PDB-4uj8: Structure of surface layer protein SbsC, domains 6-7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uj8

タイトル

Structure of surface layer protein SbsC, domains 6-7

要素

SURFACE LAYER PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SURFACE LAYER / SELF-ASSEMBLY

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dordic, A. / Pavkov-Keller, T. / Eder, M. / Egelseer, E.M. / Davis, K. / Mills, D. / Sleytr, U.B. / Kuehlbrandt, W. / Vonck, J. / Keller, W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Surface Layer Protein Sbsc
著者: Pavkov-Keller, T. / Dordic, A. / Eder, M. / Egelseer, E.M. / Davis, K. / Mills, D. / Sleytr, U.B. / Kuehlbrandt, W. / Vonck, J. / Keller, W.

履歴

登録	2015年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uj8.cif.gz	219.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uj8.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uj8_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uj8_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	4uj8_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	4uj8_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ftxC 4uieS 4uj7S 4uj6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jz7-d 5ckg-d 3j6n-d 2axw-d 3td5-2 5jk9-6 3zrw-1 5fty-1 5fty-2 3zrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SURFACE LAYER PROTEIN

B: SURFACE LAYER PROTEIN

C: SURFACE LAYER PROTEIN

D: SURFACE LAYER PROTEIN

ヘテロ分子

99.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SURFACE LAYER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SURFACE LAYER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SURFACE LAYER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SURFACE LAYER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.887, 54.459, 92.243
Angle α, β, γ (deg.)	103.59, 105.23, 91.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	SURFACE LAYER PROTEIN 分子量: 24672.604 Da / 分子数: 4 / 断片: RSBSC, UNP RESDIUES 642-882 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O68840
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→28.6 Å / Num. obs: 93503 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4UJ7, 4UIE

4uj7

4uie

解像度: 1.7→23.001 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	4671	5 %
R_work	0.1942	-	-
obs	0.196	93436	91.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6862	0	16	1432	8310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	9613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.626	2556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3577	137	0.2883	2598	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7193-1.7395	0.3435	161	0.2675	3065	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7395-1.7607	0.2765	163	0.2545	3098	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7607-1.783	0.3139	157	0.2475	2977	X-RAY DIFFRACTION	94
1.783-1.8065	0.309	162	0.2408	3085	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8065-1.8312	0.2895	160	0.2322	3031	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8312-1.8574	0.2628	160	0.2285	3031	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8574-1.8851	0.2698	162	0.2319	3088	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8851-1.9145	0.2603	150	0.2434	2838	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9145-1.9459	0.2699	147	0.2336	2828	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9459-1.9794	0.26	157	0.2155	2978	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9794-2.0154	0.2352	160	0.2117	3039	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0154-2.0541	0.2507	149	0.2192	2837	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0541-2.096	0.2879	138	0.2246	2605	X-RAY DIFFRACTION	80
2.096-2.1416	0.2551	155	0.214	2958	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1416-2.1914	0.2616	160	0.212	3034	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1914-2.2461	0.2374	154	0.2141	2926	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2461-2.3068	0.2728	155	0.2134	2938	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3068-2.3746	0.2856	159	0.2125	3026	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3746-2.4512	0.2405	158	0.2059	3008	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4512-2.5387	0.267	161	0.2102	3050	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5387-2.6402	0.2615	158	0.2021	3005	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6402-2.7601	0.2263	155	0.1983	2947	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7601-2.9054	0.2308	161	0.1972	3046	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9054-3.087	0.1902	156	0.1928	2975	X-RAY DIFFRACTION	93
3.087-3.3247	0.2244	157	0.1832	2977	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3247-3.6581	0.197	158	0.1628	2998	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6581-4.1847	0.1685	155	0.156	2950	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1847-5.2619	0.1729	157	0.1367	2981	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2619-23.0028	0.1863	149	0.1509	2848	X-RAY DIFFRACTION	88

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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