PDB-4up2: Crystal structure of Escherichia coli tryptophanase purified from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4up2

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli tryptophanase purified from alkaline stressed bacterial culture.

要素

TRYPTOPHANASE

キーワード

LYASE / ALKALINE STRESS / PROTEIN PURIFICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Rety, S. / Deschamps, P. / Leulliot, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of Escherichia Coli Tryptophanase Purified from an Alkaline-Stressed Bacterial Culture.
著者: Rety, S. / Deschamps, P. / Leulliot, N.

履歴

登録	2014年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4up2.cif.gz	598.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4up2.ent.gz	505.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4up2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4up2_validation.pdf.gz	495.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4up2_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	4up2_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	4up2_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4up2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/4up2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c44S 4up1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gh0-1 4gxd-1 4gvt-1 2oqx-d 1xls-1 4io3-d 2azc-2 3ty2-d 1ii5-1 1ifx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRYPTOPHANASE

B: TRYPTOPHANASE

C: TRYPTOPHANASE

D: TRYPTOPHANASE

ヘテロ分子

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRYPTOPHANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRYPTOPHANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TRYPTOPHANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: TRYPTOPHANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.240, 158.240, 387.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	TRYPTOPHANASE / L-TRYPTOPHAN INDOLE-LYASE 分子量: 52850.266 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 6-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: C3SLI7, tryptophanase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.02 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG 4000 30MM AMMONIUM SULFATE 20MM B-MERCAPTOETHANOL 100MM TRIS-HCL PH 9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→47.01 Å / Num. obs: 72775 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 42.6 % / B_iso Wilson estimate: 56.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 25.72
反射シェル	解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 43.7 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C44

2c44

解像度: 2.78→47.014 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	3672	5.1 %
R_work	0.2155	-	-
obs	0.217	72774	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→47.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12841	0	144	113	13098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	17835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.769	4869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.8166	0.3786	158	0.3239	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8166-2.8552	0.3128	136	0.3004	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8552-2.8959	0.3423	137	0.285	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8959-2.9392	0.2939	133	0.2765	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9392-2.9851	0.3111	131	0.2737	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9851-3.034	0.3053	135	0.2626	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.034-3.0863	0.3017	131	0.2642	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0863-3.1424	0.2762	128	0.2463	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1424-3.2029	0.276	153	0.2442	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2029-3.2682	0.2658	141	0.2529	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2682-3.3393	0.2885	142	0.2515	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3393-3.4169	0.2896	154	0.243	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4169-3.5023	0.2726	136	0.2485	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5023-3.597	0.2764	150	0.2462	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.597-3.7028	0.2624	147	0.2312	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7028-3.8223	0.247	149	0.2203	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8223-3.9588	0.2453	146	0.2129	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9588-4.1172	0.2383	117	0.2073	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1172-4.3045	0.2244	132	0.1878	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3045-4.5313	0.1976	153	0.1712	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5313-4.8149	0.2117	146	0.1804	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8149-5.1862	0.2141	144	0.1791	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1862-5.7073	0.2092	134	0.1879	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7073-6.5313	0.2293	147	0.2042	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5313-8.2216	0.206	150	0.1846	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
8.2216-47.0212	0.2201	142	0.1968	2926	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)