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- PDB-4uht: Crystal structure of the DNA binding domain of CpxR from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uht
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of CpxR from E. coli
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell-substrate adhesion / phosphorelay response regulator activity / デオキシリボ核酸 / transcription cis-regulatory region binding / 細胞接着 / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein CpxR
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Alzari, P.M.A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Conformational plasticity of the response regulator CpxR, a key player in Gammaproteobacteria virulence and drug-resistance.
著者: Mechaly, A.E. / Haouz, A. / Sassoon, N. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1194
ポリマ－23,0482
非ポリマー712
水7,080393
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5602
ポリマ－11,5241
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5602
ポリマ－11,5241
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.119, 39.880, 40.940
Angle α, β, γ (deg.)89.80, 75.13, 61.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR / CPXR


分子量: 11524.151 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 131-232 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 / 参照: UniProt: P0AE88
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.918
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→34.54 Å / Num. obs: 73642 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→33.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.129 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15599 3396 5 %RANDOM
Rwork0.1279 ---
obs0.12932 64389 92.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20.2 Å2-1.01 Å2
2---0.24 Å20.6 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 2 393 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9561.9722263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34433737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1945208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.71522.82178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5115293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.421516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.26333296
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.964563
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.79653591
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 182 -
Rwork0.228 3339 -
obs--64.46 %
精密化 TLS

T22: 0.0043 Å2 / T23: -0.0029 Å2 / T33: 0.0023 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00030.0022-0.00050.019-0.0050.01750.0002-0.000200.0006-0.0003-0.0009-0.0002-0.00030.00010.0112-0.00520.0047-5.1576-4.635744.1304
20.01480.00440.00760.00270.00120.0048-0.00060.00050.0002-0.00040.0005-0.0003-0.00010.00040.00020.0116-0.00510.004816.2238-17.696734.7408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A131 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B131 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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