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- PDB-4uxd: 2-keto 3-deoxygluconate aldolase from Picrophilus torridus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uxd
タイトル2-keto 3-deoxygluconate aldolase from Picrophilus torridus
要素2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
キーワードLYASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / glucose catabolic process / aldehyde-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate/2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種PICROPHILUS TORRIDUS (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Priftis, A. / Zaitsev, V. / Reher, M. / Johnsen, U. / Danson, M.J. / Taylor, G.L. / Schoenheit, P. / Crennell, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Insights into the Substrate Specificity of Archaeal Entner-Doudoroff Aldolases: The Structures of Picrophilus torridus 2-Keto-3-deoxygluconate Aldolase and Sulfolobus solfataricus 2- ...タイトル: Insights into the Substrate Specificity of Archaeal Entner-Doudoroff Aldolases: The Structures of Picrophilus torridus 2-Keto-3-deoxygluconate Aldolase and Sulfolobus solfataricus 2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate Aldolase in Complex with 2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate.
著者: Zaitsev, V. / Johnsen, U. / Reher, M. / Ortjohann, M. / Taylor, G.L. / Danson, M.J. / Schonheit, P. / Crennell, S.J.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: The Nonphosphorylative Entner-Doudoroff Pathway in the Thermoacidophilic Euryarchaeon Picrophilus Torridus Involves a Novel 2-Keto-3-Deoxygluconate- Specific Aldolase.
著者: Reher, M. / Fuhrer, T. / Bott, M. / Schonheit, P.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
C: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
D: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,88033
ポリマ－136,3834
非ポリマー2,49729
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16940 Å2
ΔGint-20.3 kcal/mol
Surface area36860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.954, 100.159, 154.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-GLUCONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE / 2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-6 -PHOSPHOGALACTONATE ALDOLASE / 2-KETO-3- ...2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTONATE/2-DEHYDRO-3-DEOXY-6 -PHOSPHOGALACTONATE ALDOLASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE ALDOLASE


分子量: 34095.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PICROPHILUS TORRIDUS (古細菌) / 株: DSM 9790 / JCM 10055 / NBRC 100828 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL
参照: UniProt: Q6KZI8, 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase , 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase, 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

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非ポリマー , 6種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細KDGA_PICTO IS INCOMPLETE.THE SEQUENCE AS DEPOSITED AS Q6KZI8 IS SHORTER THAN THE CORRECT PTO1279 ...KDGA_PICTO IS INCOMPLETE.THE SEQUENCE AS DEPOSITED AS Q6KZI8 IS SHORTER THAN THE CORRECT PTO1279 SEQUENCE BY 8 AMINO ACIDS (AS PUBLISHED IN REHER ET AL. 2010, REFERENCE 1). THE ADDITIONAL 8 AMINO ACIDS ARE MYKGIVCP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN AT 4.2MG/ML MIXED 1:1 WITH (0.085 M HEPES SODIUM BUFFER PH 7.5, 8.5% V/V 2-PROPANOL, 17% W/V PEG 4000, 15% V/V GLYCEROL (ANHYDROUS))

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SATURN 944PLUS / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.58 Å / Num. obs: 36955 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKY

1xky


解像度: 2.5→28.58 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1884 5.1 %
Rwork0.1746 --
obs0.1792 36657 86.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8796 0 163 340 9299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17912295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3083460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.56770.3191360.22382586X-RAY DIFFRACTION85
2.5677-2.64320.32811610.22132813X-RAY DIFFRACTION92
2.6432-2.72840.35181550.22123024X-RAY DIFFRACTION99
2.7284-2.82590.33111690.20443067X-RAY DIFFRACTION100
2.8259-2.93890.2951520.20463104X-RAY DIFFRACTION100
2.9389-3.07250.3311490.18873074X-RAY DIFFRACTION100
3.0725-3.23430.29771710.19173087X-RAY DIFFRACTION100
3.2343-3.43660.26881750.18423044X-RAY DIFFRACTION99
3.4366-3.70150.2722910.19661490X-RAY DIFFRACTION49
3.7015-4.0730.23931200.16312216X-RAY DIFFRACTION75
4.073-4.66020.18131470.12622640X-RAY DIFFRACTION84
4.6602-5.8630.21761300.13162238X-RAY DIFFRACTION71
5.863-28.58140.2021280.15282390X-RAY DIFFRACTION72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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