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- PDB-4u7i: Structure of the complex of Spartin MIT and IST1 MIM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7i
タイトルStructure of the complex of Spartin MIT and IST1 MIM
要素
  • IST1 homolog
  • Spartin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Complex / MIM3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collateral sprouting in absence of injury / viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / ESCRT III complex disassembly / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / positive regulation of collateral sprouting / lipid droplet organization ...negative regulation of collateral sprouting in absence of injury / viral capsid secondary envelopment / MIT domain binding / abscission / ESCRT III complex disassembly / cytoskeleton-dependent cytokinesis / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / positive regulation of collateral sprouting / lipid droplet organization / multivesicular body assembly / collateral sprouting in absence of injury / Flemming body / neuromuscular process / positive regulation of proteolysis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of BMP signaling pathway / viral release from host cell / adipose tissue development / BMP signaling pathway / lipid droplet / regulation of mitochondrial membrane potential / establishment of protein localization / protein localization / azurophil granule lumen / protein transport / nuclear envelope / midbody / mitochondrial outer membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / synapse / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Senescence/spartin-associated, C-terminal / Spartin-like / Senescence domain / Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain ...Senescence/spartin-associated, C-terminal / Spartin-like / Senescence domain / Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Spartin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å
データ登録者Guo, E.Z. / Xu, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095769 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Distinct Mechanisms of Recognizing Endosomal Sorting Complex Required for Transport III (ESCRT-III) Protein IST1 by Different Microtubule Interacting and Trafficking (MIT) Domains.
著者: Guo, E.Z. / Xu, Z.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spartin
B: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8042
ポリマ－13,8042
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.257, 46.257, 115.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-246-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spartin / Spastic paraplegia 20 protein / Trans-activated by hepatitis C virus core protein 1


分子量: 10794.293 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT domain (UNP residues 8-101) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPG20, KIAA0610, TAHCCP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q8N0X7
#2: タンパク質・ペプチド IST1 homolog / hIST1 / Putative MAPK-activating protein PM28


分子量: 3009.262 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 341-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1, KIAA0174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P53990
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 2.9 M Na-malonate / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97828 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→29.61 Å / Num. obs: 12400 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DL1

2dl1


解像度: 1.794→29.61 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 598 4.82 %
Rwork0.1902 --
obs0.1916 12400 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.794→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数864 0 0 100 964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9421170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.703337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.794-1.97420.27281580.1952867X-RAY DIFFRACTION100
1.9742-2.25980.22351470.19192893X-RAY DIFFRACTION100
2.2598-2.84670.22861570.21242936X-RAY DIFFRACTION100
2.8467-29.61360.20951360.18063106X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.3844 Å / Origin y: 6.1248 Å / Origin z: -7.1335 Å
111213212223313233
T0.1889 Å2-0.0083 Å2-0.009 Å2-0.1303 Å20.0173 Å2--0.2132 Å2
L1.8436 °20.1574 °2-0.1277 °2-1.878 °2-1.6184 °2--5.5086 °2
S0.0032 Å °-0.1122 Å °-0.074 Å °0.0177 Å °-0.0414 Å °0.0048 Å °-0.1073 Å °0.1448 Å °0.0114 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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