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- PDB-4ubu: Structure of a modified C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubu
タイトルStructure of a modified C93S variant of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis in complex with CoA
要素Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
キーワードTRANSFERASE / acetylated / degradative thiolase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schaefer, C.M. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 米国, 8件
組織認可番号国
German Research FoundationFZ82 ドイツ
German Research FoundationSFB630 ドイツ
National Institutes of HealthAI092455 米国
National Institutes of HealthAI085349 米国
National Institutes of HealthAI065251 米国
National Institutes of HealthHL53306 米国
National Institutes of HealthRR021008 米国
NSFBIO1039771 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis.
著者: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
B: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
C: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
D: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
E: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
F: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
G: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
H: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,49020
ポリマ－338,9828
非ポリマー6,50912
水70339
1
G: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子

E: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5577
ポリマ－84,7452
非ポリマー1,8115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
2
E: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子

G: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5577
ポリマ－84,7452
非ポリマー1,8115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
3
A: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
D: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2804
ポリマ－84,7452
非ポリマー1,5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
4
B: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
C: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2804
ポリマ－84,7452
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
5
F: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
H: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3735
ポリマ－84,7452
非ポリマー1,6273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.610, 105.160, 147.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
31B
41C
51D
61E
71F
81G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 391
2111H1 - 391
3111B1 - 391
4111C1 - 391
5111D1 - 391
6111E1 - 391
7111F1 - 391
8111G1 - 391
1211A400
2211H400
3211B400
4211C400
5211D400
6211E400
7211F400
8211G400

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999626, 0.024983, 0.011138), (-0.023936, -0.996013, 0.085934), (0.013241, 0.085636, 0.996239)24.28132, 39.89096, -72.57516
3given(-0.98496, 0.172659, -0.006491), (0.158777, 0.889671, -0.428106), (-0.068142, -0.422698, -0.903705)84.32133, 20.54636, 70.44886
4given(0.999467, -0.009506, -0.031231), (0.012162, 0.996221, 0.085994), (0.030295, -0.086328, 0.995806)-39.49842, -6.35248, -69.24789
5given(-0.984635, 0.167008, -0.051006), (0.170121, 0.851522, -0.495953), (-0.039395, -0.49701, -0.86685)42.63779, -2.24216, 5.90636
6given(-0.998568, 0.033482, -0.041716), (-0.040178, -0.984324, 0.171735), (-0.035312, 0.173165, 0.98426)110.21055, 49.85165, 0.39465
7given(0.981634, -0.184084, -0.050077), (-0.187664, -0.884576, -0.426974), (0.034302, 0.42853, -0.902876)28.96803, 72.19288, 47.61163
8given(-0.981601, -0.190049, -0.018489), (0.17097, -0.917896, 0.358101), (-0.085027, 0.348351, 0.9335)57.04838, -12.82304, 5.79017

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 / Probable acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 (Acetoacetyl-CoA thiolase)


分子量: 42372.695 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / プラスミド: pSD31
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I6XHI4
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Mes, 1.8 M (NH4)2SO4, 10% 1,4-dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→58.75 Å / Num. obs: 70941 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ubv

4ubv


解像度: 3→58.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 44.471 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28728 3551 5 %RANDOM
Rwork0.2475 ---
obs0.24952 67371 94.68 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 43.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.36 Å2-0 Å21.25 Å2
2--2.25 Å2-0 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→58.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23260 0 408 39 23707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01924123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0223244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.97232779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.849353201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36853146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38923.7391035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8153867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0215222
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0227852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5734 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A5.67
H7.89
B5
C6.06
D5.62
E6.3
F5.54
G4.9
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 265 -
Rwork0.322 4925 -
obs--94.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3717-0.13280.4750.88930.30161.1686-0.0034-0.0560.00940.0785-0.0387-0.0429-0.0590.1440.04210.178-0.01820.02480.0895-0.00090.017734.331924.17768.3474
22.1584-0.06620.40.25890.08221.8882-0.14020.2499-0.38010.01640.04950.0245-0.0615-0.08270.09070.1391-0.01840.05360.0547-0.05630.089154.033420.855654.8899
32.4962-0.57440.51411.25340.33671.255-0.2568-0.2196-0.29020.12550.19210.0236-0.10640.14350.06470.20760.02970.05090.07510.04710.065276.51623.013377.5865
42.0449-0.07670.36570.33490.1171.5694-0.01710.2514-0.04170.0023-0.04040.12030.0003-0.06790.05740.1795-0.00490.02680.0583-0.03020.055912.571319.8992-14.7906
52.2544-0.0501-0.90480.7331-0.15081.4342-0.0027-0.1036-0.06090.02750.00110.0272-0.0009-0.08890.00170.1671-0.02440.010.0372-0.00340.007276.526724.13536.5613
62.24621.0415-0.19990.78710.24921.7403-0.11220.27960.0539-0.05960.0897-0.01350.06090.08230.02250.1008-0.01360.00990.05990.01180.036412.938624.652755.6818
72.4665-0.5591-0.76120.540.0721.7012-0.1767-0.3072-0.26020.05920.05670.17160.0283-0.05540.120.1580.03550.0420.05770.02470.064828.4177-28.689115.9886
82.72350.1286-0.66131.3762-0.2191.03330.1984-0.24090.24050.3324-0.24040.12850.0571-0.20040.04190.2273-0.12750.0670.1592-0.08090.0473-8.520622.97779.2693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 391
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 391
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 391
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 391
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7G-1 - 391
8X-RAY DIFFRACTION8H-2 - 391

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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