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- PDB-4u6u: Crystal Structure of the Cog5-Cog7 complex from Kluyveromyces lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6u
タイトルCrystal Structure of the Cog5-Cog7 complex from Kluyveromyces lactis
要素
  • Cog5
  • Cog7
キーワードTRANSPORT PROTEIN / multisubunit tethering complex / conserved oligomeric golgi complex / coiled coil / vesicle fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi transport complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2790 / Conserved oligomeric Golgi complex subunit 5 / Conserved oligomeric Golgi complex subunit 5, N-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved oligomeric Golgi complex subunit 5 / KLLA0A08888p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ha, J.Y. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Cog5-Cog7 crystal structure reveals interactions essential for the function of a multisubunit tethering complex.
著者: Ha, J.Y. / Pokrovskaya, I.D. / Climer, L.K. / Shimamura, G.R. / Kudlyk, T. / Jeffrey, P.D. / Lupashin, V.V. / Hughson, F.M.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cog7
B: Cog5
C: Cog7
D: Cog5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6984
ポリマ－82,6984
非ポリマー00
水00
1
A: Cog7
B: Cog5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3492
ポリマ－41,3492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
C: Cog7
D: Cog5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3492
ポリマ－41,3492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
3
A: Cog7
B: Cog5

C: Cog7
D: Cog5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6984
ポリマ－82,6984
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area9620 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)335.838, 335.838, 335.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPROPROchain AAA8 - 745 - 71
21ALAALAPROPROchain CCC8 - 745 - 71
12GLNGLNASPASPchain BBB105 - 3868 - 289
22GLNGLNTHRTHRchain DDD105 - 3878 - 290

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit is a heterodimer. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A+B, C+D).

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要素

#1: タンパク質 Cog7


分子量: 8742.904 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0A08888g, KLLA0_A08888g / プラスミド: pACYC-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CXE9
#2: タンパク質 Cog5


分子量: 32606.244 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 99-387 / Mutation: E157A, E158A, E177A, E178A, E294A, E295A, E297A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0F03685g, KLLA0_F03685g / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CLE2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075, 0.9790, 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0751
20.9791
30.97921
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 33059 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 28.9 % / Biso Wilson estimate: 92.04 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 29.6 % / Rmerge(I) obs: 2.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→48.474 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2309 2425 7.36 %Random
Rwork0.1901 30544 --
obs0.1932 32969 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 270.12 Å2 / Biso mean: 111.6023 Å2 / Biso min: 43.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→48.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5507 0 0 0 5507
残基数----699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5037554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1732108
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A557X-RAY DIFFRACTION16.812TORSIONAL
12C557X-RAY DIFFRACTION16.812TORSIONAL
21B2545X-RAY DIFFRACTION16.812TORSIONAL
22D2545X-RAY DIFFRACTION16.812TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.06130.38841230.333817791902100
3.0613-3.12790.37011390.310617531892100
3.1279-3.20060.36921530.291617471900100
3.2006-3.28070.31361440.256717371881100
3.2807-3.36930.32271400.25517741914100
3.3693-3.46850.25621400.257217611901100
3.4685-3.58040.30561400.222917751915100
3.5804-3.70830.24991420.197217791921100
3.7083-3.85670.26971410.19817721913100
3.8567-4.03220.25211420.18917831925100
4.0322-4.24460.19791410.173417871928100
4.2446-4.51040.19781410.170317811922100
4.5104-4.85830.20121440.155818181962100
4.8583-5.34670.22291440.170218041948100
5.3467-6.11910.25161450.212218371982100
6.1191-7.70440.23461480.202918622010100
7.7044-48.48030.16841580.14591995215399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.73273.03193.47874.89744.50535.23490.6563-0.5540.29681.38950.37890.7846-1.93620.6242-0.65081.6829-0.06230.42440.7266-0.09830.746335.176854.09668.4116
25.0284-5.2751-3.11688.2471.06813.70780.2365-0.96632.41191.19780.3281-1.092-0.38282.2187-0.37821.1327-0.15290.1041.0738-0.33631.440646.139462.446564.9368
38.97066.23445.49045.2063.68474.3543-0.50551.7609-1.7773-1.12390.7995-1.16120.2130.5372-0.68090.63730.05140.09980.6366-0.20190.707932.671241.369651.671
43.43141.90471.20442.21252.51774.38440.23-0.60130.43330.0951-0.25141.1815-0.2547-0.1773-0.04950.63340.19330.14410.51450.04250.684429.554950.578758.0671
54.03921.3182-2.2924.2026-2.53523.4485-0.1802-0.01130.00520.7638-0.00910.1451-0.3971-0.20690.46081.7838-0.06090.51760.796-0.38051.53638.769280.612160.5936
61.6203-2.0023-1.37816.59362.82950.93620.07480.6305-0.3194-1.3208-0.3704-0.0854-0.2489-0.53850.30541.68110.0916-0.010.9528-0.24510.837923.6102111.142759.7334
74.5573-0.42960.80377.05750.79847.4706-0.927-0.8739-1.39971.45-0.21051.60611.2172-1.14440.69161.12190.01510.68480.45470.30971.708938.627221.975255.7102
81.44881.3215-2.21061.424-1.9183.4264-0.04270.6393-1.291-1.11150.01491.7610.9401-1.6610.14640.44780.174-0.14110.8355-0.44082.308536.125617.961939.1103
99.11831.18641.86514.36961.68844.5834-1.2768-0.43880.2897-0.21890.96861.027-1.41490.5940.41750.76410.10990.05830.45880.09510.530245.750737.923756.4535
104.86891.5803-0.13395.05471.71043.7374-0.8068-1.2721-0.63931.4710.63960.35670.91090.0134-0.07310.91270.31230.18010.73760.30210.812348.063330.484860.3396
114.8235-3.0215-3.8152.46340.78987.5748-0.73480.3457-0.65410.0608-0.12731.59861.5601-0.16020.82011.1592-0.0226-0.08760.4855-0.06041.225449.58047.940135.1136
122.1963-1.8178-0.64217.42042.09751.6668-0.12390.04850.02880.3013-0.14720.1824-0.0517-0.04380.260.78890.0498-0.05530.46060.05730.497572.6597-17.997923.8899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:37)A8 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 38:50)A38 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 51:74)A51 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 105:140)B105 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 141:191)B141 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 192:386)B192 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 8:37)C8 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 38:44)C38 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 45:74)C45 - 74
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 105:137)D105 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 138:200)D138 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 201:387)D201 - 387

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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