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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4um1 | ||||||
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タイトル | Engineered Ls-AChBP with alpha4-alpha4 binding pocket in complex with NS3573 | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ION CHANNEL / RECEPTOR STOICHIOMETRY / CYS-LOOP RECEPTOR / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / postsynapse / neuron projection / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å | ||||||
データ登録者 | Shahsavar, A. / Kastrup, J.S. / Balle, T. / Gajhede, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2015 タイトル: Achbp Engineered to Mimic the Alpha4-Alpha4 Binding Pocket in Alpha4Beta2 Nicotinic Acetylcholine Receptors Reveals Interface Specific Interactions Important for Binding and Activity 著者: Shahsavar, A. / Ahring, P.K. / Olsen, J.A. / Krintel, C. / Kastrup, J.S. / Balle, T. / Gajhede, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4um1.cif.gz | 211 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4um1.ent.gz | 171.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4um1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26053.143 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 1-(5-ETHOXYPYRIDIN-3-YL)-1,4-DIAZEPANE (NS3573) BINDS AT THE INTERFACE OF EACH TWO MONOMERS 由来: (組換発現) LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) / プラスミド: PFASTBAC 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-09P / #3: 糖 | ChemComp-NAG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS BASE (PH 8.0), 1-3% V/V POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 400 AND 1.8-2.3 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.83→49.18 Å / Num. obs: 29761 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 51.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.83→2.98 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3U8K 解像度: 2.83→49.178 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.178 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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