[日本語] English
万見
- PDB-4u8u: The Crystallographic structure of the giant hemoglobin from Gloss... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u8u
タイトルThe Crystallographic structure of the giant hemoglobin from Glossoscolex paulistus at 3.2 A resolution.
要素
  • Globin a chain
  • Globin b Chain
  • Globin c Chain
  • Globin d Chain
  • Linker L1
  • Linker L2
  • Linker L3
キーワードOXYGEN STORAGE/Transport / Erythrocruorins / Glossoscolex paulistus / Giant extracellular hemoglobin / OXYGEN STORAGE-Transport complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin ...Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Lipocalin / Helix non-globular / Globin-like superfamily / Special / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin / Linker L1 / Linker L2 / Linker L3
類似検索 - 構成要素
生物種Glossoscolex paulistus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bachega, J.F.R. / Maluf, F.V. / Andi, B. / D'Muniz Pereira, H. / Carazzollea, M.F. / Orville, A. / Tabak, M. / Garratt, R.C. / Horjales, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of the giant haemoglobin from Glossoscolex paulistus.
著者: Ruggiero Bachega, J.F. / Vasconcelos Maluf, F. / Andi, B. / D'Muniz Pereira, H. / Falsarella Carazzollea, M. / Orville, A.M. / Tabak, M. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Horjales Reboredo, E.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Structure summary
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32016年9月7日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Globin a chain
B: Globin b Chain
C: Globin c Chain
D: Globin d Chain
E: Globin a chain
F: Globin b Chain
G: Globin c Chain
H: Globin d Chain
I: Globin a chain
J: Globin b Chain
K: Globin c Chain
L: Globin d Chain
M: Linker L1
N: Linker L2
O: Linker L3
P: Globin a chain
Q: Globin b Chain
R: Globin c Chain
S: Globin d Chain
T: Globin a chain
U: Globin b Chain
V: Globin c Chain
W: Globin d Chain
X: Globin a chain
Y: Globin b Chain
Z: Globin c Chain
a: Globin d Chain
b: Linker L1
c: Linker L2
d: Linker L3
e: Globin a chain
f: Globin b Chain
g: Globin c Chain
h: Globin d Chain
i: Globin a chain
j: Globin b Chain
k: Globin c Chain
l: Globin d Chain
m: Globin a chain
n: Globin b Chain
o: Globin c Chain
p: Globin d Chain
q: Linker L1
r: Linker L2
s: Linker L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)855,005135
ポリマ－830,45845
非ポリマー24,54790
水1086
1
A: Globin a chain
B: Globin b Chain
C: Globin c Chain
D: Globin d Chain
E: Globin a chain
F: Globin b Chain
G: Globin c Chain
H: Globin d Chain
I: Globin a chain
J: Globin b Chain
K: Globin c Chain
L: Globin d Chain
M: Linker L1
N: Linker L2
O: Linker L3
P: Globin a chain
Q: Globin b Chain
R: Globin c Chain
S: Globin d Chain
T: Globin a chain
U: Globin b Chain
V: Globin c Chain
W: Globin d Chain
X: Globin a chain
Y: Globin b Chain
Z: Globin c Chain
a: Globin d Chain
b: Linker L1
c: Linker L2
d: Linker L3
e: Globin a chain
f: Globin b Chain
g: Globin c Chain
h: Globin d Chain
i: Globin a chain
j: Globin b Chain
k: Globin c Chain
l: Globin d Chain
m: Globin a chain
n: Globin b Chain
o: Globin c Chain
p: Globin d Chain
q: Linker L1
r: Linker L2
s: Linker L3
ヘテロ分子

A: Globin a chain
B: Globin b Chain
C: Globin c Chain
D: Globin d Chain
E: Globin a chain
F: Globin b Chain
G: Globin c Chain
H: Globin d Chain
I: Globin a chain
J: Globin b Chain
K: Globin c Chain
L: Globin d Chain
M: Linker L1
N: Linker L2
O: Linker L3
P: Globin a chain
Q: Globin b Chain
R: Globin c Chain
S: Globin d Chain
T: Globin a chain
U: Globin b Chain
V: Globin c Chain
W: Globin d Chain
X: Globin a chain
Y: Globin b Chain
Z: Globin c Chain
a: Globin d Chain
b: Linker L1
c: Linker L2
d: Linker L3
e: Globin a chain
f: Globin b Chain
g: Globin c Chain
h: Globin d Chain
i: Globin a chain
j: Globin b Chain
k: Globin c Chain
l: Globin d Chain
m: Globin a chain
n: Globin b Chain
o: Globin c Chain
p: Globin d Chain
q: Linker L1
r: Linker L2
s: Linker L3
ヘテロ分子

