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- PDB-1r8l: The structure of endo-beta-1,4-galactanase from Bacillus licheniformis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r8l
タイトルThe structure of endo-beta-1,4-galactanase from Bacillus licheniformis
要素endo-beta-1,4-galactanase
キーワードHYDROLASE / (beta-alpha)8-barrel / calcium ion / glycosyl hydrolase / family 53 / clan GH-A
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase activity / glucosidase activity / pectin catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-beta-1,4-galactanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ryttersgaard, C. / Le Nours, J. / Lo Leggio, L. / Jorgensen, C.T. / Christensen, L.L. / Bjornvad, M. / Larsen, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The structure of endo-beta-1,4-galactanase from Bacillus licheniformis in complex with two oligosaccharide products
著者: Ryttersgaard, C. / Le Nours, J. / Lo Leggio, L. / Jorgensen, C.T. / Christensen, L.L. / Bjornvad, M. / Larsen, S.
履歴
登録2003年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endo-beta-1,4-galactanase
B: endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6374
ポリマ－87,5572
非ポリマー802
水2,234124
1
A: endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8192
ポリマ－43,7781
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8192
ポリマ－43,7781
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.910, 81.190, 104.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer of either chain A or B

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要素

#1: タンパク質 endo-beta-1,4-galactanase


分子量: 43778.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
プラスミド: pMOL94 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306
参照: UniProt: Q65CX5, arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 1500, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.67 Å / Num. all: 25224 / Num. obs: 25224 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 38.871 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1239 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDN ENTRY 1FHL

1fhl


解像度: 2.6→19.67 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2524 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.189 25190 --
obs0.189 25190 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6005 0 2 124 6131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 396 -
Rwork0.289 --
obs-3714 95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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