.0019	0.0493	0.0027	0.0427	-0.0028	-0.012	0.0403	0.0001	0.0264	43.0814	23.7024	32.5457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	144 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	205 - 274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	275 - 313
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	21 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	53 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	117 - 153
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	154 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	206 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	57 - 79
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	80 - 145
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	146 - 205
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	206 - 284
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	285 - 313
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 20
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	21 - 49
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	50 - 120
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	121 - 146
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	147 - 205
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	206 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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