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- PDB-6gkb: Iron soak structure of Y40F SynFtn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkb
タイトルIron soak structure of Y40F SynFtn
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hemmings, A.M. / Bradley, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/IO21884/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Reaction of O2with a diiron protein generates a mixed-valent Fe2+/Fe3+center and peroxide.
著者: Bradley, J.M. / Svistunenko, D.A. / Pullin, J. / Hill, N. / Stuart, R.K. / Palenik, B. / Wilson, M.T. / Hemmings, A.M. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9103
ポリマ－19,7981
非ポリマー1122
水2,756153
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,83072
ポリマ－475,14924
非ポリマー2,68148
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
crystal symmetry operation17_557x,z,-y+21
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_677-x+1,-z+2,-y+21
crystal symmetry operation20_575x,-z+2,y1
crystal symmetry operation57_455y-1/2,z,x+1/21
crystal symmetry operation58_656-y+3/2,z,-x+3/21
crystal symmetry operation59_476y-1/2,-z+2,-x+3/21
crystal symmetry operation60_675-y+3/2,-z+2,x+1/21
crystal symmetry operation69_456z-1/2,y,-x+3/21
crystal symmetry operation70_475z-1/2,-y+2,x+1/21
crystal symmetry operation71_655-z+3/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_676-z+3/2,-y+2,-x+3/21
crystal symmetry operation77_455z-1/2,x+1/2,y1
crystal symmetry operation78_467z-1/2,-x+3/2,-y+21
crystal symmetry operation79_665-z+3/2,-x+3/2,y1
crystal symmetry operation80_657-z+3/2,x+1/2,-y+21
crystal symmetry operation85_457y-1/2,x+1/2,-z+21
crystal symmetry operation86_667-y+3/2,-x+3/2,-z+21
crystal symmetry operation87_465y-1/2,-x+3/2,z1
crystal symmetry operation88_655-y+3/2,x+1/2,z1
Buried area95820 Å2
ΔGint-713 kcal/mol
Surface area133180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.679, 176.679, 176.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

FE

21A-411-

HOH

31A-440-

HOH

41A-448-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19797.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. (strain CC9311) (バクテリア)
株: CC9311 / 遺伝子: sync_1539 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0I9X8, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate 2.0 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62.47 Å / Num. obs: 18124 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1149 / Rpim(I) all: 0.648 / Rrim(I) all: 1.078 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EUM

1eum


解像度: 1.9→62.465 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 906 5 %
Rwork0.167 --
obs0.169 18123 94.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.05 Å2 / Biso mean: 39.4616 Å2 / Biso min: 24.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→62.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 2 153 1547
Biso mean--46.4 48.77 -
残基数----178
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9003-2.01940.29441570.24452829298696
2.0194-2.17530.23131640.18312834299897
2.1753-2.39420.19761330.16322866299995
2.3942-2.74070.2191690.16882832300195
2.7407-3.4530.21151300.16872894302494
3.453-62.49920.19661530.15672962311591
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.6379 Å / Origin y: 187.0773 Å / Origin z: 205.1403 Å
111213212223313233
T0.2552 Å20.0275 Å20.0995 Å2-0.3324 Å2-0.012 Å2--0.2965 Å2
L0.6245 °20.1988 °20.3158 °2-0.5713 °20.245 °2--0.8174 °2
S0.0097 Å °-0.1471 Å °0.0964 Å °0.1525 Å °-0.0216 Å °0.1877 Å °-0.0415 Å °-0.1678 Å °0.0045 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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