A: Globin a chain
B: Globin b Chain
C: Globin c Chain
D: Globin d Chain
E: Globin a chain
F: Globin b Chain
G: Globin c Chain
H: Globin d Chain
I: Globin a chain
J: Globin b Chain
K: Globin c Chain
L: Globin d Chain
M: Linker L1
N: Linker L2
O: Linker L3
P: Globin a chain
Q: Globin b Chain
R: Globin c Chain
S: Globin d Chain
T: Globin a chain
U: Globin b Chain
V: Globin c Chain
W: Globin d Chain
X: Globin a chain
Y: Globin b Chain
Z: Globin c Chain
a: Globin d Chain
b: Linker L1
c: Linker L2
d: Linker L3
e: Globin a chain
f: Globin b Chain
g: Globin c Chain
h: Globin d Chain
i: Globin a chain
j: Globin b Chain
k: Globin c Chain
l: Globin d Chain
m: Globin a chain
n: Globin b Chain
o: Globin c Chain
p: Globin d Chain
q: Linker L1
r: Linker L2
s: Linker L3
ヘテロ分子

A: Globin a chain
B: Globin b Chain
C: Globin c Chain
D: Globin d Chain
E: Globin a chain
F: Globin b Chain
G: Globin c Chain
H: Globin d Chain
I: Globin a chain
J: Globin b Chain
K: Globin c Chain
L: Globin d Chain
M: Linker L1
N: Linker L2
O: Linker L3
P: Globin a chain
Q: Globin b Chain
R: Globin c Chain
S: Globin d Chain
T: Globin a chain
U: Globin b Chain
V: Globin c Chain
W: Globin d Chain
X: Globin a chain
Y: Globin b Chain
Z: Globin c Chain
a: Globin d Chain
b: Linker L1
c: Linker L2
d: Linker L3
e: Globin a chain
f: Globin b Chain
g: Globin c Chain
h: Globin d Chain
i: Globin a chain
j: Globin b Chain
k: Globin c Chain
l: Globin d Chain
m: Globin a chain
n: Globin b Chain
o: Globin c Chain
p: Globin d Chain
q: Linker L1
r: Linker L2
s: Linker L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,420,018540
ポリマ－3,321,831180
非ポリマー98,188360
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area529490 Å2
ΔGint-2247 kcal/mol
Surface area1149930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.680, 319.900, 333.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
12
22
32
42
52
62
72
82
92
13
23
33
43
53
63
73
83
93
14
24
34
44
54
64
74
84
94
15
25
35
16
26
36
17
27
37

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'C' and (resseq 1:151 )
211chain 'G' and (resseq 1:151 )
311chain 'K' and (resseq 1:151 )
411chain 'R' and (resseq 1:151 )
511chain 'V' and (resseq 1:151 )
611chain 'Z' and (resseq 1:151 )
711chain 'g' and (resseq 1:151 )
811chain 'k' and (resseq 1:151 )
911chain 'o' and (resseq 1:151 )
112chain 'A' and (resseq 2:148 )
212chain 'E' and (resseq 2:148 )
312chain 'I' and (resseq 2:148 )
412chain 'P' and (resseq 2:148 )
512chain 'T' and (resseq 2:148 )
612chain 'X' and (resseq 2:148 )
712chain 'e' and (resseq 2:148 )
812chain 'i' and (resseq 2:148 )
912chain 'm' and (resseq 2:148 )
113chain 'B' and (resseq 1:142 )
213chain 'F' and (resseq 1:142 )
313chain 'J' and (resseq 1:142 )
413chain 'Q' and (resseq 1:142 )
513chain 'U' and (resseq 1:142 )
613chain 'Y' and (resseq 1:142 )
713chain 'f' and (resseq 1:142 )
813chain 'j' and (resseq 1:142 )
913chain 'n' and (resseq 1:142 )
114chain 'D' and (resseq 1:141 )
214chain 'H' and (resseq 1:141 )
314chain 'L' and (resseq 1:141 )
414chain 'S' and (resseq 1:141 )
514chain 'W' and (resseq 1:141 )
614chain 'a' and (resseq 1:141 )
714chain 'h' and (resseq 1:141 )
814chain 'l' and (resseq 1:141 )
914chain 'p' and (resseq 1:141 )
115chain 'M' and (resseq 4:225 )
215chain 'b' and (resseq 4:225 )
315chain 'q' and (resseq 4:225 )
116chain 'N' and (resseq 18:236 )
216chain 'c' and (resseq 18:236 )
316chain 'r' and (resseq 18:236 )
117chain 'O' and (resseq 6:218 )
217chain 'd' and (resseq 6:218 )
317chain 's' and (resseq 6:218 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 45分子 AEIPTXeimBFJQUYfjnCGKRVZgkoDHL...

