PDB-4uj0: Crystal structure of the tomato defensin TPP3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uj0

タイトル

Crystal structure of the tomato defensin TPP3

要素

FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN

キーワード

ANTIBIOTIC / IMMUNE SYSTEM / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / PHOSPHOLIPID / PIP2

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

SOLANUM LYCOPERSICUM (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Richter, V. / Lay, F.T. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Tomato Defensin Tpp3 Binds Phosphatidylinositol (4,5)-Bisphosphate Via a Conserved Dimeric Cationic Grip Conformation to Mediate Cell Lysis.
著者: Baxter, A.A. / Richter, V. / Lay, F.T. / Poon, I.K.H. / Adda, C.G. / Veneer, P.K. / Phan, T.K. / Bleackley, M.R. / Anderson, M.A. / Kvansakul, M. / Hulett, M.D.

履歴

登録	2015年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uj0.cif.gz	69.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uj0.ent.gz	54.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cqkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gps-d 1hhz-d 217d-1 1hx2-d 1bk8-d 4fc1-d 2xf6-d 2ly5-d 1p00-d 1gb4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN

B: FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN

ヘテロ分子

11.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.967, 64.967, 82.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2008- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN / TPP3 分子量: 5514.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM LYCOPERSICUM (トマト) / 断片: RESIDUES 25-73 / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q40128
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.1 詳細: 0.16 M AMMONIUM ACETATE, 24% (W/V) PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE AT PH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.46 Å / Num. obs: 11889 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 34.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 51.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 38.1 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CQK

4cqk

解像度: 1.7→33.24 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	560	4.7 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1876	11848	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.109 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2929 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.2929 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.5858 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	737	0	4	64	805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.521	311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	108
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	134

