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- PDB-4uyz: STRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM - CRYSTAL FORM II - 2.8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uyz
タイトルSTRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM - CRYSTAL FORM II - 2.8A
要素
  • POLY ALA
  • PROTEIN NOTUM HOMOLOG
キーワードHYDROLASE / WNT / ESTERASE / EXTRACELLULAR / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Notum Deacylates Wnt Proteins to Suppress Signalling Activity.
著者: Kakugawa, S. / Langton, P.F. / Zebisch, M. / Howell, S.A. / Chang, T. / Liu, Y. / Feizi, T. / Bineva, G. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Jones, E.Y. / Vincent, J.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
B: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
C: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
D: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
E: POLY ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,3817
ポリマ－213,1245
非ポリマー2572
水00
1
A: PROTEIN NOTUM HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0991
ポリマ－53,0991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3563
ポリマ－53,0991
非ポリマー2572
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN NOTUM HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0991
ポリマ－53,0991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PROTEIN NOTUM HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0991
ポリマ－53,0991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: POLY ALA


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 729 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7291
ポリマ－7291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.829, 193.880, 75.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, -0.003, -0.015), (0.011, 0.586, -0.81), (0.011, -0.81, -0.586)92.845, 11.69, 24.687
2given(-0.998, 0.045, -0.043), (-0.061, -0.587, 0.808), (0.011, 0.809, 0.588)93.58, -7.968, -6.55
3given(0.996, 0.061, -0.058), (0.061, -0.998, 0.01), (-0.057, -0.013, -0.998)-3.823, 8.518, 40.674

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN NOTUM HOMOLOG / NOTUM


分子量: 53098.891 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 38-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCOSYLATED AT N96 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P988, carboxylesterase
#2: タンパク質・ペプチド POLY ALA


分子量: 728.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.02
検出器日付: 2012年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→58 Å / Num. obs: 38300 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 60.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→96.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 52.567 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29294 1143 3 %RANDOM
Rwork0.24761 ---
obs0.24899 37125 88.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å20 Å2-0.06 Å2
2---3.92 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→96.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10976 0 15 0 10991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.94115399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.89651379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21822.337522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.49151732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.06615110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9162.1745567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6493.2536929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1352.275737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 77 -
Rwork0.369 2549 -
obs--83.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44550.35660.16450.5150.70651.9008-0.1113-0.0530.0802-0.16890.0477-0.03-0.1483-0.02060.06370.0787-0.01680.01070.5262-0.05190.042263.0104-27.18639.2323
20.7177-0.22260.05961.24750.81261.50710.00570.0463-0.15310.0803-0.0915-0.016-0.1331-0.0290.08580.0456-0.0005-0.03610.6676-0.08990.069729.6177-10.442941.7262
31.5376-0.17160.43870.85920.29881.498-0.09770.042-0.17350.24570.1755-0.11320.0105-0.0526-0.07780.07490.0669-0.02740.5431-0.03730.041164.46338.098928.875
40.66940.22180.46291.72760.76541.2005-0.0259-0.05180.1062-0.1061-0.11330.00930.027-0.04130.13920.01730.02890.00390.594-0.09460.040232.275420.2252-2.1352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 452
3X-RAY DIFFRACTION3C87 - 450
4X-RAY DIFFRACTION4D87 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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