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- PDB-4uhk: Crystal structure of the receiver domain of CpxR from E. coli (ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhk
タイトルCrystal structure of the receiver domain of CpxR from E. coli (phosphorylated)
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell-substrate adhesion / phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / cell adhesion / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein CpxR
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Alzari, P.M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Coupling between Autokinase and Phosphotransferase Reactions in a Bacterial Histidine Kinase.
著者: Mechaly, A.E. / Soto Diaz, S. / Sassoon, N. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2015年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9996
ポリマ－46,9263
非ポリマー733
水1,36976
1
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3324
ポリマ－31,2842
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-14.6 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
2
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3324
ポリマ－31,2842
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-x+2,-y+3,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.831, 74.144, 76.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN CPXR / CPXR


分子量: 15641.901 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 / 参照: UniProt: P0AE88
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ASPARTYL PHOSPHATE (PHD): PHOSPHORYLATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.38 Å / Num. obs: 15756 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 77.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9218 / SU R Cruickshank DPI: 0.628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.703 / SU Rfree Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.288
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2326 725 4.98 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
obs0.1885 14559 92.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2742 Å20 Å20 Å2
2---3.2609 Å20 Å2
3---9.5351 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3070 0 3 76 3149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.214197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1524SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes435HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3104HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3548SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2965 152 5.06 %
Rwork0.214 2849 -
all0.2182 3001 -
obs--92.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.66-0.50670.63562.25160.20252.02760.11150.3614-0.2398-0.2253-0.0688-0.19240.2560.2615-0.0427-0.0582-0.05120.022-0.0719-0.0166-0.102895.2787103.99753.8783
24.15620.8841.76453.52710.00144.9046-0.1627-0.16660.14770.06660.09230.43340.1167-0.53170.0704-0.16910.0830.0378-0.13720.00680.023596.659586.036683.6416
34.3184-0.12481.33863.47730.29354.5952-0.3056-0.83940.75140.55-0.04370.1475-0.9024-0.240.34930.05810.1486-0.0654-0.1651-0.1437-0.0227108.24498.040599.1566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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