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- PDB-4urj: Crystal structure of human BJ-TSA-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4urj
タイトルCrystal structure of human BJ-TSA-9
要素PROTEIN FAM83A
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / Signaling by EGFR / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell population proliferation / protein kinase binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM83, N-terminal / : / FAM83 A-H / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Pinkas, D.M. / Sanvitale, C. / Wang, D. / Krojer, T. / Kopec, J. / Chaikuad, A. / Dixon Clarke, S. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. ...Pinkas, D.M. / Sanvitale, C. / Wang, D. / Krojer, T. / Kopec, J. / Chaikuad, A. / Dixon Clarke, S. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Bj-Tsa-9
著者: Pinkas, D.M. / Sanvitale, C. / Wang, D. / Krojer, T. / Kopec, J. / Chaikuad, A. / Dixon Clarke, S. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年3月4日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN FAM83A
B: PROTEIN FAM83A
C: PROTEIN FAM83A
D: PROTEIN FAM83A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,10911
ポリマ－84,6744
非ポリマー4347
水1,856103
1
A: PROTEIN FAM83A
ヘテロ分子

B: PROTEIN FAM83A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4614
ポリマ－42,3372
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN FAM83A
D: PROTEIN FAM83A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6477
ポリマ－42,3372
非ポリマー3105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.120, 50.730, 120.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN FAM83A / BJ-TSA-9 / TUMOR ANTIGEN BJ-TSA-9 / TUMOR-SPECIFIC GENE EXPRESSED IN PROSTATE PROTEIN


分子量: 21168.578 Da / 分子数: 4 / 断片: DUF1669, UNP RESIDUES 122-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q86UY5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.8M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC, 0.8M SODIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→42.08 Å / Num. obs: 25987 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
RosettaMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→42.084 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1992 7.7 %
Rwork0.2323 --
obs0.2349 25835 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→42.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5421 0 28 103 5552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7447457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.721994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003937
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6801-2.74710.38031380.33111649X-RAY DIFFRACTION99
2.7471-2.82130.38861430.31511723X-RAY DIFFRACTION99
2.8213-2.90430.34241420.29361675X-RAY DIFFRACTION99
2.9043-2.99810.33021420.27981708X-RAY DIFFRACTION99
2.9981-3.10520.31331400.2691683X-RAY DIFFRACTION100
3.1052-3.22950.31291410.26141685X-RAY DIFFRACTION99
3.2295-3.37640.29161410.25781684X-RAY DIFFRACTION100
3.3764-3.55430.2871430.22691704X-RAY DIFFRACTION100
3.5543-3.77690.21571410.21831686X-RAY DIFFRACTION100
3.7769-4.06830.23191420.21061704X-RAY DIFFRACTION100
4.0683-4.47720.21851440.19081720X-RAY DIFFRACTION100
4.4772-5.12410.19461430.17081717X-RAY DIFFRACTION99
5.1241-6.45210.24321450.20911734X-RAY DIFFRACTION100
6.4521-42.08870.25161470.22321771X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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