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万見
- PDB-4utr: Crystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with glutaryl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4utr
タイトルCrystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with glutarylated CPS1-peptide
要素
  • GLUTARYL-CPS1 PEPTIDE
  • NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
キーワードHYDROLASE / SIRTUIN 5 / REGULATORY ENZYME / DEACYLASE / MITOCHONDRIAL / ROSSMANN-FOLD / ZINC-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl phosphate biosynthetic process / cellular response to oleic acid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / monoatomic anion homeostasis / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / triglyceride catabolic process ...carbamoyl phosphate biosynthetic process / cellular response to oleic acid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / monoatomic anion homeostasis / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / triglyceride catabolic process / modified amino acid binding / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / homocysteine metabolic process / cellular response to ammonium ion / Urea cycle / citrulline biosynthetic process / urea cycle / hepatocyte differentiation / NAD-dependent histone deacetylase activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / response to growth hormone / glutamate binding / response to food / midgut development / nitric oxide metabolic process / heterocyclic compound binding / response to zinc ion / glutamine metabolic process / response to dexamethasone / cellular response to glucagon stimulus / mitochondrial nucleoid / response to amine / response to starvation / potassium ion binding / NAD+ binding / acyl binding / small molecule binding / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to cAMP / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to toxic substance / phospholipid binding / vasodilation / transferase activity / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / calcium ion binding / protein-containing complex binding / nucleolus / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain ...Sirtuin, class III / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / MGS-like domain profile. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / TPP-binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTARIC ACID / Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pannek, M. / Gertz, M. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Chemical Probing of the Human Sirtuin 5 Active Site Reveals its Substrate Acyl Specificity and Peptide-Based Inhibitors.
著者: Roessler, C. / Nowak, T. / Pannek, M. / Gertz, M. / Nguyen, G.T. / Scharfe, M. / Born, I. / Sippl, W. / Steegborn, C. / Schutkowski, M.
履歴
登録2014年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
C: GLUTARYL-CPS1 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,36711
ポリマ－61,8173
非ポリマー5508
水1,02757
1
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
C: GLUTARYL-CPS1 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7156
ポリマ－31,3932
非ポリマー3224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9.3 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6525
ポリマ－30,4241
非ポリマー2294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.220, 87.220, 314.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1302-

NA

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7434, -0.55299, -0.37626), (-0.53428, 0.15253, 0.83143), (-0.40238, 0.81911, -0.40884)
ベクター: 26.13194, 43.07816, -41.62488)

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL


分子量: 30423.785 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE, UNP RESIDUES 30-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS
参照: UniProt: Q6DHI5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド GLUTARYL-CPS1 PEPTIDE / 3-NITRO-PROPIONYL-CPS1 PEPTIDE


分子量: 969.112 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 524-531 / 由来タイプ: 合成
詳細: BENZOYLATED GLYCINE AT PEPTIDE POSITION 1 GLUTARYLATED LYSINE AT PEPTIDE POSITION 4
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q5R209, UniProt: P31327*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 65分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M HEPES PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 16586 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.66 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NYR

2nyr


解像度: 2.9→75.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 34.027 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED STRUCTURE REFINED USING PROSMART WITH PDB-ID 3RIY R.A. NICHOLLS, F. LONG AND G.N. MURSHUDOV 2012 LOW RESOLUTION ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED STRUCTURE REFINED USING PROSMART WITH PDB-ID 3RIY R.A. NICHOLLS, F. LONG AND G.N. MURSHUDOV 2012 LOW RESOLUTION REFINEMENT TOOLS IN REFMAC5. ACTA CRYST. D. N-TERMINAL RESIDUES ARE DISORDERED RESIDUES A280 TO A281 ARE DISORDERED RESIDUES B275 TO B281 ARE DISORDERED CYS274 OF PROTEIN CHAINS FORM DISULFID BRIDGE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 830 5 %RANDOM
Rwork0.21332 ---
obs0.21564 15761 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.34 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→75.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 27 57 4179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.9575767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.213.0049298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7445528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33522.796186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52815684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9971534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2333.7722115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2343.772114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.75.6492639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5923.9912145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 58 -
Rwork0.318 1105 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14561.2137-0.71222.0339-0.66991.9389-0.07970.1775-0.24770.06-0.0332-0.10350.16360.18120.11290.09660.0446-0.01810.14110.05020.09422.914526.1526-6.2559
22.78310.29940.90631.3272-0.26473.6376-0.0048-0.1995-0.01970.13020.00860.1640.2453-0.3867-0.00380.0955-0.0157-0.03780.11150.01720.0923-3.321329.6574-26.4642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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