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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ur6 | ||||||
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タイトル | Structure of the type III fish antifreeze protein from Zoarces viviparus ZvAFP6 | ||||||
要素 | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN 6 | ||||||
キーワード | ANTIFREEZE PROTEIN / FISH / TYPE III / SP ISOFORM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ZOARCES VIVIPARUS (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkens, C. / Poulsen, J.-C.N. / Ramloev, H. / Lo Leggio, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cryobiology / 年: 2014 タイトル: Purification, Crystal Structure Determination and Functional Characterization of Type III Antifreeze Proteins from the European Eelpout Zoarces Viviparus. 著者: Wilkens, C. / Poulsen, J.N. / Ramlov, H. / Lo Leggio, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ur6.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ur6.ent.gz | 52 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ur6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ur6_validation.pdf.gz | 436.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ur6_full_validation.pdf.gz | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ur6_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ur6_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6875.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZOARCES VIVIPARUS (魚類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: R9S083 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 2.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M CITRIC ACID, PH 4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 300182 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OPS 解像度: 1.2→61.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.805 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→61.9 Å
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拘束条件 |
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