PDB-4naa: Crystal structure of UVB photoreceptor UVR8 from Arabidopsis thal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4naa

タイトル

Crystal structure of UVB photoreceptor UVR8 from Arabidopsis thaliana and UV-induced structural changes at 120K

要素

Ultraviolet-B receptor UVR8

キーワード

SIGNALING PROTEIN / 7-blade beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Yang, X. / Zeng, X. / Ren, Z. / Zhao, K.H.

引用

ジャーナル: Nat Plants / 年: 2015
タイトル: Dynamic Crystallography Reveals Early Signalling Events in Ultraviolet Photoreceptor UVR8.
著者: Zeng, X. / Ren, Z. / Wu, Q. / Fan, J. / Peng, P.P. / Tang, K. / Zhang, R. / Zhao, K.H. / Yang, X.

履歴

登録	2013年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4naa.cif.gz	600 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4naa.ent.gz	492.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4naa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4naa_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4naa_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	4naa_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	4naa_validation.cif.gz	100.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4naa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4naa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nbmC 4nc4C 4dnwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nbm-1 4nbm-2 4dnw-d 4nc4-1 4dnv-1 4dnv-2 6dd7-1 4dnu-1 4nc4-2 6dd7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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5

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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6

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	112.521, 77.336, 189.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-802- HOH
2	1	C-712- HOH

#1: タンパク質	Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8 分子量: 40875.438 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-382 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UVR8, At5g63860, MGI19.7 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9FN03
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 290 K / pH: 9.2 詳細: protein 8mg/ml, 0.1M MgCl2 15-18% PEG8000 and 0.1M Tris HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月12日
放射	モノクロメーター: DIAMOND LAUE MONOCHROMATORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 154616 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DNW

4dnw

解像度: 1.67→31.09 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE AUTHOR STATES THAT ENTRIES 4NAA, 4NBM, AND 4NC4 WERE DERIVED FROM DYNAMIC CRYSTALLOGRAPHIC DATA SETS. SPECIFICALLY, EACH ENTRY PROVIDES THREE ASPECTS OF EXPERIMENTAL DATA THAT ARE NEEDED ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	6744	5 %
R_work	0.147	-	-
obs	0.149	134807	72.2 %
all	-	186972	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→31.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11200	0	6	1586	12792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	15963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.458	4166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6714-1.6904	0.203	46	0.1719	888	X-RAY DIFFRACTION	15
1.6904-1.7103	0.2336	80	0.1855	1364	X-RAY DIFFRACTION	23
1.7103-1.7312	0.202	108	0.188	1923	X-RAY DIFFRACTION	33
1.7312-1.7531	0.2313	122	0.1856	2466	X-RAY DIFFRACTION	41
1.7531-1.7761	0.2342	164	0.1809	2904	X-RAY DIFFRACTION	50
1.7761-1.8005	0.2314	188	0.1777	3196	X-RAY DIFFRACTION	54
1.8005-1.8262	0.1993	197	0.1851	3377	X-RAY DIFFRACTION	58
1.8262-1.8534	0.2146	181	0.1845	3637	X-RAY DIFFRACTION	62
1.8534-1.8824	0.2032	177	0.1776	3869	X-RAY DIFFRACTION	65
1.8824-1.9133	0.2141	192	0.1699	4085	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9133-1.9462	0.2114	223	0.1751	4297	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9462-1.9816	0.2326	226	0.1677	4301	X-RAY DIFFRACTION	74
1.9816-2.0197	0.1894	219	0.1606	4459	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0197-2.061	0.1685	226	0.1577	4493	X-RAY DIFFRACTION	76
2.061-2.1058	0.1902	236	0.154	4549	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1058-2.1547	0.193	230	0.1535	4625	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1547-2.2086	0.1933	243	0.1501	4638	X-RAY DIFFRACTION	79
2.2086-2.2683	0.2091	238	0.1579	4727	X-RAY DIFFRACTION	79
2.2683-2.335	0.2072	271	0.151	4674	X-RAY DIFFRACTION	80
2.335-2.4104	0.1866	258	0.1548	4747	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4104-2.4965	0.212	259	0.1627	4858	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4965-2.5964	0.2055	266	0.1637	4931	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5964-2.7145	0.2066	248	0.1652	5127	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7145-2.8575	0.2067	299	0.1713	5258	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8575-3.0364	0.1939	277	0.1643	5470	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0364-3.2706	0.1899	309	0.1489	5663	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2706-3.5993	0.1528	303	0.1268	5807	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5993-4.1191	0.1419	312	0.1099	5802	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1191-5.1857	0.1318	328	0.1124	5905	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1857-31.0962	0.1762	318	0.1449	6023	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1212	0.0992	-0.1589	0.6237	0.0496	1.408	0.0166	0.0307	-0.0357	-0.0222	0.0301	-0.0936	0.0171	0.2315	-0.0488	0.1276	0.028	0.001	0.2122	0.0135	0.1309	10.9206	-7.5769	-22.7774
2	1.2236	-0.0624	-0.261	0.6505	0.0972	1.2292	0.1039	0.2089	0.2224	-0.1168	-0.0285	0.0817	-0.2416	-0.1953	-0.0586	0.2018	0.079	0.0008	0.2366	0.0803	0.2012	-18.9099	7.9071	-21.8521
3	1.0304	-0.0443	-0.1613	0.4314	-0.0199	1.2887	0.0421	-0.1224	-0.0035	0.0303	-0.0208	0.0782	0.0144	-0.1935	-0.0224	0.1277	-0.0541	0.0053	0.1351	-0.02	0.1471	-1.2422	-4.9732	-71.4515
4	1.0969	0.0921	-0.328	0.5926	-0.0209	0.8788	0.1302	-0.2495	0.2448	0.0892	-0.0801	-0.0187	-0.2283	0.1682	-0.0263	0.1996	-0.1003	0.0141	0.1703	-0.0722	0.2085	28.3789	10.548	-72.5833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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