ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Dynamic Behavior of Trigger Factor on the Ribosome. 著者: J Deeng / K Y Chan / E O van der Sluis / O Berninghausen / W Han / J Gumbart / K Schulten / B Beatrix / R Beckmann / 要旨: Trigger factor (TF) is the only ribosome-associated chaperone in bacteria. It interacts with hydrophobic segments in nascent chain (NCs) as they emerge from the ribosome. TF binds via its N-terminal ...Trigger factor (TF) is the only ribosome-associated chaperone in bacteria. It interacts with hydrophobic segments in nascent chain (NCs) as they emerge from the ribosome. TF binds via its N-terminal ribosome-binding domain (RBD) mainly to ribosomal protein uL23 at the tunnel exit on the large ribosomal subunit. Whereas earlier structural data suggested that TF binds as a rigid molecule to the ribosome, recent comparisons of structural data on substrate-bound, ribosome-bound, and TF in solution from different species suggest that this chaperone is a rather flexible molecule. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of TF bound to ribosomes translating an mRNA coding for a known TF substrate from Escherichia coli of a different length. The structures reveal distinct degrees of flexibility for the different TF domains, a conformational rearrangement of the RBD upon ribosome binding, and an increase in rigidity within TF when the NC is extended. Molecular dynamics simulations agree with these data and offer a molecular basis for these observations.
履歴
登録
2014年6月27日
登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0
2016年1月13日
Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1
2016年6月22日
Group: Database references
改定 1.2
2016年6月29日
Group: Database references
改定 1.3
2016年10月5日
Group: Database references
改定 1.4
2018年10月3日
Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
名称: TNAC-STALLED-RNC WITH TRIGGER FACTOR / タイプ: COMPLEX
緩衝液
名称: 20 MM HEPES, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 2 MM DTT / pH: 7.4 / 詳細: 20 MM HEPES, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 2 MM DTT
試料
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持
詳細: HOLEY CARBON
急速凍結
装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER V,
モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 38900 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2 mm
撮影
電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャン
デジタル画像の数: 221
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解析
EMソフトウェア
名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成
CTF補正
詳細: ON VOLUMES (SPIDER)
対称性
点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成
手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 7.7 Å / 粒子像の数: 100931 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2695. (DEPOSITION ID: 12641). 対称性のタイプ: POINT