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- PDB-4ubf: HsMCAK motor domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubf
タイトルHsMCAK motor domain complex
要素(Kinesin-like protein KIF2C) x 2
キーワードCELL CYCLE / MCAK / Kif2c / Complex / Motor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / kinesin complex ...postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / kinesin complex / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / presynapse / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / microtubule / postsynapse / cell division / centrosome / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Welburn, J.P.I. / Talapatra, S.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK543WJW_R42094 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The C-terminal region of the motor protein MCAK controls its structure and activity through a conformational switch.
著者: Talapatra, S.K. / Harker, B. / Welburn, J.P.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF2C
B: Kinesin-like protein KIF2C
C: Kinesin-like protein KIF2C
D: Kinesin-like protein KIF2C
P: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,43816
ポリマ－174,5595
非ポリマー1,87911
水1,24369
1
A: Kinesin-like protein KIF2C
B: Kinesin-like protein KIF2C
P: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9199
ポリマ－87,9683
非ポリマー9526
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Kinesin-like protein KIF2C
D: Kinesin-like protein KIF2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5197
ポリマ－86,5912
非ポリマー9275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.306, 245.644, 79.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Kinesin-like protein KIF2C / Kinesin-like protein 6 / Mitotic centromere-associated kinesin / MCAK


分子量: 43295.602 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 225-593 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2C, KNSL6 / 詳細 (発現宿主): pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99661
#2: タンパク質・ペプチド Kinesin-like protein KIF2C / Kinesin-like protein 6 / Mitotic centromere-associated kinesin / MCAK


分子量: 1376.450 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 709-720 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2C, KNSL6 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99661
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % / 解説: Single Rectangular Crystal
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 24 % w/v PEG 1500 20 % v/v Glycerol Protein crystals appeared after two days and single crystals were used for measurement
Temp details: Controlled Temperature Room

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 155983 / Num. obs: 35146 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3→3.5 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HEH

2heh


解像度: 3→29.492 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2863 1746 5.01 %Random Selection
Rwork0.264 ---
obs0.2652 34816 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9506 0 115 69 9690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22713505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8743565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08820.39931300.34072802X-RAY DIFFRACTION98
3.0882-3.18780.38831290.33882721X-RAY DIFFRACTION99
3.1878-3.30150.37621250.34012813X-RAY DIFFRACTION99
3.3015-3.43350.36291370.31472720X-RAY DIFFRACTION100
3.4335-3.58960.34361530.29322785X-RAY DIFFRACTION100
3.5896-3.77840.2741550.28582737X-RAY DIFFRACTION99
3.7784-4.01460.31451610.27642742X-RAY DIFFRACTION99
4.0146-4.32370.27011320.25072757X-RAY DIFFRACTION99
4.3237-4.75720.25051540.2242713X-RAY DIFFRACTION98
4.7572-5.44180.28771540.24952735X-RAY DIFFRACTION99
5.4418-6.8420.28041790.28012745X-RAY DIFFRACTION99
6.842-29.49320.22971370.21892800X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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