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- PDB-4ucl: X-ray structure and activities of an essential Mononegavirales L-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ucl
タイトルX-ray structure and activities of an essential Mononegavirales L- protein domain
要素RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
キーワードTRANSFERASE / HUMAN METAPNEUMOVIRUS / METHYLTRANSFERASE / CAPPING / L PROTEIN / S-ADENOSYL METHIONINE / ROSSMANN / GTP / ADENOSINE / TRIPHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Paesen, G.C. / Collet, A. / Sallamand, C. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Canard, B. / Decroly, E. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure and Activities of an Essential Mononegavirales L-Protein Domain.
著者: Paesen, G.C. / Collet, A. / Sallamand, C. / Debart, F. / Vasseur, J.J. / Canard, B. / Decroly, E. / Grimes, J.M.
履歴
登録2014年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6456
ポリマ－95,3222
非ポリマー3234
水1,60389
1
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8233
ポリマ－47,6611
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8233
ポリマ－47,6611
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.780, 83.410, 182.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE L / LARGE STRUCTURAL PROTEIN


分子量: 47661.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1600-2005 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / プラスミド: POPIN_E / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q91L20
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器日付: 2013年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→182.92 Å / Num. obs: 30451 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 117.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→91.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9395 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9363 / SU R Cruickshank DPI: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.536 / SU Rfree Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 1535 5.05 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
obs0.1907 30379 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 107.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.2102 Å20 Å20 Å2
2---5.118 Å20 Å2
3---25.3282 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.505 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→91.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 12 89 6101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.028275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2197SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes865HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6137HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion799SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6758SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3025 138 4.75 %
Rwork0.2763 2768 -
all0.2776 2906 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87810.302-0.19043.2008-1.1472.2786-0.1885-0.05780.0331-0.01390.20550.3131-0.117-0.3257-0.017-0.45690.1213-0.072-0.29470.0029-0.304625.65-5.5219-46.003
22.25250.0739-0.82542.21570.11992.23240.2246-0.02840.2160.0174-0.19880.1081-0.2789-0.1439-0.0258-0.20370.10610.0143-0.3087-0.1167-0.259124.8344-7.43260.2668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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