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万見
- PDB-4uov: The structure of a tetrameric alpha-carbonic anhydrase from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uov
タイトルThe structure of a tetrameric alpha-carbonic anhydrase from Thermovibrio ammonificans reveals a core formed around intermolecular disulfides, which contribute to its thermostability.
要素CARBONATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / CARBONIC ANHYDRASE / THERMOPHILIC / ACETAZOLAMIDE / CARBON DIOXIDE CAPTURE / THERMAL STABILITY.
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / Chem-PE3 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOVIBRIO AMMONIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者James, P. / Isupov, M. / Sayer, C. / Berg, S. / Lioliou, M. / Kotlar, H. / Littlechild, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The Structure of a Tetrameric [Alpha]-Carbonic Anhydrase from Thermovibrio Ammonificans Reveals a Core Formed Around Intermolecular Disulfides that Contribute to its Thermostability
著者: James, P. / Isupov, M.N. / Sayer, C. / Saneei, V. / Berg, S. / Lioliou, M. / Kotlar, H. / Littlechild, J.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONATE DEHYDRATASE
B: CARBONATE DEHYDRATASE
C: CARBONATE DEHYDRATASE
D: CARBONATE DEHYDRATASE
E: CARBONATE DEHYDRATASE
F: CARBONATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,73464
ポリマ－166,3556
非ポリマー8,37858
水34,5531918
1
E: CARBONATE DEHYDRATASE
F: CARBONATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

E: CARBONATE DEHYDRATASE
F: CARBONATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,87144
ポリマ－110,9044
非ポリマー5,96740
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-312.3 kcal/mol
Surface area38960 Å2
手法PISA
2
A: CARBONATE DEHYDRATASE
B: CARBONATE DEHYDRATASE
C: CARBONATE DEHYDRATASE
D: CARBONATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,29842
ポリマ－110,9044
非ポリマー5,39538
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.750, 283.020, 52.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99307, 0.11728, 0.00769), (-0.11738, -0.99298, -0.01474), (0.00591, -0.01554, 0.99986)-88.86851, 131.69994, 1.93302
2given(-0.5614, -0.82753, -0.00476), (-0.82747, 0.56142, -0.00987), (0.01084, -0.0016, -0.99994)-6.36799, -3.4332, 0.12025
3given(0.46508, 0.88526, 0.00431), (0.8851, -0.46508, 0.01742), (0.01743, -0.00428, -0.99984)-82.43396, 136.08701, 1.05598
4given(0.53081, -0.84749, -0.00018), (-0.84749, -0.53081, -0.00098), (0.00074, 0.00067, -1)79.47558, 143.34244, -0.41981
5given(0.37383, -0.92744, -0.01044), (0.92745, 0.37368, 0.01385), (-0.00895, -0.01486, 0.99985)78.56078, 153.68517, 0.95133

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
CARBONATE DEHYDRATASE / ALPHA CARBONIC ANHYDRASE


分子量: 27725.900 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ
由来: (天然) THERMOVIBRIO AMMONIFICANS (バクテリア)
参照: UniProt: E8T502, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 11種, 1976分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド


分子量: 222.245 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4O3S2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#5: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#10: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1918 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 9% ETHYLENE GLYCOL, 9 % PEG8000, 10 MM CARBOXYLIC ACIDS ADDITIVE MIXTURE, 100MM MES PH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.01 Å / Num. obs: 206954 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C3T

4c3t


解像度: 1.85→42.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.657 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. LOCAL NCS RESTRICTIONS WERE APPLIED THROUGHOUT REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20404 10399 5 %RANDOM
Rwork0.17181 ---
obs0.17341 196389 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10878 0 435 1918 13231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01912801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.98317500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74251693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48523.317615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.177152292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4711595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0976.4845756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.87710.8737275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8437.3917043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 791 -
Rwork0.277 14251 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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