+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uzj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM FROM DROSOPHILA - CRYSTAL FORM I - 2.4A | ||||||
![]() | NOTUM | ||||||
![]() | HYDROLASE / ESTERASE / EXTRACELLULAR / ALPHA/BETA HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() GPI anchor release / regulation of compound eye pigmentation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Release of Hh-Np from the secreting cell / wing disc dorsal/ventral pattern formation / wing disc pattern formation / wing disc development / ventral cord development / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase ...GPI anchor release / regulation of compound eye pigmentation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Release of Hh-Np from the secreting cell / wing disc dorsal/ventral pattern formation / wing disc pattern formation / wing disc development / ventral cord development / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / positive regulation of smoothened signaling pathway / digestive tract morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zebisch, M. / Jones, E.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Notum Deacylates Wnt Proteins to Suppress Signalling Activity. 著者: Kakugawa, S. / Langton, P.F. / Zebisch, M. / Howell, S.A. / Chang, T. / Liu, Y. / Feizi, T. / Bineva, G. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Jones, E.Y. / Vincent, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 233.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 467.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.01, -0.011), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42439.934 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 82-415,598-617 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCOSYLATED AT N95 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | R416-K597 REPLACED BY GNNNG LINKER | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.12 M ALCOHOLS, 0.1 M TRIS/BICINE 8.5, 30 % EDO_P8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→58 Å / Num. obs: 30929 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.4→83.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 21.748 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.106 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→83.77 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|