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.8711	0.2587	133	0.234	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-2.1418	0.196	140	0.1865	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.6983	0.2351	141	0.1789	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6983-33.2465	0.1913	146	0.1825	2981	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5544	1.2556	-4.4476	5.1986	-3.1555	7.5036	0.3389	0.2341	-0.0698	-0.2398	-0.2126	-0.5536	-1.1425	-0.112	-0.522	0.2484	-0.0316	0.0399	0.2189	0.0044	0.2122	0.1833	20.4942	-4.7242
2	5.7191	1.456	-2.077	5.8548	0.9299	1.9937	-0.1143	-0.3039	0.2527	0.2546	0.2874	-0.1192	-0.2416	0.5089	0.0279	0.1501	-0.0631	0.0128	0.1617	-0.0434	0.1142	-3.2673	18.0766	10.2696
3	6.352	-4.519	0.9687	4.1374	2.1163	8.6729	-0.5193	-1.0957	0.569	0.3717	0.3101	-0.3693	-0.03	1.5503	0.0486	0.1428	0.0516	-0.0154	0.4579	0.0143	0.2334	4.261	16.0054	8.6337
4	5.2656	-2.3496	-3.7792	6.0052	2.998	3.229	-0.3078	-0.6118	-0.7496	0.0952	0.0236	-0.1744	0.8687	0.2985	0.3728	0.2057	0.0362	0.0562	0.1639	0.0124	0.1997	0.7018	10.6976	3.8186
5	2.2875	-2.5313	-4.1251	9.5157	4.6866	9.1927	0.3583	-0.3124	0.2876	0.346	0.0254	-0.323	-0.3537	0.3497	-0.365	0.1608	-0.023	0.0452	0.1461	-0.0279	0.173	1.6759	19.5866	2.7559
6	2.0002	3.1329	0.709	3.8677	2.499	9.7582	-0.3078	1.3487	1.4642	-2.5574	-0.435	-0.0584	-1.8569	-0.2818	0.5575	0.8174	0.0964	0.0391	0.2682	-0.0061	0.4499	-4.113	28.3387	9.0793
7	6.3936	1.1365	-3.0314	7.5872	-0.79	1.5601	0.2129	0.6926	0.1927	-0.218	-0.0822	0.0925	-0.0778	-0.7382	-0.0009	0.1128	0.043	-0.002	0.2202	0.01	0.1182	-0.4495	18.9291	-0.9833
8	3.5565	1.8463	-0.8427	1.6259	0.6781	2.0638	0.7061	-0.6864	-0.095	0.5664	-0.3117	-0.031	-0.2761	-0.1823	-0.1764	0.2442	0.0161	-0.0353	0.2561	0.0385	0.153	-7.1451	18.2789	-5.5982
9	3.9373	3.0809	0.3187	3.856	0.6097	3.0745	-0.2336	-0.4102	-0.5092	0.4819	-0.7407	-1.1873	-0.7001	1.3462	0.7299	0.2286	-0.035	0.0228	0.2767	0.0395	0.2219	-0.4031	28.1138	-11.7863
10	2.0002	-6.844	-3.3054	4.8537	2.6392	1.5688	0.1746	0.3128	1.1167	-0.6451	0.1371	-0.7041	-1.1731	0.0448	-0.1535	0.6867	0.0028	0.0989	0.1982	0.0094	0.2627	-2.966	34.7673	-16.2119
11	2.0001	-2.6616	-6.8626	5.5777	-1.7243	6.6086	0.4598	1.0608	-0.0179	-0.869	-0.2978	1.0452	-0.3569	-0.8409	0.2973	0.3698	0.1237	-0.1223	0.2257	-0.0859	0.3949	-10.9055	37.6874	-12.4767
12	8.7292	1.0468	5.0737	3.9788	3.2833	4.8055	-1.059	-0.7126	0.9549	-0.0781	0.4063	0.6384	-1.1914	-0.975	0.3354	0.3319	0.1047	-0.068	0.2122	-0.0162	0.2809	-12.0351	31.7334	-16.1031
13	6.4461	-0.7293	-4.0209	2.0004	-2.5233	3.1425	-0.2579	0.9335	-0.0752	-0.62	0.1627	1.5002	-0.3455	-0.3549	-0.0842	0.3181	0.0419	-0.0132	0.2014	0.0044	0.171	-8.5241	28.8298	-19.0226
14	4.154	2.6691	1.9373	4.1707	-2.5729	7.4704	-0.0282	0.9915	-0.1639	-0.1671	0.246	-0.3872	0.0358	-0.3002	-0.1513	0.235	0.0413	0.093	0.2698	-0.0333	0.1922	-3.722	24.2306	-20.362
15	6.8169	-1.2301	0.9124	9.0902	1.5915	3.1542	-0.4029	-0.3512	-0.2983	-0.326	0.0427	0.7481	-0.1311	-0.696	0.4653	0.1361	-0.005	0.041	0.1296	-0.0527	0.1835	-7.5114	22.0887	-15.1143
16	2.0002	5.2589	4.0061	2.7609	1.5265	8.1497	-0.1353	-0.8523	0.8083	0.2577	-0.6402	0.8657	-1.0107	-1.0949	-0.7566	0.3759	0.1016	0.1204	0.214	-0.0973	0.2075	-11.9063	31.7707	-7.7873
17	7.6437	-0.4294	-3.2882	7.4056	2.5162	2.1507	-0.0161	-1.4867	0.2443	0.3282	0.5019	-0.2861	0.3271	0.2774	-0.2192	0.2697	-0.0065	-0.0233	0.4222	-0.0673	0.2579	-8.1419	35.9881	-4.3794
18	6.9723	4.695	-2.8536	4.0345	-4.3233	8.7344	0.0593	-0.0868	-0.2164	0.0964	-0.1407	-0.4166	0.174	0.1086	0.0538	0.1133	0.0285	-0.0079	0.1582	-0.0171	0.1144	-5.9447	21.7391	-10.46

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 10:19)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 20:24)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 25:30)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 31:37)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 38:41)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 42:49)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 3:6)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 7:10)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 11:14)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 15:18)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 19:22)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 23:26)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 27:30)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 31:34)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 35:38)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 39:42)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 43:49)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)