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- PDB-4uox: Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uox
タイトルCrystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate and putrescine
要素PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / POLYAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine transaminase / putrescine-2-oxoglutarate transaminase / diamine transaminase activity / putrescine--2-oxoglutarate transaminase activity / L-lysine catabolic process / putrescine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Putrescine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Putrescine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 1,4-DIAMINOBUTANE / Putrescine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.085 Å
データ登録者Jeong, J.H. / Kim, Y.G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of Putrescine Aminotransferase from Escherichia Coli Provides Insights Into the Substrate Specificity Among Class III Aminotransferases.
著者: Cha, H.J. / Jeong, J. / Rojviriya, C. / Kim, Y.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
B: PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
C: PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
D: PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,05321
ポリマ－203,1414
非ポリマー1,91217
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33680 Å2
ΔGint-201.7 kcal/mol
Surface area52120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.124, 129.520, 131.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE / YGJG / PUTRESCINE--2-OXOGLUTARIC ACID TRANSAMINASE / PAT / PATASE


分子量: 50785.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT BOND BETWEEN PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE AND PUTRESCINE
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P42588, putrescine-2-oxoglutarate transaminase

-
非ポリマー , 6種, 530分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS COVALENTLY BOUND WITH PUTRESCINE IN CHAIN ...PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS COVALENTLY BOUND WITH PUTRESCINE IN CHAIN A,B. 1,4-DIAMINOBUTANE (PUT): PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS COVALENTLY BOUND WITH PUTRESCINE IN CHAIN A,B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE, 0.1 MM N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 123102 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VEF

1vef


解像度: 2.085→36.257 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 5528 5.1 %
Rwork0.1875 --
obs0.1905 109557 88.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.085→36.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13759 0 123 513 14395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17219091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2655201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.085-2.10870.31591600.29512906X-RAY DIFFRACTION76
2.1087-2.13350.32541470.28763222X-RAY DIFFRACTION82
2.1335-2.15950.35621590.26583145X-RAY DIFFRACTION81
2.1595-2.18680.28911500.25793127X-RAY DIFFRACTION81
2.1868-2.21560.30961630.27063044X-RAY DIFFRACTION79
2.2156-2.2460.33971960.28893510X-RAY DIFFRACTION91
2.246-2.2780.32251900.27023444X-RAY DIFFRACTION89
2.278-2.3120.32541790.26122900X-RAY DIFFRACTION76
2.312-2.34820.33581710.25633192X-RAY DIFFRACTION82
2.3482-2.38660.32091780.24353274X-RAY DIFFRACTION85
2.3866-2.42780.33061850.22653287X-RAY DIFFRACTION85
2.4278-2.47190.28031730.2113327X-RAY DIFFRACTION86
2.4719-2.51950.28671840.21093362X-RAY DIFFRACTION87
2.5195-2.57090.28211720.20913377X-RAY DIFFRACTION87
2.5709-2.62680.2782040.20253407X-RAY DIFFRACTION88
2.6268-2.68780.27331840.19573377X-RAY DIFFRACTION88
2.6878-2.7550.26271750.19083498X-RAY DIFFRACTION89
2.755-2.82950.25171760.19413493X-RAY DIFFRACTION90
2.8295-2.91270.27841970.19333474X-RAY DIFFRACTION90
2.9127-3.00670.24311670.20233557X-RAY DIFFRACTION91
3.0067-3.11410.2941830.19553614X-RAY DIFFRACTION92
3.1141-3.23870.24881890.18713647X-RAY DIFFRACTION93
3.2387-3.3860.24342040.18053699X-RAY DIFFRACTION95
3.386-3.56440.21012050.17773773X-RAY DIFFRACTION96
3.5644-3.78750.23592120.15953886X-RAY DIFFRACTION99
3.7875-4.07960.20921950.14573767X-RAY DIFFRACTION95
4.0796-4.48940.1691620.1263865X-RAY DIFFRACTION97
4.4894-5.13750.17072250.1283823X-RAY DIFFRACTION97
5.1375-6.46670.19412160.1553928X-RAY DIFFRACTION98
6.4667-36.26230.18482270.14154104X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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