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万見
- PDB-4v08: Inhibited dimeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v08
タイトルInhibited dimeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2 A resolution
要素UL26
キーワードVIRAL PROTEIN / ASSEMBLIN / UL26 / UL26P / SERINE PROTEASE / PROTEASE / SUID / PRV / HERPES / HERPES VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A / Herpesvirus/Caudovirus protease domain / Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21) / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIISOPROPYL PHOSPHONATE / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Zuehlsdorf, M. / Werten, S. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2015
タイトル: Dimerization-Induced Allosteric Changes of the Oxyanion-Hole Loop Activate the Pseudorabies Virus Assemblin pUL26N, a Herpesvirus Serine Protease.
著者: Martin Zühlsdorf / Sebastiaan Werten / Barbara G Klupp / Gottfried J Palm / Thomas C Mettenleiter / Winfried Hinrichs /
要旨: Herpesviruses encode a characteristic serine protease with a unique fold and an active site that comprises the unusual triad Ser-His-His. The protease is essential for viral replication and as such ...Herpesviruses encode a characteristic serine protease with a unique fold and an active site that comprises the unusual triad Ser-His-His. The protease is essential for viral replication and as such constitutes a promising drug target. In solution, a dynamic equilibrium exists between an inactive monomeric and an active dimeric form of the enzyme, which is believed to play a key regulatory role in the orchestration of proteolysis and capsid assembly. Currently available crystal structures of herpesvirus proteases correspond either to the dimeric state or to complexes with peptide mimetics that alter the dimerization interface. In contrast, the structure of the native monomeric state has remained elusive. Here, we present the three-dimensional structures of native monomeric, active dimeric, and diisopropyl fluorophosphate-inhibited dimeric protease derived from pseudorabies virus, an alphaherpesvirus of swine. These structures, solved by X-ray crystallography to respective resolutions of 2.05, 2.10 and 2.03 Å, allow a direct comparison of the main conformational states of the protease. In the dimeric form, a functional oxyanion hole is formed by a loop of 10 amino-acid residues encompassing two consecutive arginine residues (Arg136 and Arg137); both are strictly conserved throughout the herpesviruses. In the monomeric form, the top of the loop is shifted by approximately 11 Å, resulting in a complete disruption of the oxyanion hole and loss of activity. The dimerization-induced allosteric changes described here form the physical basis for the concentration-dependent activation of the protease, which is essential for proper virus replication. Small-angle X-ray scattering experiments confirmed a concentration-dependent equilibrium of monomeric and dimeric protease in solution.
履歴
登録2014年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 2.02018年4月11日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL26
B: UL26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7548
ポリマ－53,2912
非ポリマー4636
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-43.8 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.062, 76.226, 111.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.09145, 0.02409, 0.9955), (0.1703, -0.9854, 0.008192), (0.9811, 0.1688, -0.09421)
ベクター: -27.38, -61.5, 36.52)

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要素

#1: タンパク質 UL26 / PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE


分子量: 26645.357 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL (HIS)6-TAG WITH THROMBIN-LINKER
由来: (組換発現) SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83417, assemblin
#2: 化合物 ChemComp-DFP / DIISOPROPYL PHOSPHONATE / ジイソプロポキシホスフィニルラジカル


分子量: 166.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O3P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ASSEMBLIN-PART CRYSTALLIZED (RES. 1-224)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
解説: NO PHASING WAS NECESSARY SINCE THE CRYSTAL OF THE MODEL AND THE ONE USED FOR THIS DATASET WERE ISOMORPHOUS
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN SOLUTION WAS INCUBATED WITH 5 MM DFP FOR 1 HOUR, THEN CRYSTALLIZED FROM 0.1 M TRIS/HCL PH 8, 0.2 M MGCL2, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→62.8 Å / Num. obs: 29319 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.08
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V07

4v07


解像度: 2.03→62.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.813 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED, RESIDUES 1,46,218 OF CHAIN A AND RESIDUES 19,84,114,169,218 OF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED, RESIDUES 1,46,218 OF CHAIN A AND RESIDUES 19,84,114,169,218 OF CHAIN B MODELED AS ALA AND RESIDUES 156 AND 169 FROM CHAIN A SHORTENED DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY, TAG AND THROMBIN-LINKER OF BOTH CHAINS AND RESIDUES 115-119 AND 219-224 OF CHAIN A ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23432 1433 4.9 %RANDOM
Rwork0.17028 ---
obs0.17346 27886 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→62.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3306 0 24 263 3593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9884624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87937503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65821.781146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86115512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0341542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8472.1761747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8462.1751746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8093.2482179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5822.5111649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.029→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 82 -
Rwork0.26 2047 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47741.0489-1.37871.172-1.27713.35490.13120.02310.24940.16020.06030.2719-0.1408-0.1119-0.19160.03980.00860.03810.01120.01770.0822-14.072-35.294839.0007
21.99010.7593-0.0561.4004-0.13751.2783-0.08220.0561-0.1302-0.22440.0984-0.11070.03390.0435-0.01620.1241-0.02490.01310.01780.00320.03129.5084-28.875713.4219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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