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万見
- PDB-4uhy: Crystal structure of the human RGMA-BMP2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhy
タイトルCrystal structure of the human RGMA-BMP2 complex
要素
  • BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
  • REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE A
キーワードSIGNALING PROTEIN / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN PATHWAY / HEMOJUVELIN / MORPHOGEN / AXON GUIDANCE / CELL SURFACE RECEPTOR SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development ...cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / enzyme activator complex / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / ameloblast differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / aortic valve development / pericardium development / telencephalon regionalization / negative regulation of collateral sprouting / heart induction / negative regulation of axon regeneration / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / Netrin-1 signaling / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMP receptor complex / regulation of BMP signaling pathway / transferrin receptor binding / proteoglycan metabolic process / co-receptor binding / lung vasculature development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of ossification / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development / negative regulation of cell cycle / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / coreceptor activity / side of membrane / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / animal organ morphogenesis / cytokine activity / skeletal system development / neural tube closure / response to bacterium / growth factor activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / positive regulation of neuron projection development / bone development / positive regulation of miRNA transcription / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein phosphorylation / neuron projection development / osteoblast differentiation / cell-cell signaling
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / : / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / : / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Repulsive guidance molecule A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Repulsive Guidance Molecule is a Structural Bridge between Neogenin and Bone Morphogenetic Protein.
著者: Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
C: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4773
ポリマ－37,4773
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-45.6 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.855, 83.855, 114.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.4538, -0.3928, 0.7998), (-0.3842, -0.8961, -0.2221), (0.804, -0.2065, -0.5576)
ベクター: 2.887, 84.14, 35.38)

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要素

#1: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2 / BMP-2 / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2A / BMP-2A / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2 / BMP2


分子量: 12923.854 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE A / RGM DOMAIN FAMILY MEMBER A / RGMA


分子量: 11628.836 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 45-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96B86
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN RGMA WITH 3 ADDITIONAL N- TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C- ...N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN RGMA WITH 3 ADDITIONAL N- TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES (GTKHHHHHH).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 0.1 M CITRIC ACID, PH 4.0, 20% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD), 0.2 M GLYCINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0163
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45 Å / Num. obs: 8086 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 78.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→45.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8219 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7773 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.428
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 372 4.61 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2287 8074 99.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 110.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--31.9331 Å20 Å20 Å2
2---31.9331 Å20 Å2
3---63.8662 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2112 0 0 0 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.152967HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2176HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2534SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.58 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 90 4.01 %
Rwork0.2324 2156 -
all0.2331 2246 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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