#1: タンパク質
Globin a chain


分子量: 17235.375 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKX5*PLUS
#2: タンパク質
Globin b Chain


分子量: 16248.312 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKX6*PLUS
#3: タンパク質
Globin c Chain


分子量: 16943.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKX7*PLUS
#4: タンパク質
Globin d Chain


分子量: 16124.284 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKX8*PLUS
#5: タンパク質 Linker L1


分子量: 25654.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKX9*PLUS
#6: タンパク質 Linker L2


分子量: 26777.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKY0*PLUS
#7: タンパク質 Linker L3


分子量: 24733.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glossoscolex paulistus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A0M3KKY1*PLUS

-
糖 , 1種, 3分子

#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 93分子

#8: 化合物...
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#9: 化合物...
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000 10%, CaCl2 2.5 mM, TRIS 50 mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 237062 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.2→49.655 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 11879 5.02 %
Rwork0.2155 --
obs0.2165 236866 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57480 0 1677 6 59163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01260944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96282807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.55821561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00310623
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12G1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
13K1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
14R1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
15V1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
16Z1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
17G1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
18K1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
19O1180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
21A1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
23I1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
24P1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
25T1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
26X1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
27E1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
28I1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
29M1187X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
31B1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
33J1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
34Q1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
35U1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
36Y1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
37F1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
38J1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
39N1148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
41D1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42H1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
43L1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
44S1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
45W1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
46A1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
47H1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
48L1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
49P1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
51M1754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B1754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
53Q1754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
61N1713X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62C1713X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
63R1713X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
71O1686X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72D1686X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
73S1686X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.23640.42214270.4097379X-RAY DIFFRACTION99
3.2364-3.27440.3643960.35997396X-RAY DIFFRACTION99
3.2744-3.31440.35813950.31367387X-RAY DIFFRACTION99
3.3144-3.35630.31113830.30247417X-RAY DIFFRACTION99
3.3563-3.40050.31663870.28747445X-RAY DIFFRACTION99
3.4005-3.4470.32393940.29027445X-RAY DIFFRACTION100
3.447-3.49630.28783720.27667460X-RAY DIFFRACTION100
3.4963-3.54840.27874040.26397423X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.60390.28043980.26097468X-RAY DIFFRACTION100
3.6039-3.66290.26563980.24577488X-RAY DIFFRACTION100
3.6629-3.72610.2814090.24457475X-RAY DIFFRACTION100
3.7261-3.79380.26974060.24417438X-RAY DIFFRACTION100
3.7938-3.86680.24763960.23227490X-RAY DIFFRACTION100
3.8668-3.94560.25174080.23377516X-RAY DIFFRACTION100
3.9456-4.03140.25293830.237439X-RAY DIFFRACTION100
4.0314-4.12510.22053910.21397565X-RAY DIFFRACTION100
4.1251-4.22820.21773870.20497467X-RAY DIFFRACTION100
4.2282-4.34250.21243830.19427524X-RAY DIFFRACTION100
4.3425-4.47020.21914110.19267522X-RAY DIFFRACTION100
4.4702-4.61440.21133660.19197534X-RAY DIFFRACTION100
4.6144-4.77920.20793870.18947514X-RAY DIFFRACTION100
4.7792-4.97040.20984010.18737539X-RAY DIFFRACTION100
4.9704-5.19640.19814060.18257470X-RAY DIFFRACTION100
5.1964-5.470.2084010.1837555X-RAY DIFFRACTION100
5.47-5.81220.22453690.19987572X-RAY DIFFRACTION100
5.8122-6.26020.23213840.19737577X-RAY DIFFRACTION100
6.2602-6.88870.21074400.19037502X-RAY DIFFRACTION100
6.8887-7.88210.1683860.16137612X-RAY DIFFRACTION100
7.8821-9.91760.13593980.12247674X-RAY DIFFRACTION100
9.9176-49.66090.19944130.18157694X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る