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万見
- PDB-4up1: Crystal structure of native human Thymidylate synthase in active form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4up1
タイトルCrystal structure of native human Thymidylate synthase in active form
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / LOW-SALT CONDITIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development ...uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / response to glucocorticoid / response to cytokine / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.991 Å
データ登録者Deschamps, P. / Rety, S. / Leulliot, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the active form of native human thymidylate synthase in the absence of bound substrates.
著者: Deschamps, P. / Rety, S. / Bareille, J. / Leulliot, N.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,26916
ポリマ－143,1164
非ポリマー1,15312
水00
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1635
ポリマ－35,7791
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2596
ポリマ－35,7791
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9713
ポリマ－35,7791
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8752
ポリマ－35,7791
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.790, 106.460, 101.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
THYMIDYLATE SYNTHASE / TS / TSASE


分子量: 35778.980 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG 4000 30MM AMMONIUM SULFATE 20MM B-MERCAPTOETHANOL 100MM TRIS-HCL PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→46.55 Å / Num. obs: 34338 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.11
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YPV

1ypv


解像度: 2.991→46.55 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 1717 5 %
Rwork0.2141 --
obs0.2156 34332 91.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.991→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9131 0 60 0 9191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77312750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3453520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9914-3.07940.3224990.32721883X-RAY DIFFRACTION64
3.0794-3.17870.36171170.32822228X-RAY DIFFRACTION75
3.1787-3.29230.33581410.3032669X-RAY DIFFRACTION91
3.2923-3.42410.33041530.28732919X-RAY DIFFRACTION99
3.4241-3.57990.33051530.27092895X-RAY DIFFRACTION98
3.5799-3.76850.26821510.24332884X-RAY DIFFRACTION98
3.7685-4.00450.24431530.23052894X-RAY DIFFRACTION98
4.0045-4.31350.21351510.20492884X-RAY DIFFRACTION98
4.3135-4.74720.22451520.1692888X-RAY DIFFRACTION97
4.7472-5.43330.2211520.17732885X-RAY DIFFRACTION97
5.4333-6.84190.21651490.20262823X-RAY DIFFRACTION95
6.8419-46.55550.18521460.1612763X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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