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万見
- PDB-4uei: Solution structure of the sterol carrier protein domain 2 of Heli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uei
タイトルSolution structure of the sterol carrier protein domain 2 of Helicoverpa armigera
要素STEROL CARRIER PROTEIN 2/3-OXOACYL-COA THIOLASE
キーワードTRANSFERASE / SCP-2 / INSECTICIDAL TARGET
機能・相同性
機能・相同性情報


propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / lipid transport / peroxisome / lipid binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal ...SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOVERPA ARMIGERA (オオタバコガ)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Liu, X. / Ma, H. / Yan, X. / Hong, H. / Peng, J. / Peng, R.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: NMR Structure and Function of Helicoverpa Armigera Sterol Carrier Protein-2, an Important Insecticidal Target from the Cotton Bollworm.
著者: Ma, H. / Ma, Y. / Liu, X. / Dyer, D.H. / Xu, P. / Liu, K. / Lan, Q. / Hong, H. / Peng, J. / Peng, R.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEROL CARRIER PROTEIN 2/3-OXOACYL-COA THIOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0521
ポリマ－14,0521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 STEROL CARRIER PROTEIN 2/3-OXOACYL-COA THIOLASE / HASCP-2


分子量: 14051.941 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 2, UNP RESIDUES 407-531 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HELICOVERPA ARMIGERA (オオタバコガ)
プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: K7NSY9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CFHSQC
121CHSQC A
131NHSQC
141ALPHTIC-HSQC
151CBCA(CO)NH
161FOLD-C13
171GCCCONH
181HBHA(CO)NH
191HCCHTOCSY
1101HN(CA)CB
1111HNCO
1121HSQC NH
1131NOESYAROM
1141NOESYCHSQC
1151NOESYNHSQC
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% H2O / 10% D2O
試料状態イオン強度: 120 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian DD2 / 製造業者: Varian / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS/ARIAA.T.BRUNGER, P.D.ADAMS, G.M.CLORE, W.L. DELANO, P.GROS, R.W.GROSSE-KUNSTLEVE, J.-S. JIANG, J.M.KRAHN, J.KUSZEWSKI, M.NILGES, N.S. PANNU, R.J.READ, L.M.RICE, G.F.SCHROEDER, T. SIMONSON, G.L.WARREN精密化
CcpNmr Analysis2.3構造決定
PyRPF0.4構造決定
CcpNmr Analysis2.4構造決定
DANGLE1.1構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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